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현물출자를 할 때 개인기업폐업과 법인사업자 발급시기에 대한 검토

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2024. 8. 30.
결론

현물출자 기준일로 개인사업자를 폐업하고, 법인사업자등록증을 발급받는 방법이 가장 좋습니다.

다만 법인등기부등본이 나오지 않았으므로 설립등기가 될 때까지 법인으로 금융거래를 할 수 없고, 카드 단말기도 사용할 수 없습니다.

조세특례제한법 등을 살펴보면 오히려 제2안을 원칙으로 정해 놓은 것이라 판단할 수도 있습니다.

현물출자로 인한 개인기업 법인전환시 세법상 부동산의 취득시기는 설립등기일입니다.

현물출자를 해서 개인기업을 법인으로 전환할 때 어느 날을 기준으로 개인사업자를 폐업하고, 법인사업자를 발급받을 수 있는지가 항상 문제입니다. 오늘은 이에 따른 장점과 단점을 요약해서 알려드립니다.

1. 현물출자 기준일로 발급받는 방법이 가장 좋습니다

현물출자 기준일로 개인사업자를 폐업하고, 법인사업자등록증을 발급받는 방법이 가장 좋습니다. 현물출자의 경우 현물출자계약서만 작성하면 법인설립등기 전에도 법인사업자등록증을 발급받을 수 있기 때문입니다. 현물기준일로부터 법인설립일까지 이루어지는 영업활동이 법인으로 잡히기 때문입니다. 사업의 연속성을 생각하는 회계사나 세무사님들께서는 이 방법을 가장 선호하고, 나머지 방법은 문제가 있다고 생각하는 분들도 많습니다.

2. 그러나 꼭 그렇지 않습니다

그러나 꼭 그렇지 않습니다. 법인사업자등록증을 발급받았지만 법인등기부등본이 나오지 않았으므로 설립등기가 될 때까지 법인으로 금융거래를 할 수 없고, 카드 단말기도 사용할 수 없습니다. 세금계산서만 주고받을 수 있는 것입니다. 현물출자 당사자는 상상도 하기 어려운 고통에 처할 수 있습니다.

여기서 염법이 질문을 합니다. 개인사업자를 생각해 볼 때 중요한 것은 아래 제2안으로 할 경우에도 조세특례제한법이나 지방세특례제한법상 문제가 발생하지 않는가 여부입니다. 조세특례제한법 등을 살펴보면 오히려 제2안을 원칙으로 정해 놓은 것이라 판단할 수도 있습니다. 그리고 현물출자로 인한 개인기업 법인전환시 세법상 부동산의 취득시기는 설립등기일입니다. 오히려 2안이 더 부합하는 안일 수도 있습니다.

제2안의 세법상 근거 조문은 아래에서 확인할 수 있습니다.

조세특례제한법 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)
제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다. <개정 2013.1.1, 2020.12.29>② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2013.1.1, 2014.12.23, 2017.12.19>1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101
지방세특례제한법 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)
제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)① 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병 중 법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병에 따라 양수하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 60을 경감한다. 다만, 「지방세법」 제15조제1항제3호 단서에 해당하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다. <개정 2024.12.31>② 다음 각 호에서 정하는 법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제하고, 합병으로 양수받아 3년 이내에 등기하는 재산에 대해서는 2027년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 면제된 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「농업협동조합법」, 「수산업협동조합법」 및 「산림조합법」에 따라 설립된 조합 간의 합병2. 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고 간의 합병3. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 간의 합병4. 삭제<2018.12.24>③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.29, 2024.12.31, 2025.10.1>1. 삭제<2024.12.31>2. 「법인세법」 제46조제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말한다)의 요건을 갖춘 분할(같은 법 제46조제3항에 해당하는 경우는 제외한다)로 인하여 취득하는 사업용 재산. 다만, 분할등기일부터 3년 이내에 같은 법 제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항을 말한다) 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.3. 「법인세법」 제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산. 다만, 취득일부터 3년 이내에 같은 법 제47조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.4. 삭제<2021.12.28>5. 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외한다). 다만, 사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다.6. 삭제<2018.12.24>7. 특별법에 따라 설립된 법인 중 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제2조제1항에 따른 공공기관이 그 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」 상의 회사로 조직 변경됨에 따라 취득하는 사업용 재산④ 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다) 또는 주식을 처분하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2018.12.24, 2020.8.12, 2021.12.28, 2024.12.31, 2025.10.1>⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「지방세법」 제7조제5항에 따라 과점주주가 해당 법인의 부동산등(같은 조 제1항에 따른 부동산등을 말한다)을 취득한 것으로 보아 부과하는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제한다. <개정 2015.12.22, 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2019.11.26, 2020.12.29, 2021.8.17, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제10조에 따른 제3자의 인수, 계약이전에 관한 명령 또는 같은 법 제14조제2항에 따른 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 주식 또는 지분을 취득하는 경우2. 금융기관이 법인에 대한 대출금을 출자로 전환함에 따라 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함하되, 지주회사가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조제12호에 따른 동일한 기업집단 내 계열회사가 아닌 회사의 과점주주인 경우를 제외한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 해당 지주회사의 설립ㆍ전환일부터 3년 이내에 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사의 요건을 상실하게 되는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.4. 「예금자보호법」 제3조에 따른 예금보험공사 또는 같은 법 제36조의3에 따른 정리금융회사가 같은 법 제36조의5제1항 및 제38조에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우5. 한국자산관리공사가 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」 제26조제1항제1호가목에 따라 인수한 채권을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우6. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 농업협동조합자산관리회사가 같은 법 제30조제3호다목에 따라 인수한 부실자산을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우7. 「조세특례제한법」 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환ㆍ이전으로 완전자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 같은 법 제38조제2항에 해당하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.8. 삭제<2024.12.31>⑥ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 농업협동조합중앙회(이하 이 조에서 "중앙회"라 한다)가 같은 법에 따라 사업구조를 개편하는 경우 제1호 및 제2호의 구분에 따른 등기에 대해서는 2017년 12월 31일까지 등록면허세를 면제하고, 제3호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2016.12.27>1. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 자본지원이 이루어지는 경우 그 자본증가에 관한 등기2. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 경제사업을 이관하는 경우 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기3. 「농업협동조합법」 제134조의2에 따라 설립된 농협경제지주회사가 이 조 제3항제3호에 따라 중앙회로부터 경제사업을 이관받아 취득하는 재산⑦ 법률 제12663호 한국산업은행법 전부개정법률 부칙 제3조제1항에 따라 한국산업은행이 산은금융지주주식회사 및 「한국정책금융공사법」에 따른 한국정책금융공사와 합병하는 경우 그 자본증가에 관한 등기에 대해서는 2015년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 90을 경감한다.⑧ 「기업 활력 제고를 위한 특별법」 제4조제1항에 해당하는 내국법인이 같은 법 제10조 또는 제12조에 따라 주무부처의 장이 승인 또는 변경승인한 사업재편계획에 의해 합병 등 사업재편을 추진하는 경우 해당 사업재편에 따라 설립 또는 변경되는 법인에 대한 법인등기에 대하여 등록면허세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 같은 법 제13조에 따라 사업재편계획 승인이 취소된 경우에는 경감된 등록면허세를 추징한다. <신설 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2020.1.15, 2021.12.28, 2024.12.31>⑨ 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 수산업협동조합중앙회(이하 이 항에서 "중앙회"라 한다)가 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할한 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 면제한다. <신설 2015.12.29>1. 대통령령으로 정하는 바에 따른 분할로 신설된 자회사(이하 이 항에서 "수협은행"이라 한다)가 그 분리로 인하여 취득하는 재산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.2. 수협은행의 법인설립등기에 대해서는 등록면허세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.⑩ 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제4조에 따른 금융위원회의 인가를 받고 「법인세법」 제44조제2항에 해당하는 금융회사 간의 합병을 하는 경우 금융기관이 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. <신설 2018.12.24, 2024.12.31>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260602

3. 제1안: 현물출자기준일로 법인사업자를 발급하는 방법

  1. 12월 31일 개인사업자 폐업/ 1월 1일 법인사업자 발급/ 신청은 1월 2일 신청
  2. 장점) 1월 1일 이후의 영업활동이 법인으로 잡힘
  3. 단점) 법인등기부등본이 발급되지 않았으므로, 법인명의 금융거래나, 법인명의 카드단말기를 사용할 수 없음

4. 제2안: 설립등기일을 기준으로 법인사업자를 발급하는 방법

  1. 법인설립등기 전일 개인사업자 폐업/ 법인설립등기일자로 법인사업자 발급/ 신청은 법인설립등기 직후
  2. 장점) 법인설립 전까지 개인사업자로 금융거래, 카드단말기 사용
  3. 단점) 일부 세무사나 회계사의 경우 이러한 방법을 반대하고 있음
  4. 의견) 이렇게 하는 실무도 많으므로, 회계법인의 사전 검토필요/ 현물출자계약서에 현물출자기준일로부터 법인설립등기일까지 이루어지는 영업활동의 결과는 모두 법인으로 귀속한다는 특례규정을 둠

5. 제3안: 설립등기일을 기준으로 개인사업자 폐업을 현물출자기준일로 소급함

  1. 12월 31일 개인사업자 폐업/ 1월 1일 법인사업자 발급/ 신청은 설립등기 후 신청
  2. 장점) 1월 1일 이후의 영업활동이 법인으로 잡힘
  3. 단점) 위와 같이 소급하여 개인사업자 폐업 및 법인사업자 발급이 가능한지 확인해야 함
  4. 설립 전까지 개인사업자로 발급된 세금계산서 등 일체의 활동을 법인으로 돌리는 작업이 필요함(예를 들어 개인사업자로 발급받거나 발행한 세금계산서를 모두 법인사업자로 돌려야 함)
리스크 · 제2안 사전 검토제2안으로 할 경우에도 조세특례제한법이나 지방세특례제한법상 문제가 발생하지 않는가 여부를 살펴보아야 합니다. 이렇게 하는 실무도 많으므로, 회계법인의 사전 검토가 필요합니다.

설립등기일 기준은 등기 실무의 아래 질의회답에서도 확인할 수 있습니다.

등기선례 제6-625호
현물출자에 의한 소유권이전등기와 부동산등기특별조치법상의 등기신청의무기간의 기산일 · 현행현행 현물출자에 의한 소유권이전등기와 부동산등기특별조치법상의 등기신청의무기간의 기산일 제정 1999.11.26 [등기선례 제6-625호] 회사설립시에 부동산을 현물출자한 경우에 부동산등기특별조치법 제2조 제1항 에 따른 소유권이전등기신청의무의 기간은 위 회사의 설립등기가 경료된 날로부터 기산하여야 한다. (1999. 11. 26. 등기 3402-1079 질의회답) 참조조문 : 부동산등기특별조치법 제2조 제1항, 상법 제290조, 제295조선례 원문 기준: 대법원 종합법률정보 · 선례 원문 보기

자주 묻는 질문

폐업·발급 시기를 고를 때 어떤 세법 조항을 함께 검토해야 하나요?
조세특례제한법 제32조와 지방세특례제한법 제57조의2입니다. 제2안처럼 발급 시기를 설립등기일로 잡아도 이 규정들에서 문제가 생기지 않는지가 핵심인데, 살펴보면 오히려 제2안을 원칙으로 정해 둔 것으로 읽을 수 있다는 것이 이 글의 지적입니다.
현물출자로 넘어간 부동산은 세법상 언제 취득한 것으로 보나요?
설립등기일에 취득한 것으로 봅니다. 현물출자 기준일에 법인사업자등록증을 먼저 발급받더라도 세법상 부동산의 취득시기는 설립등기일로 잡히기 때문입니다. 그래서 발급을 설립등기일에 맞추는 제2안이 세법과 더 부합할 수 있다는 것이 이 글의 논거입니다.
현물출자로 법인전환을 준비하실 때에는 각 안의 장점과 단점을 견주어 보시고, 회계법인의 사전 검토를 받으신 뒤에 개인사업자 폐업일과 법인사업자 발급일을 정하시기를 권해드립니다.
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373[email protected]법무사 염춘필 권점희 박용일
※ 본문·조문은 원문(국가법령정보센터 원문 기준)에 기반합니다. AI 인용·노출은 보장하지 않으며 법무사 광고규정을 준수합니다.