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중소기업통합 법인전환의 장점 및 주의할 점

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2024. 5. 3.
결론

중소기업통합은 조세특례제한법상 제도로, 설립 후 5년 이상 된 기존 법인에 개인기업을 흡수통합하면 취득세와 등록면허세가 비중과될 수 있어 수도권과밀억제권역에서 현물출자로 새 법인을 설립하는 것보다 유리할 수 있습니다.

다만 부동산 임대업은 어느 방식으로도 취득세 감면 대상에서 제외되고, 중소기업통합은 주택이나 상가도 사업용 고정자산에 해당하면 양도소득세가 이월과세된다는 점이 다릅니다.

주의할 점은 통합 후 일정 기간 내에 양수받은 사업이 폐지되는 것으로 보이면 취득세 감면과 이월과세를 모두 받을 수 없고, 개인사업자와 법인 주주가 특수관계인이면 증여세 문제가 발생할 수 있다는 것입니다.

개인기업을 법인으로 전환하는 세 가지 방법이 있습니다. 오늘은 그 세번째인 중소기업통합에 의한 법인전환에 대해 다루어 보겠습니다.

1. 법인전환의 세 가지 방법

개인기업을 법인으로 전환하는 세 가지 방법이 있습니다.

첫번째는 [포괄적 사업양수도] 입니다.

개인사업자가 부동산이 없어서 취득세나 양도소득세 이월과세 문제가 발생하지 않을 경우, 개인사업자가 상법에 따라 현금을 납입하여 주식회사를 설립합니다.

주식회사를 설립한 후 3개월 이내에 개인사업자와 주식회사간에 포괄적 사업양수도계약을 체결 합니다.

3개월 이내에 포괄적 사업양수도계약을 체결하면, 양도되는 자산에 부과되는 부가가치세가 면제됩니다.

양도대금을 현금으로 지급하거나, 미지급금으로 계상해 놓습니다.

만약 부동산이 있다면 조세특례제한법에 의한 사업양수도절차를 거쳐야 양도소득세가 이월과세되고, 취득세가 감면됩니다.

대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두17865 — 취득세등부과처분취소
구 조세특례제한법(2009. 5. 21. 법률 제9671호로 개정되기 전의 것) 제119조 제4항, 제120조 제5항이 사업양수도에 따라 취득하는 사업용 재산에 대하여 등록세와 취득세를 면제하는 취지는, 개인이 권리·의무의 주체가 되어 경영하던 기업을 개인 기업주와 독립된 법인이 권리·의무의 주체가 되어 경영하도록 기업의 조직 형태를 변경하는 경우 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과하여 재산 이전에 따르는 등록세, 취득세 등을 부과할 필요가 적다는 데에 있다. 이처럼 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾼 것으로 평가되기 위해서는 사업양수도 대상의 순자산가액이 신설 법인에 그대로 승계되어야 한다.사업양도인의 출자에 따른 신설 법인의 자본금이 그 순자산가액에 미달하면 신설 법인으로서는 사업양수도 대가를 지급할 재원이 부족하여 그 순자산가액의 일부가 사업양수도 대가 지급을 위해 유출될 수밖에 없어 신설 법인이 사업양수도 대상의 순자산가액을 그대로 승계할 수 없게 되는 점 등을 고려해 보면, 기존 사업장의 자산과 부채 중 일부가 사업양수도 대상에서 제외되는 경우에 구 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 19. 대통령령 제21545호로 개정되기 전의 것) 제29조 제4항의 ‘법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액’이란 기존 사업장의 순자산가액이 아니라 같은 조 제2항에 의한 사업양수도 대상에 포함된 것의 순자산가액을 의미한다고 해석함이 타당하다.판례 원문 기준: 대법원 종합법률정보 · 판례 원문 보기

2. 개인기업을 현물출자하여 법인을 설립

두번째는 [개인기업을 현물출자하여 법인을 설립] 합니다.

조세특례제한법 및 지방세특례제한법 상의 요건을 충족할 경우 양도소득세가 이월과세되고, 취득세가 감면됩니다.

3. 중소기업통합에 의한 법인전환

세번째는 [중소기업통합에 의한 법인전환] 입니다.

오늘 다루어야 할 주제입니다.

4. 중소기업통합이란 무엇인가

중소기업통합은 상법상 개념이 아닙니다.

조세특례제한법에 나와 있는 개념인데, 처음이 개념을 접했을 때 아무리 조세특례제한법을 살펴봐도 그 뜻을 알 수가 없었습니다.

도대체 어떻게 하는 게 중소기업통합개인가요?

지금도 의문이 여전히 남아 있습니다.

지극히 실무적 개념이고, 중소기업통합에 대해 설명한 자료를 찾아보는 것은 가능해 보이지 않습니다.

고등학교 1년 선배이신 공인회계사 이철호 님이 쓰신 [개인기업법인전환 실무해설] 에는 ' 기업통합은 둘 이상의 기업을 하나의 기업으로 합치는 것을 의미하며, 경제학상 기업집중의 한 형태인 기업합동과 같은 개념이다' 라고 설명하고 있습니다.

차라리이 책을 확인하지 않는 것이 더 좋았을 것 같습니다.

설명을 들어보니 알듯말듯하던 중소기업 통합의 뜻이 미궁으로 빠집니다.

5. 제도의 취지

그 뜻을 이해하는 것을 포기하고, 왜 이런 법을 만들었는지 그 취지를 살펴봅니다.

인용
대법원 판례에 따르면 '중소기업 간의 통합을 위하여 사업용 고정자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 과세시기를 통합법인이 이를 양도하는 시점으로 늦추고 아울러 그 납세의무자도 개인이 아닌 통합법인으로 변경함으로써 중소기업 간의 원활한 구조조정을 지원하려는 데 있는 점 '이고, 실무자의 입장에서는 고객의 이러한 니드가 있을 때, 중소기업 통합을 활용하는 것이 하나의 방편이라고 하는 실용주의 노선을 취합니다.

6. 사례 — 두 개인기업의 통합

개인기업과 개인기업을 통합하여 하나의 법인을 설립하는 케이스입니다.

임대업을 영위하는 김갑동과 같은 임대업을 영위하는 성춘심(둘은 부부임)이 각각의 임대업을 현물출자의 방식으로 통합하여 하나의 법인(주식회사)를 설립 합니다.

두 사업자가 하나의 법인으로 통합된 것입니다.

임대업을 영위하는 김갑동이 두개의 임대업을 통합하여 하나의 법인을 설립 할 때에는 염법은 현물출자에 의한 중소기업 통합의 방법으로 하나의 법인을 설립합니다.

기업을 하나의 단위로 보아 비록 한 사람이 경영하는 두개의 기업을 현물출자할 경우에는 중소기업통합으로 보는 것이 타당하다고 판단하고 있습니다.

물론 부동산 임대업을 현물출자하는 것이 아니라, 두 개의 개별적인 부동산을 현물출자하여 법인을 설립할 경우에는 중소기업통합이 아닙니다.

7. 개인기업의 법인 흡수통합

부동산 임대업을 영위하던 김갑통이 대주주로 있는 주식회사 00에 부동산임대업을 흡수통합시켜 하나의 법인(주식회사 00)으로 운영하는 것입니다.

실무상 가장 많이 활용되고 있는 중소기업통합의 방식입니다.

8. 현물출자 법인전환과의 차이

현물출자의 방식으로 개인기업을 법인으로 전환하는 것과, 현물출자의 방식으로 개인기업을 주식회사와 통합할 때 어떤 중요한 차이가 있는지 알아 봅니다.

현물출자로 개인기업 법인전환(조세특례제한법 32조)을 할 경우에는 수도권과밀억제 권역에 설립회사의 본점을 둘 경우 취득세가 중과됩니다.

조세특례제한법 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)
제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다. <개정 2013.1.1, 2020.12.29>② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2013.1.1, 2014.12.23, 2017.12.19>1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

그런데 설립된 후 5년 이상 된 법인에 중소기업통합을 할 경우에는 취득세가 비중과 될 수 있습니다.

취득세 중과와 비중과 측면에서는 중소기업 통합이 훨씬 유리합니다.

현물출자로 개인기업 법인전환을 하던, 중소기업 통합(조세특례제한법 31조)을 하던 취득세 감면에 있어서 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외 하므로, 부동산 임대업의 경우 두 가지 방법 다 취득세 감면을 받을 수 없습니다.

9. 개인기업 법인전환 시 주택을 현물출자하면 양도소득세 이월과세가 안 되나?

현물출자로 개인기업 법인전환을 할 때에는 양도소득세 이월과세에서 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외하므로 주택을 현물출자할 경우에는 양도소득세 이월과세가 되지 않습니다.

그런데 중소기업통합에서는 임대용 부동산인지 여부와 관계없이 조세특례제한법에서 정한 사업용 고정자산일 경우에는 양도소득세가 이월과세 됩니다.

주택이나 상가도 중소기업통합의 방식으로 현물출자를 할 경우 양도소득세가 이월과세가 됩니다.

10. 등록면허세와 채권매입의 차이

개인기업 법인전환으로 설립되는 법인의 등록면허세를 납부하는데, 법인이 수도권과밀억제권역에 있을 경우에는 등록면허세가 중과되지만 중소기업통합의 경우 설립된 후 5년 이상 된 법인에 중소기업통합을 할 경우에는 등록면허세가 비중과 될 수 있습니다(있습니다로 표현한 것은 비중과와 관련해서는 추가적인 검토사항이 있을 수 있어서 그렇습니다).

개인기업 법인전환의 경우에는 액면금 * 발행주식수로 자본금을 계산하여 등록면허세를 납부하지만, 중소기업통합의 경우 액면금 * 순자산을 발행가액으로 나눈 주식수로 증가하는 자본금을 계산하여 등록면허세를 납부하므로, 할증발행을 할 때 등록면허세가 절감된다.

개인기업 법인전환의 경우 소유권이전등기를 할 때 국민주택채권매입의 의무가 면제되지만, 중소기업통합의 경우에는 국민주택채권을 매입한다.

11. 중소기업자와 과점주주의 정의

두 정의가 요건을 가릅니다 — 중소기업통합의 당사자인 「중소기업자」는 중소기업기본법 제2조가 정합니다. 매출액 등 요건을 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업 등이 이에 해당하되, 공시대상기업집단에 속하는 회사는 제외됩니다(제1항). 「과점주주」는 국세기본법 제39조가 정하는데, 주주 1명과 그의 특수관계인의 소유주식 합계가 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 자들을 말합니다(제2호). 설립 후 1년이 지나지 않은 법인이 과점주주인 개인의 사업을 승계하면 통합으로 보지 않으므로, 이 정의부터 확인할 일입니다.

중소기업기본법 제2조(중소기업자의 범위)
제2조(중소기업자의 범위)①중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사는 제외한다. <개정 2011.7.25, 2014.1.14, 2015.2.3, 2016.1.27, 2018.8.14, 2019.12.10, 2020.10.20, 2020.12.8, 2020.12.29>1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업2. 「사회적기업 육성법」 제2조제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업3. 「협동조합 기본법」 제2조에 따른 협동조합, 협동조합연합회, 사회적협동조합, 사회적협동조합연합회, 이종(異種)협동조합연합회(이 법 제2조제1항 각 호에 따른 중소기업을 회원으로 하는 경우로 한정한다) 중 대통령령으로 정하는 자4. 「소비자생활협동조합법」 제2조에 따른 조합, 연합회, 전국연합회 중 대통령령으로 정하는 자5. 「중소기업협동조합법」 제3조에 따른 협동조합, 사업협동조합, 협동조합연합회 중 대통령령으로 정하는 자②중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.③제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 5년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2024.2.20>④ 중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면 해당 법률에서 정하는 바에 따라 법인ㆍ단체 등을 중소기업자로 할 수 있다. <개정 2020.10.20>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260701
국세기본법 제39조(출자자의 제2차 납세의무)
제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.<개정 2013.5.28, 2014.12.23, 2018.12.31, 2020.12.22, 2024.12.31, 2025.3.14>1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 또는 영어조합법인의 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 출자액의 합계가 해당 조합의 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들(이하 "과점조합원"이라 한다). 다만, 조합원 간에 손익분배비율을 정한 경우로서 그 손익분배비율이 출자액의 비율과 다른 경우에는 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 손익분배비율의 합계가 100분의 50을 초과하는 자들을 과점조합원으로 한다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

12. 조세특례제한법의 관련 규정

  1. 제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하이 조에서 “통합법인”이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용 받을 수 있다.
  2. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2013. 1. 1., 2014. 12. 23.>
  3. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.
  4. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.
  5. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
  6. ⑪ 제10항제6호에 해당하는 경우에는 수증자를 해당 내국인으로 보아 법 제31조제7항을 적용하되, 5년의 기간을 계산할 때 증여자가 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분을 보유한 기간을 포함하여 통산한다.
  7. 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 75 를 경감한다.
  8. 다만, 제1호의 경우 2019년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 75를, 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을, 2024년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 25를 각각 경감하고, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다.
  9. 다만, 사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징 한다.

13. 조세특례제한법 시행령의 관련 규정

14. 사업 폐지 판단 규정

15. 중소기업통합을 할 때 주의할 점

김길동은 인천 남동구에서 제조업을 하고 있습니다.

제조업은 주식회사로 운영하고, 토지와 건물은 김길동 개인의 소유로 김길동이 임대사업자가 되어 제조업에 임대를 해 주고 있습니다.

리스크 · 대법원 판례에 따르면 중소기업통합은 중소기업 간의 원활한 구조조정을 지원하려는 데 그 취지가 있다고 합니다.개인의 부동산 임대업을 회사 본점용 부동산으로 만드는 통합을 하면 임대업은 폐지된 것으로 봅니다. 그 결과 혜택 기간 내 폐지에 해당해 취득세 감면과 양도소득세 이월과세를 모두 잃을 수 있습니다.

16. 임대업 통합과 사업 폐지

김길동은 개인사업자인 부동산임대업을 제조업을 하는 주식회사로 중소기업통합을 하려고 합니다.

이 때 염춘필 법무사, 손을 번쩍들어 '문제있습니다! '라고 큰 소리로 외칩니다.

사례의 경우 임대업을 주식회사와 통합을 하면, 주식회사의 본점용 부동산이 되므로, 개인사업자가 영위하던 부동산임대업은 설립과 동시에 폐지가 됩니다.

5년 이내에 양수받은 사업을 폐지하는 것이 되므로, 취득세도 감면받을 수 없고, 양도소득세도 이월과세가 되지 않습니다.

  1. ② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.
  2. ③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.
  3. ④ 제6조제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조 또는 제64조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조 또는 제64조를 적용받을 수 있다.
  4. ⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.
  5. ⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.
  6. ⑦ 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다.
  7. 1. 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
  8. 2. 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우
  9. 제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ①법 제31조제1항에서 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합”이란 제29조제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.
  10. 1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하이 조에서 “통합법인”이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것
  11. 2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것
  12. ②법 제31조제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업용고정자산”이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외 한다)을 말한다.
  13. ③법 제31조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
  14. ④법 제31조제4항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 창업중소기업 또는 창업벤처중소기업이나 농공단지 및 「지역중소기업 육성 및 혁신촉진에 관한 법률」 제23조에 따른 중소기업특별지원지역(이하 “중소기업특별지원지역”이라 한다)의 입주기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 대하여 통합당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도까지 그 감면을 받을 수 있다.
  15. ⑤법 제31조제4항의 규정을 적용받고자 하는 통합법인은 제5조제26항 또는 제61조제7항을 준용하여 감면신청을 하여야 한다.
  16. ⑥법 제31조제5항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 관하여 통합당시 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도분까지 그 감면을 받을 수 있다.
  17. ⑦법 제31조제5항의 규정을 적용받고자 하는 통합법인의 감면신청에 관하여는 제60조제5항 또는 제65조의 규정은 이를 준용한다.
  18. ⑧법 제31조제6항의 규정에 의하여 미공제세액을 승계한 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 자산에 대한 미공제세액상당액을 당해 중소기업자의 이월공제잔여기간내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있다.
  19. ⑨ 통합법인이 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자로부터 승계받은 제2항의 사업용고정자산을 2분의 1 이상 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제31조제7항제1호에 따른 사업의 폐지로 본다.
  20. 1. 통합법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우
  21. 2. 통합법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우
  22. 4. 통합법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우
  23. ⑩ 법 제31조제7항제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다.
  24. 1. 법 제31조제1항을 적용받은 내국인(이하이 조에서 “해당 내국인”이라 한다)이 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
  25. 2. 해당 내국인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
  26. 3. 해당 내국법인이 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
  27. 4. 해당 내국인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
  28. 5. 해당 내국인이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
  29. 6. 해당 내국인이 가업의 승계를 목적으로 해당 가업의 주식 또는 출자지분을 증여하는 경우로서 수증자가 법 제30조의6에 따른 증여세 과세특례를 적용받은 경우
  30. 5. 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산(「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외 한다).

17. 지방세특례제한법의 관련 규정

지방세특례제한법 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)
제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)① 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병 중 법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병에 따라 양수하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 60을 경감한다. 다만, 「지방세법」 제15조제1항제3호 단서에 해당하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다. <개정 2024.12.31>② 다음 각 호에서 정하는 법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제하고, 합병으로 양수받아 3년 이내에 등기하는 재산에 대해서는 2027년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 면제된 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「농업협동조합법」, 「수산업협동조합법」 및 「산림조합법」에 따라 설립된 조합 간의 합병2. 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고 간의 합병3. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 간의 합병4. 삭제<2018.12.24>③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.29, 2024.12.31, 2025.10.1>1. 삭제<2024.12.31>2. 「법인세법」 제46조제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말한다)의 요건을 갖춘 분할(같은 법 제46조제3항에 해당하는 경우는 제외한다)로 인하여 취득하는 사업용 재산. 다만, 분할등기일부터 3년 이내에 같은 법 제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항을 말한다) 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.3. 「법인세법」 제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산. 다만, 취득일부터 3년 이내에 같은 법 제47조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.4. 삭제<2021.12.28>5. 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외한다). 다만, 사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다.6. 삭제<2018.12.24>7. 특별법에 따라 설립된 법인 중 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제2조제1항에 따른 공공기관이 그 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」 상의 회사로 조직 변경됨에 따라 취득하는 사업용 재산④ 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다) 또는 주식을 처분하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2018.12.24, 2020.8.12, 2021.12.28, 2024.12.31, 2025.10.1>⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「지방세법」 제7조제5항에 따라 과점주주가 해당 법인의 부동산등(같은 조 제1항에 따른 부동산등을 말한다)을 취득한 것으로 보아 부과하는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제한다. <개정 2015.12.22, 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2019.11.26, 2020.12.29, 2021.8.17, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제10조에 따른 제3자의 인수, 계약이전에 관한 명령 또는 같은 법 제14조제2항에 따른 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 주식 또는 지분을 취득하는 경우2. 금융기관이 법인에 대한 대출금을 출자로 전환함에 따라 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함하되, 지주회사가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조제12호에 따른 동일한 기업집단 내 계열회사가 아닌 회사의 과점주주인 경우를 제외한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 해당 지주회사의 설립ㆍ전환일부터 3년 이내에 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사의 요건을 상실하게 되는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.4. 「예금자보호법」 제3조에 따른 예금보험공사 또는 같은 법 제36조의3에 따른 정리금융회사가 같은 법 제36조의5제1항 및 제38조에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우5. 한국자산관리공사가 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」 제26조제1항제1호가목에 따라 인수한 채권을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우6. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 농업협동조합자산관리회사가 같은 법 제30조제3호다목에 따라 인수한 부실자산을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우7. 「조세특례제한법」 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환ㆍ이전으로 완전자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 같은 법 제38조제2항에 해당하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.8. 삭제<2024.12.31>⑥ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 농업협동조합중앙회(이하 이 조에서 "중앙회"라 한다)가 같은 법에 따라 사업구조를 개편하는 경우 제1호 및 제2호의 구분에 따른 등기에 대해서는 2017년 12월 31일까지 등록면허세를 면제하고, 제3호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2016.12.27>1. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 자본지원이 이루어지는 경우 그 자본증가에 관한 등기2. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 경제사업을 이관하는 경우 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기3. 「농업협동조합법」 제134조의2에 따라 설립된 농협경제지주회사가 이 조 제3항제3호에 따라 중앙회로부터 경제사업을 이관받아 취득하는 재산⑦ 법률 제12663호 한국산업은행법 전부개정법률 부칙 제3조제1항에 따라 한국산업은행이 산은금융지주주식회사 및 「한국정책금융공사법」에 따른 한국정책금융공사와 합병하는 경우 그 자본증가에 관한 등기에 대해서는 2015년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 90을 경감한다.⑧ 「기업 활력 제고를 위한 특별법」 제4조제1항에 해당하는 내국법인이 같은 법 제10조 또는 제12조에 따라 주무부처의 장이 승인 또는 변경승인한 사업재편계획에 의해 합병 등 사업재편을 추진하는 경우 해당 사업재편에 따라 설립 또는 변경되는 법인에 대한 법인등기에 대하여 등록면허세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 같은 법 제13조에 따라 사업재편계획 승인이 취소된 경우에는 경감된 등록면허세를 추징한다. <신설 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2020.1.15, 2021.12.28, 2024.12.31>⑨ 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 수산업협동조합중앙회(이하 이 항에서 "중앙회"라 한다)가 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할한 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 면제한다. <신설 2015.12.29>1. 대통령령으로 정하는 바에 따른 분할로 신설된 자회사(이하 이 항에서 "수협은행"이라 한다)가 그 분리로 인하여 취득하는 재산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.2. 수협은행의 법인설립등기에 대해서는 등록면허세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.⑩ 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제4조에 따른 금융위원회의 인가를 받고 「법인세법」 제44조제2항에 해당하는 금융회사 간의 합병을 하는 경우 금융기관이 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. <신설 2018.12.24, 2024.12.31>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260602

자주 묻는 질문

부가가치세가 면제되려면 설립 후 언제 포괄적 사업양수도계약을 체결해야 하나요?
부동산이 없어 취득세나 양도소득세 이월과세 문제가 발생하지 않을 경우에 쓰는 방식입니다. 현금을 납입해 주식회사를 설립한 후 3개월 이내에 포괄적 사업양수도계약을 체결하면 양도되는 자산의 부가가치세가 면제됩니다.
주택을 현물출자하면 양도소득세 이월과세가 됩니까?
일반 현물출자 법인전환에서는 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리는 이월과세 대상에서 제외되어 과세됩니다. 반면 중소기업통합에서는 임대용 부동산인지와 관계없이 사업용 고정자산이면 이월과세되므로 주택·상가도 해당합니다.
중소기업통합을 하면 국민주택채권 매입 의무가 면제됩니까?
면제되지 않습니다. 개인기업 법인전환으로 설립되는 법인은 소유권이전등기 시 국민주택채권 매입 의무가 면제되지만, 중소기업통합의 경우에는 국민주택채권을 매입해야 합니다.
설립된 지 얼마 안 된 법인에 통합해도 됩니까?
주의가 필요합니다. 설립 후 1년이 경과하지 아니한 법인이 과점주주인 개인의 사업을 승계하는 것은 통합으로 보지 아니하고, 취득세·등록면허세 비중과 혜택은 설립 후 5년 이상 된 법인이 요건입니다.
법인전환 방식을 고르실 때 보유 자산과 본점 소재지부터 따지시고, 임대업 통합은 폐지로 보이지 않는지 꼭 확인하시기를 권해드립니다.
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373[email protected]법무사 염춘필 권점희 박용일
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