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부동산임대업의 중소기업 통합현물출자계약서 사례 및 조항별 해설

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2026-08-05

부동산임대업 개인사업장 둘을 중소기업 통합으로 법인 전환하면 양도소득세 이월과세와 취득세 감면을 받을 수 있나요?

결론

부동산임대업은 조세특례제한법 제31조의 중소기업 간 통합으로 양도소득세 이월과세를 받을 수 있지만, 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제5호 괄호에 따라 취득세 감면은 배제됩니다.

제32조 현물출자에 의한 법인전환으로 우회하여도 같은 조 제4항 괄호에서 취득세 감면은 똑같이 배제됩니다.

통합법인이 승계받은 부동산을 자가사용하면 사업의 동일성이 부정되어 이월과세 자체가 부인됩니다.

이월과세 요건인 「취득 지분가액 ≥ 소멸사업장 순자산가액」은 출자자별로 개별 판정되며, 그 가액은 대법원이 발행가액이 아니라 시가로 새깁니다.

1. 제31조 중소기업 통합인가, 제32조 법인전환인가

조세특례제한법 제32조 는 하나의 개인사업장이 법인으로 전환하는 경우 를 전제합니다. 반면 제31 조는 소멸하는 중소기업이 「통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인」에 사업용고정자산을 양도하는 경우 를 규율합니다

조세특례제한법 제31조 제1항(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)
① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

부동산임대업이 이월과세 대상에서 빠지는 것은 아닙니다. 시행령이 배제하는 것은 소비성서비스업뿐입니다.

조세특례제한법 시행령 제28조 제1항(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)
①법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2010.2.18, 2013.2.15>1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260701

2. 부동산임대업은 취득세 감면을 받을 수 없는가

1-2. 부동산임대엄이므로 취득세는 감면되지 않는다

부동산임대업을 현물출자를 하면 취득세가 감면되지 않습니다. 2022년 시행 개정으로 부동산 임대 및 공급업이 감면대상에서 빠졌습니다.

지방세특례제한법 제57조의2 제3항(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.29, 2024.12.31, 2025.10.1>1. 삭제<2024.12.31>2. 「법인세법」 제46조제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말한다)의 요건을 갖춘 분할(같은 법 제46조제3항에 해당하는 경우는 제외한다)로 인하여 취득하는 사업용 재산. 다만, 분할등기일부터 3년 이내에 같은 법 제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항을 말한다) 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.3. 「법인세법」 제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산. 다만, 취득일부터 3년 이내에 같은 법 제47조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.4. 삭제<2021.12.28>5. 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외한다). 다만, 사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다.6. 삭제<2018.12.24>7. 특별법에 따라 설립된 법인 중 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제2조제1항에 따른 공공기관이 그 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」 상의 회사로 조직 변경됨에 따라 취득하는 사업용 재산법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260602

취득세 때문에 제32조 법인전환으로 구조를 바꿔볼까 하는 생각이 들 수 있는데, 그 길도 막혀 있습니다.

제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ④ 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산(「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 제외 한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

취득세는 전액 부담입니다

부동산임대업의 법인전환에서 취득세는 어느 경로로 가든 감면이 없습니다. 상가 유상승계취득의 표준세율에 지방교육세·농어촌특별세를 더한 부담이 그대로 발생하고, 여기에 본점 소재지가 과밀억제권역이면 지방세법 제13조 제2항의 대도시 법인설립 중과(표준세율의 3배에서 중과기준세율의 2배를 뺀 세율)까지 검토해야 합니다. 임대 목적물이 주택이라면 법인 취득에 대한 중과세율이 별도로 문제되므로 법인전환의 실익 자체를 다시 계산해 보아야 합니다.

3. 승계받은 부동산을 자가사용하면 어떻게 되나

임대업에만 있는 함정입니다. 시행령 제28조 제1항 본문의 「사업의 동일성이 유지되는 것」 요건이 임대업에서는 매우 좁게 해석됩니다.

집행기준 31-28-3 임대사업에 사용하던 부동산을 통합법인이 자가 사용하는 경우 — 소멸한 중소기업이 임대사업에 사용하던 주된 자산을 통합법인에게 양도한 후 통합법인이 해당 부동산을 자가 사용 및 일부 임대하는 경우에는 사업의 동일성이 유지되지 아니한 것으로 본다.

집행기준 31-28-4 사업의 동일성이 유지되지 아니한 경우 — 중소기업 간 통합에 대한 양도소득세 이월과세는 통합으로 인해 소멸되는 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 경우에 한하여 적용하며 임대업에 사용되던 자산을 제조업에 사용하는 경우 동일성이 유지되지 아니한 것으로 본다.

일부만 자가사용할 경우 별도로 검토할 필요가 있습니다. 꼭 전문가와 상의하시기 바랍니다.

4. 반드시 현물출자에 의한 설립으로 진행해야 하나

가장 흔하면서 치명적인 실수가 설립등기를 먼저 하고 사후에 사업을 승계시키는 것입니다.

집행기준 31-28-2 법인설립 후 1년이 경과되지 않은 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조의 과점주주에 한함)의 사업을 승계하는 경우에는 통합으로 보지 아니하는 것이며, 출자자가 아닌 개인의 사업을 승계하는 때에는 양도소득세의 이월과세를 적용할 수 있다.

설립등기를 먼저 하고 사후에 사업을 승계시키는 구조는 이 집행기준에 따라 통합 자체로 인정받지 못합니다.

5. 유한회사 현물출자의 사원 책임

유한회사는 현물출자에 관한 검사인 조사 절차가 없습니다. 절차가 간명해 실무상 선호되지만, 그 대가로 사원이 무과실의 전보책임을 집니다.

제550조(현물출자 등에 관한 책임) ① 현물출자 또는 재산인수의 목적인 재산의 회사성립 당시의 실가가 정관에 정한 가격에 현저하게 부족한 때에는 회사성립당시의 사원은 회사에 대하여 그 부족액을 연대하여 지급할 책임이 있다. ② 전항의 사원의 책임은 면제하지 못한다.

제551조(출자미필재산가액의 전보책임) ① 회사성립 후에 출자금액의 납입 또는 현물출자의 이행이 완료되지 아니하였음이 발견된 때에는 회사성립당시의 사원, 이사와 감사는 회사에 대하여 그 납입되지 아니한 금액 또는 이행되지 아니한 현물의 가액을 연대하여 지급할 책임이 있다.

「평가를 대충 해도 된다」가 아니라 「평가를 잘못하면 사원이 직접 물어낸다」는 뜻입니다. 그것도 면제할 수 없는 책임입니다. 출자재산의 거의 전부가 부동산인 임대업 통합에서는 감정평가의 정확성이 곧 사원의 개인 책임과 직결됩니다.

6. 계약서 조항별 해설 — 당사자 표시

업종은 반드시 표준산업분류에 따라 기재합니다. 부동산임대업 사건에서는 이 한 줄이 취득세 감면 여부와 사업의 동일성 판정을 동시에 결정합니다. 세부 분류가 비주거용 건물 임대업인지 주거용 건물 임대업인지에 따라 세부담이 크게 달라지므로 사업자등록증 원본과 대조해 두십시오.

또 하나. 「발기인대표」라고 쓴 계약서를 자주 봅니다. 유한회사에는 발기인 제도가 없습니다. 정관은 사원이 작성합니다.

상법 제543조 제1항(정관의 작성, 절대적 기재사항)
①유한회사를 설립함에는 사원이 정관을 작성하여야 한다. <개정 2001.7.24>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723
민법 제124조(자기계약, 쌍방대리)
제124조(자기계약, 쌍방대리) 대리인은 본인의 허락이 없으면 본인을 위하여 자기와 법률행위를 하거나 동일한 법률행위에 관하여 당사자쌍방을 대리하지 못한다. 그러나 채무의 이행은 할 수 있다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260317

7. 목적 조항과 진술·보장

본 계약은 000 및 000이 각 운영하고 있는 위 각 부동산임대사업에 관한 일체의 권리와 의무를 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간의 통합의 방식으로 유한회사 000에 현물출자함으로써, 통합에 의하여 설립되는 법인이 종전과 동일한 부동산임대사업을 계속 영위함에 그 목적이 있다.

「종전과 동일한 부동산임대사업을 계속 영위한다」는 문구를 목적조항에 넣어둡니다. 사업의 동일성 유지 요건에 관한 당사자 의사의 표시가 되고, 앞서 본 자가사용 문제에 대한 방어선이 됩니다.

② 각 출자자는 별지 목록에 기재된 자산·부채 외에 부외채무, 계류 중인 소송, 조세 체납, 임차인에 대한 미정산 채무가 존재하지 아니함을 진술하고 보장하며, 계약 체결 후 이러한 사항이 발견되는 경우 해당 출자자가 이를 부담한다.

③ 설립중인 유한회사 000는 현물출자에 의한 설립의 방법으로 설립등기를 마치며, 설립등기 후 별도의 사업양수 절차를 취하지 아니한다

임대업에서 부외채무의 전형은 임차인에게 돌려주어야 할 관리비 정산금, 원상회복 관련 분쟁, 그리고 장부에 잡히지 않은 보증금입니다. 이중계약서가 있는 임대차가 섞여 있으면 순자산가액 산정 자체가 흔들리므로 진술·보장 조항을 실질적으로 운용하셔야 합니다.

8. 사업승계와 임대차관계의 승계

② 승계의 대상이 되는 자산 및 부채의 명세는 별지 제1호 목록과, 임대차계약의 명세는 별지 제2호 목록과 같다. 다만 별지 제3호 목록에 기재된 대표자 가지급금·가수금, 개인적 채무 및 일신전속적 권리는 승계대상에서 제외한다.

민법 제454조 제1항(채무자와의 계약에 의한 채무인수)
①제삼자가 채무자와의 계약으로 채무를 인수한 경우에는 채권자의 승낙에 의하여 그 효력이 생긴다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260317

④ 각 출자자는 승계대상 부동산에 설정된 담보권의 채무 인수에 관하여 채권자인 금융기관의 승낙을 받아야 한다.

임대업 통합에서 실제로 사고가 나는 지점이 여기입니다. 세 가지가 겹칩니다.

첫째, 면책적 채무인수는 채권자의 승낙이 있어야 효력이 생깁니다.

임차인의 동의 없이는 등기가 법인 앞으로 넘어간 뒤에도 개인이 보증금 반환책임을 계속 집니다. 임차인이 여럿이면 통합 착수 시점부터 동의서 징구 일정을 별도로 잡아야 합니다.

둘째, 임차인과 보증금이 함께 넘어가지 않으면 부가가치세법상 사업의 양도로 인정받지 못할 위험이 있습니다. 임대업의 동일성은 부동산이 아니라 임대차관계에서 나온다고 보는 것이 과세실무의 태도입니다.

셋째, 대출금이 승계되지 않으면 역시 포괄승계가 깨집니다. 근저당권 채무자 변경에는 금융기관의 승낙이 필요하므로, 실무상 이것이 일정 지연의 최대 원인입니다.

9. 현물출자 기준일과 그 이후의 손익

② 기준일 다음날부터 설립등기일까지 발생한 차임 및 관리비 수입과 그 기간에 대응하는 비용은 설립될 유한회사 000에 귀속한다.

③ 각 출자자는 기준일부터 설립등기일까지 선량한 관리자의 주의로써 임대사업을 유지하여야 하며, 신규 임대차계약의 체결, 기존 임대차조건의 변경, 보증금의 반환 또는 증감, 부동산의 처분 및 담보 제공을 하여서는 아니 된다.

임대업은 손익이 월 단위로 규칙적으로 발생하므로 귀속 시점이 특히 명확해야 합니다. 기준일과 설립등기일 사이에 결산·감정평가·정관작성 기간이 끼어 통상 1개월 이상 공백이 생기고, 그 사이 차임은 여전히 개인 계좌로 들어옵니다. 정산 방법까지 정해두는 것이 좋습니다.

제3항이 특히 중요합니다. 이 기간에 임대차조건이 바뀌면 감정평가의 전제가 무너지고 순자산가액이 달라집니다.

10. 현물출자 재산의 평가

① 각 개인기업의 기준일 현재 결산이 확정되면, 확정된 자산과 부채를 현물출자의 목적물로 한다.

② 평가는 기준일 현재의 시가에 의한다. 부동산은 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등 2개 이상의 감정가액의 산술평균액으로 하고, 그 밖의 자산으로서 시가가 불분명한 것은 「상속세 및 증여세법」 제60조 이하의 보충적 평가방법에 의한다.

③ 부채는 임대차보증금 반환채무와 충당금을 포함하여 평가한다.

「시가가 있는 것은 시가로 평가한다」 정도로 적어둔 계약서가 많은데, 평가방법으로서는 아무것도 정하지 않은 것과 같습니다. 임대업 통합은 자산의 거의 전부가 부동산이므로 감정평가 결과가 곧 순자산가액이고, 그것이 곧 이월과세 요건의 분모가 됩니다.

「구 조세특례제한법 제31조 제1항에서 정한 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세 이월과세의 취지는, 개인이 권리ㆍ의무의 주체가 되어 경영하던 기업을 개인 기업주와 독립된 법인이 권리ㆍ의무의 주체가 되어 경영하도록 기업의 조직 형태를 변경하는 경우, 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과하다는 점을 고려하여, 개인이 중소기업 간의 통합을 위하여 사업용 고정자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 과세시기를 통합법인이 이를 양도하는 시점으로 늦추고, 아울러 그 납세의무자도 개인이 아닌 통합법인으로 변경함으로써 중소기업 간의 원활한 구조조정을 지원하고자 함에 있다(대법원 2014.

12. 24. 선고 2014두40661 판결 등 참조). 일반적으로 개인기업에 비하여 법인기업이 기업의 영속성과 발전성이 강하고, 중소기업 간의 통합에 의하여 기업의 대외신용도를 높일 수 있으며, 자본조달의 원활화․다양화가 가능함과 동시에 회계가 투명하여 세수 증대를 기대할 수 있기 때문이다.

나아가 이 사건 이월 조항에서 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액을 '통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액'에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액으로 규정한 취지는, 법인의 출자금을 계산함에 있어 소멸하는 사업장의 순자산가액을 시가로 평가하게 함으로써 통합법인의 자본충실을 기하려는 데 있다.

또한 이 사건 이월 조항의 전신인 구 조세감면규제법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것) 제28조 제2항 제2호에서 '통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 1년간 평균 순자산가액 … 이상일 것'을 이월과세의 요건으로 규정함에 따라, 소멸하는 사업장의 순자산가액의 시가와 장부가액의 차액 상당액이 당사자 사이에 현금 등으로 수수됨으로써 유상양도의 속성을 지닌 경우에 대해서까지 양도소득세를 과세하지 못하고 이월과세의 혜택을 부여하게 된다는 문제점이 제기되었는데, 이를 해소하기 위해 이 사건 이월 조항에서는 소멸하는 사업장의 순자산가액을 과거에 위와 같이 장부가액으로 평가하던 것을 시가로 평가하도록 한 것이다.」

현물출자자가 한 사람이고, 두 개의 임대부동산 사업장을 통합할 경우에는 1개의 감정평가도 가능합니다. 중소기업 통합을 진행하는 전문가들이 염법에게 자주 질문하는 사항 중 하나입니다.

11. 순자산가액 산정과 출자좌수 배분

① 제5조에 따라 확정한 자산총액에서 부채총액을 차감한 금액을 각 출자자별로 산정하여 그 출자자의 소멸사업장 순자산가액으로 한다.

② 자본금은 각 출자자의 순자산가액 합계액에 현금출자액을 합한 금액으로 한다.

제1항의 「각 출자자별로」가 핵심입니다. 합산해서 하나의 순자산가액만 뽑아두면 다음 조의 요건 판정을 할 수 없습니다.

임대업 통합에서는 이 계산이 특히 예민합니다. 상가에 담보대출과 보증금이 잔뜩 걸려 있으면 감정가액은 큰데 순자산가액은 얼마 되지 않거나 심지어 마이너스가 나올 수 있습니다. 두 사람의 부채비율이 서로 다르면 지분율이 감정가액 비율과 전혀 다르게 나오므로, 계약 전에 개략 계산을 해서 당사자에게 보여드리는 편이 좋습니다.

③ 각 출자자가 본 통합으로 인하여 취득하는 지분의 가액은 그 출자자의 소멸사업장 순자산가액 이상이어야 한다. 당사자들은 이 요건이 충족되도록 출자좌수를 정하며, 이에 미달할 우려가 있는 경우 해당 출자자의 현금출자액을 증액하여 조정한다.

이 조가 계약서 전체에서 가장 중요합니다. 제3항의 요건은 출자자별로 개별 판정되기 때문에, 두 사람 중 한 사람만 미달해도 그 사람은 이월과세를 통째로 잃습니다.

「이 사건 쟁점조항에 의하면, 존속기업이 소멸기업으로부터 취득하는 사업용 재산에 관한 취득세를 면제받기 위해서는 소멸기업의 중소기업자가 '당해 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액'이 소멸기업의 순자산가액 이상이어야 한다. 이때 '당해 통합으로 인하여 취득하는 주식'은 이 사건 쟁점조항이 그 취득시점에 아무런 제한을 두지 않고 있으므로 그 문언에 충실하게 사업용 재산 취득 이후라도 '통합의 대가로 취득하는 주식'이기만 하면 이에 포함된다고 봄이 타당하다. 한편 존속기업이 발행하여 소멸기업의 중소기업자가 취득한 주식이 이러한 주식에 해당하는지는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 판단하여야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 당해 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다.」

여기까지는 납세자에게 유리한 판시입니다. 그런데 「가액」을 무엇으로 볼 것인가에 관하여는 최근 대법원이 엄격한 입장을 밝혔습니다. 발행가액을 순자산가액에 맞추어 놓았더라도 그 지분의 시가 자체가 순자산가액에 미달하면 요건을 충족하지 못한다는 것입니다.

「이러한 관련 규정의 문언, 체계 및 아래에서 보는 이 사건 이월 조항의 취지 등을 종합하여 보면, 이 사건 이월 조항에서의 '통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액'이란 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 시가 자체를 의미한다고 해석함이 타당하다.

따라서 '당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액'의 시가가 소멸하는 사업장의 순자산가액의 시가에 미달하는 경우에 대해서까지 양도소득세 이월과세의 혜택을 일률적으로 부여하는 것은, 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항이 정한 '사업의 동일성', 즉 통합으로 인해 소멸하는 사업장의 순자산가액이 통합법인에 그대로 승계되어야 한다는 요건을 충족하지 못하므로 허용될 수 없고, 구 조세특례제한법 제31조 제1항이 정한 중소기업 간 통합에 대한 양도소득세 이월과세의 취지에 부합하지도 않는다.」

순자산가액에 상응하는 신주를 1주당 3,438원에 발행·교부하고 이월과세를 적용받았는데, 그 후 통합법인의 분식회계 사실이 드러나 분식을 제거한 재무제표로 주식을 재평가하자 시가가 발행가액에 미달하게 된 사안입니다. 과세관청이 이월과세 요건 불충족으로 보아 양도소득세 41억여 원과 납부불성실가산세 24억여 원을 부과하였고, 원심은 발행가액 기준으로 보아 처분을 위법하다고 하였으나 대법원이 파기하였습니다.

이 판결이 임대업 통합에 주는 함의는 분명합니다. 신설 유한회사의 지분은 출자재산이 곧 순자산이므로 원칙적으로 두 값이 일치하지만, 그 일치는 감정평가가 정확하다는 전제 위에서만 성립합니다. 부동산을 높게 평가해 출자좌수를 많이 받아두면 지분의 시가는 그만큼 따라오지 않고, 그 차액만큼 요건이 무너집니다. 제5조의 감정평가 조항이 단순한 형식이 아닌 이유입니다.

「출자좌수」가 맞고, 1좌의 금액은 100원 이상 균일하여야 합니다.

상법 제546조(출자 1좌의 금액의 제한)
제546조(출자 1좌의 금액의 제한) 출자 1좌의 금액은 100원 이상으로 균일하게 하여야 한다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723

제4항의 단수 처리 조항이 없으면 조문끼리 충돌합니다. 자본금을 순자산가액으로 정해놓고 1좌를 10,000원으로 잡으면, 순자산가액이 10,000원의 배수가 아닌 이상 두 조항을 동시에 만족시킬 수 없습니다.

12. 가액확정 합의서

당사자들은 결산 및 감정평가가 완료되는 즉시 별도의 서면으로 각 출자자별 현물출자 목적재산의 종류·수량·가격, 부여할 출자좌수 및 자본금 총액을 확정한다. 위 서면은 본 계약의 일부를 구성하며, 그 내용은 유한회사 000의 정관에 기재한다.

계약은 결산 전에 체결하고 가액은 결산 후에 확정되므로 그 사이를 잇는 서면이 반드시 필요합니다. 정관 기재사항이기 때문에 더욱 그렇습니다. 부동산은 소재지·지번·지목·면적까지 특정하여야 합니다.

상법 제544조(변태설립사항)
제544조(변태설립사항) 다음의 사항은 정관에 기재함으로써 그 효력이 있다.1. 현물출자를 하는 자의 성명과 그 목적인 재산의 종류, 수량, 가격과 이에 대하여 부여하는 출자좌수2. 회사의 설립후에 양수할 것을 약정한 재산의 종류, 수량, 가격과 그 양도인의 성명3. 회사가 부담할 설립비용법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723

13. 고용의 승계

유한회사 000는 각 사업장에 근무하는 근로자 전원의 고용을 승계하며, 근속연수, 연차유급휴가 및 퇴직금 지급의무를 함께 승계한다. 근로자 명단은 별지 제4호 목록과 같다. 근로자가 없는 사업장의 경우 본 조를 적용하지 아니한다.

임대업은 근로자가 없거나 관리인 한두 명인 경우가 많아 형식적으로 처리하기 쉬운 조항입니다. 다만 건물 관리인이 있다면 반드시 정리하고 넘어가야 합니다. 「신규채용에 의하여 전원인수, 계속 근무케 한다」처럼 쓰면 신규채용인지 고용승계인지가 모순되어 퇴직금 분쟁의 원인이 됩니다.

건물 관리를 외부 업체에 위탁하고 있다면 그 위탁계약의 승계도 별지에 넣어야 합니다.

14. 세제 적용을 위한 협력과 사후관리

① 당사자들은 「조세특례제한법」 제31조 제3항에 따른 이월과세 적용신청을 위하여 필요한 서류를 상호 교부하고, 양도소득세 과세표준 신고기한 내에 통합법인과 연명으로 이월과세적용신청서를 제출한다.

② 당사자들은 승계대상 재산이 「지방세특례제한법」 제57조의2 제3항 제5호 괄호의 부동산 임대 및 공급업에 해당하여 취득세 감면이 배제됨을 상호 확인하며, 그 취득세는 유한회사 000가 부담한다.

③ 유한회사 000는 사업용고정자산을 양도받은 날부터 5년 이내에 승계받은 부동산임대사업을 폐지하지 아니하며, 승계받은 부동산의 전부 또는 일부를 자가사용하지 아니한다.

④ 각 출자자는 제3항의 기간 내에 본 통합으로 취득한 지분의 100분의 50 이상을 처분하지 아니한다.

⑤ 제3항 또는 제4항을 위반한 당사자는 그로 인하여 추징되는 이월과세액 상당액과 가산세를 전액 부담한다.

제2항은 「몰랐다」는 분쟁을 막기 위한 조항입니다. 부동산임대업 통합에서 취득세가 감면되지 않는다는 사실은 의뢰인이 가장 늦게 알고 가장 크게 놀라는 대목입니다. 계약서에 못박아 두시기 바랍니다.

제3항 후단이 임대업 특유의 조항입니다. 앞서 본 집행기준 31-28-3에 대응하는 것으로, 사업 폐지뿐 아니라 자가사용까지 금지해야 이월과세가 지켜집니다. 통합법인이 그 상가에 사무실을 내는 일이 실제로 자주 벌어집니다.

집행기준 31-28-6 사업폐지의 범위 — 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업용고정자산의 1/2 이상 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 사업의 폐지로 본다. 다만 통합법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우, 적격합병·적격분할·적격분할 요건을 갖춘 물적분할·과세특례를 적용받는 현물출자 방법으로 자산을 처분한 경우, 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우, 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우는 그러하지 아니하다.

상가 두 채 중 한 채를 파는 것만으로도 1/2 처분에 해당할 수 있습니다. 5년은 짧지 않은 기간이므로, 출구 계획이 있다면 통합 자체를 재검토하셔야 합니다.

15. 부가가치세 — 사업의 양도

부가가치세법 제10조 제9항(재화 공급의 특례)
⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. <개정 2014.1.1, 2017.12.19>1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.3. 법률에 따라 조세를 물납(物納)하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것4. 신탁재산의 소유권 이전으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260102

임대업에서 이 조항은 형식이 아닙니다. 임차인과 보증금이 함께 넘어가지 않거나 담보대출이 승계되지 않으면 포괄승계가 부정되어 건물분에 대한 부가가치세 문제가 생깁니다. 「임대차계약상 지위를 포함하여」라는 문구를 넣어두시고, 실제로도 제3조의 임차인 승낙 절차를 반드시 이행하십시오.

16. 명이이전·비용과 나머지 조항

① 각 출자자는 설립등기와 동시에 부동산의 소유권이전등기에 필요한 서류를 교부한다.

② 각 출자자는 기준일 이후 지체 없이 폐업신고를 하고, 유한회사 000는 신규 사업자등록을 한다.

③ 감정평가비용은 각 출자자가 자기 사업장분을 부담하고, 취득세·등록면허세 및 등기비용은 유한회사 000가 부담한다.

취득세가 감면되지 않는 사건에서는 제3항의 비용 부담이 실제로 큰 금액이 됩니다. 자본금 규모와 취득세 재원을 함께 설계하지 않으면 설립 직후 법인에 현금이 없어 취득세를 못 내는 일이 생깁니다. 현금출자액을 정할 때 이 점을 반드시 계산에 넣으십시오.

그 밖에 계약의 해제 사유와 전속적 합의관할 조항을 두는 것이 좋습니다. 결산 결과 어느 출자자의 순자산가액이 부(負)의 금액으로 나오는 경우가 임대업에서는 드물지 않습니다.

17. 자주 보이는 중소기업 통합 오류 정리

마지막으로 실무에서 자주 보이는 잘못된 표기와 처리를 정리합니다.

  1. 발기인대표
  2. 대표사원
  3. 유한회사에는 발기인 제도가 없음
  4. 교부할 주식수
  5. 교부할 출자좌수
  6. 유한회사에는 주식이 없음
  7. 현물출자를 하여 법인전환
  8. 조특법 제31조에 따른 중소기업 간의 통합
  9. 제31조와 제32조의 혼용
  10. 다만 개인사업자간에 중소기업통합하여 법인을 신설할 경우 조특법 31조에 의한다는 내용을 기재함과 동시에 이와 같은 용어를 사용할 수 있음
  11. 취득세도 감면된다는 안내
  12. 부동산임대업은 감면 배제
  13. 지특법 제57조의2 제3항 제5호 괄호
  14. 부동산만 이전하고 임차인은 정리
  15. 임대차계약상 지위 전부 승계
  16. 포괄승계 및 사업의 동일성 요건
  17. 통합법인이 일부 층을 사무실로 사용
  18. 전부 임대 유지
  19. 집행기준 31-28-3 자가사용 시 동일성 부정
  20. 신규채용에 의하여 계속 근무
  21. 근속연수·퇴직금 의무를 승계하여 고용승계
  22. 문언 모순

자주 묻는 질문

현물출자자가 한 사람이고 임대부동산 사업장이 두 곳이면 감정평가를 두 개 모두 해야 하나요?
현물출자자가 한 사람이고 두 개의 임대부동산 사업장을 통합할 경우에는 1개의 감정평가도 가능합니다.
상가 두 채 중 한 채를 통합 후 5년 안에 팔아도 되나요?
상가 두 채 중 한 채를 파는 것만으로도 승계받은 사업용고정자산의 1/2 처분에 해당하여 사업 폐지로 볼 위험이 있으므로, 출구 계획이 있다면 통합 자체를 재검토해야 합니다.
설립할 법인의 본점이 과밀억제권역에 있으면 취득세 부담이 더 커지나요?
본점 소재지가 과밀억제권역이면 지방세법 제13조 제2항의 대도시 법인설립 중과까지 검토해야 합니다.
부동산임대업 통합은 양도소득세 이월과세는 설계하되 취득세는 전액 부담으로 계산에 넣고, 자가사용 금지와 출자자별 지분가액 요건을 계약 단계에서 못박아 두시기 바랍니다.
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373[email protected]법무사 염춘필 권점희 박용일
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