회사 실무와 놀자
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소규모합병을 할 때 회사 실무자가 check 해야 할 사항

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2025. 5. 14.
결론

무릇 합병을 할 때에는 제일 먼저 합병을 함에 따라 발생하는 세금에 대한 확인을 해야 합니다.

합병에 따라 발생하는 세금이 감당할 정도인지 여부에 따라 합병을 할 수도, 하지 않을 수도 있습니다.

존속회사가 부담하는 법인세/또는 절감하는 법인세 효과, 주주간에 발생할 수 있는 증여세 등 국세를 검토합니다.

소멸회사가 부동산을 가지고 있을 경우 해당 부동산을 존속회사로 이전해야 하며 이때 취득세 등이 발생할 수 있습니다.

소규모합병을 할 때에는 제일 먼저 합병을 함에 따라 발생하는 세금에 대한 확인을 해야 합니다.

1. 세무 검토

  1. 세금에 대한 검토는 회계사나 세무사님께 자문을 구하는 것이 좋습니다.
  2. 부동산이 있을 경우 취득세가 얼마나 들어가는 지 사전에 확인합니다.
  3. 합병을 함에 따라 존속회사 주주의 주식 비율이 바뀔 수 있으므로 존속회사가 부동산을 가지고 있을 경우 간주취득세 납부 대상인지 확인해 보는 것도 좋습니다.
  4. 법인세법상 적격합병에 해당할 경우 법인세법 등에서 정한 여러가지 세무상 혜택을 누릴 수 있습니다.
  5. 취득세도 감경이 되므로 적격합병인지 여부를 확인할 필요가 있습니다.
  6. 적격합병에 해당하는지 여부도 회계사의 도움을 받는 것이 좋습니다.
  7. 비적격합병이라 하더라도 세무상 잇슈가 없을 수 있으므로이 또한한 확인할 필요가 있습니다.
  8. 합병 후 존속하는 회사가 합병으로 인하여 발행하는 신주 및 이전하는 자기주식의 총수가 그 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과하지 아니하는 경우에는 그 존속하는 회사의 주주총회의 승인은 이를 이사회의 승인으로 갈음할 수 있습니다.
  9. 이를 소규모 합병이라 합니다.
  10. 다만, 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에게 제공할 금전이나 그 밖의 재산을 정한 경우에 그 금액 및 그 밖의 재산의 가액이 존속하는 회사의 최종 대차대조표상으로 현존하는 순자산액의 100분의 5를 초과하는 경우에는 소규모합병을 인정하지 않습니다.
  11. 존속회사의 주주총회에서 합병을 승인하는 것에 갈음하여 이사회에서 합병을 승인하는 것이 소규모합병이므로 소규모 합병을 하려면 존속회사의 이사회가 구성되어 있어야 합니다.
  12. 자본금 10억원 미만인 회사로 이사의 수가 1인 또는 2인일 경우에는 이사회가 구성되지 아니하므로 소규모 합병을 할 수 없습니다.
  13. 상장회사는 주주총회를 개최하는 데 상당한 시간이 소요(약 45일)되며, 비용도 많이 들어갑니다.
  14. 비상장회사이면서 주주의 수가 많지 않을 경우에는 주주총회를 개최하여 합병을 승인하는 것이 시간도 단축하고, 비용도 절약할 수 있습니다.
  15. 상법이 정한 소규모 합병 요건에 해당한다 하더라도, 비상장 회사일 경우에는 주주총회에서 합병을 승인하는 일반합병을 하는 것이 좋을 때가 많습니다, 어느 쪽을 선택할 것인지 미리 잘 따져보고 결정해야 합니다.
  16. 합병후 존속하는 회사의 발행주식총수의 100분의 20 이상에 해당하는 주식을 소유한 주주가 소규모합병 공고 또는 통지를 한 날부터 2주내에 회사에 대하여 서면으로 합병에 반대하는 의사를 통지한 때에는 소규모합병을 할 수 없습니다.
  17. 따라서 사전에 합병에 반대할 것으로 예상되는 주주와 주식수를 계산해서 소규모합병을 할 것인지 결정합니다.
  18. 소규모합병에 반대하는 주식수가 발행주식총수의 100분의 20 이상일 때 어떻게 할 것인지 플랜 B를 마련할 필요가 있는 회사의 경우에는 사전에 플랜 B를 만들어 놀 필요가 있습니다.
  19. 소규모합병은 합병에 반대하는 주주가 주식매수청구를 할 수 없습니다.
  20. 채권자보호절차는 일반합병과 동일한 방법으로 진행합니다.
  21. 합병을 반대하는 채권자가 채권자이의를 제출하여 합병이 무산되는 경우도 있습니다.
  22. 합병에 반대하는 채권자가 있는 지 사전에 확인하고, 반대할 경우 어떻게 할 것인지 미리 결정해 두는 것이 좋습니다.
  23. 존속회사가 소규모합병을 하는 경우 소멸회사가 간이합병을 하는 예가 많습니다.
  24. 간이합병 조건을 확인한 후 소멸회사가 간이합병을 할 것인지, 일반합병을 할 것인지 결정합니다.
  25. 소규모 합병을 하는 것으로 결정할 경우 합병비율을 사전에 확정합니다.
  26. 합병비율에 따라 소멸회사의 주주에게 존속회사의 주식을 교부합니다.
  27. 합병비율에 따라 증여세 등이 부과될 수 있으므로, 합병비율을 산정할 때에도 회계사나 세무사 등 전문가의 도움을 받는 것이 좋습니다.
  28. 합병을 반대하는 주주의 주식수를 사전에 가늠해 보는 것외에 합병을 함에 따라 존속회사의 사업목적을 추가해야 하는 지, 이사 등 임원을 추가로 선임해야 하는 지 여부를 점검 합니다.
  29. 이사회에서 합병을 승인하는 소규모합병에서는 합병계약서에 정관변경사항이나 선임할 이사 등을 기재하더라도 그 효력이 발생하지 않습니다.
  30. 일반 합병과 다른 점이므로 주의해야 합니다.
대법원 2015.07.23 선고 2013다62278 — 손해배상(기)
흡수합병 시 존속회사가 발행하는 합병신주를 소멸회사의 주주에게 배정·교부함에 있어서 적용할 합병비율을 정하는 것은 합병계약의 가장 중요한 내용이고, 만일 합병비율이 합병할 각 회사의 일방에게 불리하게 정해진 경우에는 그 회사의 주주가 합병 전 회사의 재산에 대하여 가지고 있던 지분비율을 합병 후에 유지할 수 없게 됨으로써 실질적으로 주식의 일부를 상실하게 되는 결과를 초래하므로, 비상장법인 간 흡수합병의 경우 소멸회사의 주주인 회사의 이사로서는 합병비율이 합병할 각 회사의 재산 상태와 그에 따른 주식의 실제적 가치에 비추어 공정하게 정하여졌는지를 판단하여 회사가 합병에 동의할 것인지를 결정하여야 한다.다만 비상장법인 간 합병의 경우 합병비율의 산정방법에 관하여는 법령에 아무런 규정이 없을 뿐만 아니라 합병비율은 자산가치 이외에 시장가치, 수익가치, 상대가치 등의 다양한 요소를 고려하여 결정되어야 하는 만큼 엄밀한 객관적 정확성에 기하여 유일한 수치로 확정할 수 없는 것이므로, 소멸회사의 주주인 회사의 이사가 합병의 목적과 필요성, 합병 당사자인 비상장법인 간의 관계, 합병 당시 각 비상장법인의 상황, 업종의 특성 및 보편적으로 인정되는 평가방법에 의하여 주가를 평가한 결과 등 합병에 있어서 적정한 합병비율을 도출하기 위한 합당한 정보를 가지고 합병비율의 적정성을 판단하여 합병에 동의할 것인지를 결정하였고, 합병비율이 객관적으로 현저히 불합리하지 아니할 정도로 상당성이 있다면, 이사는 선량한 관리자의 주의의무를 다한 것이다.판례 원문 기준: 대법원 종합법률정보 · 판례 원문 보기

2. 적격합병이면 세금이 어떻게 달라지는가

법인세(국세) — 법인세법 제44조 제2항은 ①합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것 ②합병대가 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상일 것 ③승계받은 사업을 계속할 것 ④승계한 근로자 비율이 100분의 80 이상일 것의 네 요건을 모두 갖춘 합병을 적격합병으로 정하고, 이 경우 양도손익이 없는 것으로 할 수 있게 합니다. 내국법인이 발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인을 합병하는 경우에는 같은 조 제3항에 따라 그 자체로 적격합병으로 봅니다.

취득세(지방세) — 원문이 「취득세도 감경이 되므로 적격합병인지 여부를 확인할 필요가 있습니다」라고 한 근거가 지방세법 제15조 제1항 제3호입니다. 「법인세법 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득」에는 표준세율에서 중과기준세율을 뺀 세율을 적용합니다. 나아가 지방세특례제한법 제57조의2 제1항은 그 합병이 중소기업 간 합병 등에 해당하면 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우 취득세의 100분의 60을 경감합니다. 즉 적격합병 요건을 갖추지 못하면 취득세 특례도 받지 못합니다.

다만 사후관리가 있습니다. 합병등기일부터 3년 이내에 승계받은 사업을 폐지하는 등 법인세법 제44조의3 제3항 각 호의 사유가 생기면 경감받은 취득세를 추징하고(지방세법 제15조 제1항 제3호 단서), 법인세 쪽에서도 익금에 산입하여 다시 과세합니다.

법인세법 제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세)
제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세)① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2017.12.19, 2018.12.24, 2021.12.21>1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2016.12.20, 2018.12.24>1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101
지방세법 제15조(세율의 특례)
제15조(세율의 특례)① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조제1항제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다. <개정 2010.12.27, 2015.7.24, 2015.12.29, 2017.12.26>1. 환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간 내에 매도자가 환매한 경우의 그 매도자와 매수자의 취득2. 상속으로 인한 취득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 취득3. 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.4. 공유물ㆍ합유물의 분할 또는 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률」 제2조제1호나목에서 규정하고 있는 부동산의 공유권 해소를 위한 지분이전으로 인한 취득(등기부등본상 본인 지분을 초과하는 부분의 경우에는 제외한다)5. 건축물의 이전으로 인한 취득. 다만, 이전한 건축물의 가액이 종전 건축물의 가액을 초과하는 경우에 그 초과하는 가액에 대하여는 그러하지 아니하다.6. 「민법」 제834조, 제839조의2 및 제840조에 따른 재산분할로 인한 취득7. 그 밖의 형식적인 취득 등 대통령령으로 정하는 취득② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다. <개정 2010.12.27, 2015.7.24, 2016.12.27, 2019.12.31, 2021.12.28, 2023.12.29>1. 개수로 인한 취득(제11조제3항에 해당하는 경우는 제외한다). 이 경우 과세표준은 제10조의6제3항에 따른다.2. 제7조제4항에 따른 선박ㆍ차량과 기계장비 및 토지의 가액 증가. 이 경우 과세표준은 제10조의6제1항에 따른다.3. 제7조제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조의6제4항에 따른다.4. 제7조제6항에 따라 외국인 소유의 취득세 과세대상 물건(차량, 기계장비, 항공기 및 선박만 해당한다)의 소유권을 이전 받는 조건으로 임차하여 수입하는 경우의 취득(연부로 취득하는 경우로 한정한다)5. 제7조제9항에 따른 시설대여업자의 건설기계 또는 차량 취득6. 제7조제10항에 따른 취득대금을 지급한 자의 기계장비 또는 차량 취득. 다만, 기계장비 또는 차량을 취득하면서 기계장비대여업체 또는 운수업체의 명의로 등록하는 경우로 한정한다.7. 제7조제14항 본문에 따른 토지의 소유자의 취득8. 그 밖에 레저시설의 취득 등 대통령령으로 정하는 취득법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101
지방세특례제한법 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)
제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)① 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병 중 법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병에 따라 양수하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 60을 경감한다. 다만, 「지방세법」 제15조제1항제3호 단서에 해당하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다. <개정 2024.12.31>② 다음 각 호에서 정하는 법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제하고, 합병으로 양수받아 3년 이내에 등기하는 재산에 대해서는 2027년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 면제된 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「농업협동조합법」, 「수산업협동조합법」 및 「산림조합법」에 따라 설립된 조합 간의 합병2. 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고 간의 합병3. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 간의 합병4. 삭제<2018.12.24>③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.29, 2024.12.31, 2025.10.1>1. 삭제<2024.12.31>2. 「법인세법」 제46조제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말한다)의 요건을 갖춘 분할(같은 법 제46조제3항에 해당하는 경우는 제외한다)로 인하여 취득하는 사업용 재산. 다만, 분할등기일부터 3년 이내에 같은 법 제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항을 말한다) 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.3. 「법인세법」 제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산. 다만, 취득일부터 3년 이내에 같은 법 제47조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.4. 삭제<2021.12.28>5. 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외한다). 다만, 사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다.6. 삭제<2018.12.24>7. 특별법에 따라 설립된 법인 중 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제2조제1항에 따른 공공기관이 그 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」 상의 회사로 조직 변경됨에 따라 취득하는 사업용 재산④ 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다) 또는 주식을 처분하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2018.12.24, 2020.8.12, 2021.12.28, 2024.12.31, 2025.10.1>⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「지방세법」 제7조제5항에 따라 과점주주가 해당 법인의 부동산등(같은 조 제1항에 따른 부동산등을 말한다)을 취득한 것으로 보아 부과하는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제한다. <개정 2015.12.22, 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2019.11.26, 2020.12.29, 2021.8.17, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제10조에 따른 제3자의 인수, 계약이전에 관한 명령 또는 같은 법 제14조제2항에 따른 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 주식 또는 지분을 취득하는 경우2. 금융기관이 법인에 대한 대출금을 출자로 전환함에 따라 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함하되, 지주회사가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조제12호에 따른 동일한 기업집단 내 계열회사가 아닌 회사의 과점주주인 경우를 제외한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 해당 지주회사의 설립ㆍ전환일부터 3년 이내에 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사의 요건을 상실하게 되는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.4. 「예금자보호법」 제3조에 따른 예금보험공사 또는 같은 법 제36조의3에 따른 정리금융회사가 같은 법 제36조의5제1항 및 제38조에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우5. 한국자산관리공사가 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」 제26조제1항제1호가목에 따라 인수한 채권을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우6. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 농업협동조합자산관리회사가 같은 법 제30조제3호다목에 따라 인수한 부실자산을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우7. 「조세특례제한법」 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환ㆍ이전으로 완전자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 같은 법 제38조제2항에 해당하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.8. 삭제<2024.12.31>⑥ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 농업협동조합중앙회(이하 이 조에서 "중앙회"라 한다)가 같은 법에 따라 사업구조를 개편하는 경우 제1호 및 제2호의 구분에 따른 등기에 대해서는 2017년 12월 31일까지 등록면허세를 면제하고, 제3호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2016.12.27>1. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 자본지원이 이루어지는 경우 그 자본증가에 관한 등기2. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 경제사업을 이관하는 경우 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기3. 「농업협동조합법」 제134조의2에 따라 설립된 농협경제지주회사가 이 조 제3항제3호에 따라 중앙회로부터 경제사업을 이관받아 취득하는 재산⑦ 법률 제12663호 한국산업은행법 전부개정법률 부칙 제3조제1항에 따라 한국산업은행이 산은금융지주주식회사 및 「한국정책금융공사법」에 따른 한국정책금융공사와 합병하는 경우 그 자본증가에 관한 등기에 대해서는 2015년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 90을 경감한다.⑧ 「기업 활력 제고를 위한 특별법」 제4조제1항에 해당하는 내국법인이 같은 법 제10조 또는 제12조에 따라 주무부처의 장이 승인 또는 변경승인한 사업재편계획에 의해 합병 등 사업재편을 추진하는 경우 해당 사업재편에 따라 설립 또는 변경되는 법인에 대한 법인등기에 대하여 등록면허세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 같은 법 제13조에 따라 사업재편계획 승인이 취소된 경우에는 경감된 등록면허세를 추징한다. <신설 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2020.1.15, 2021.12.28, 2024.12.31>⑨ 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 수산업협동조합중앙회(이하 이 항에서 "중앙회"라 한다)가 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할한 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 면제한다. <신설 2015.12.29>1. 대통령령으로 정하는 바에 따른 분할로 신설된 자회사(이하 이 항에서 "수협은행"이라 한다)가 그 분리로 인하여 취득하는 재산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.2. 수협은행의 법인설립등기에 대해서는 등록면허세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.⑩ 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제4조에 따른 금융위원회의 인가를 받고 「법인세법」 제44조제2항에 해당하는 금융회사 간의 합병을 하는 경우 금융기관이 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. <신설 2018.12.24, 2024.12.31>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260602

3. 근거가 되는 조문

상법 제527조의3(소규모합병)
제527조의3(소규모합병)① 합병 후 존속하는 회사가 합병으로 인하여 발행하는 신주 및 이전하는 자기주식의 총수가 그 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과하지 아니하는 경우에는 그 존속하는 회사의 주주총회의 승인은 이를 이사회의 승인으로 갈음할 수 있다. 다만, 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에게 제공할 금전이나 그 밖의 재산을 정한 경우에 그 금액 및 그 밖의 재산의 가액이 존속하는 회사의 최종 대차대조표상으로 현존하는 순자산액의 100분의 5를 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2015.12.1>②제1항의 경우에 존속하는 회사의 합병계약서에는 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 기재하여야 한다.③제1항의 경우에 존속하는 회사는 합병계약서를 작성한 날부터 2주내에 소멸하는 회사의 상호 및 본점의 소재지, 합병을 할 날, 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 공고하거나 주주에게 통지하여야 한다.④합병후 존속하는 회사의 발행주식총수의 100분의 20 이상에 해당하는 주식을 소유한 주주가 제3항의 규정에 의한 공고 또는 통지를 한 날부터 2주내에 회사에 대하여 서면으로 제1항의 합병에 반대하는 의사를 통지한 때에는 제1항 본문의 규정에 의한 합병을 할 수 없다.⑤제1항 본문의 경우에는 제522조의3의 규정은 이를 적용하지 아니한다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723
상법 제527조의2(간이합병)
제527조의2(간이합병)①합병할 회사의 일방이 합병후 존속하는 경우에 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 총주주의 동의가 있거나 그 회사의 발행주식총수의 100분의 90이상을 합병후 존속하는 회사가 소유하고 있는 때에는 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주총회의 승인은 이를 이사회의 승인으로 갈음할 수 있다.②제1항의 경우에 합병으로 인하여 소멸하는 회사는 합병계약서를 작성한 날부터 2주내에 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 공고하거나 주주에게 통지하여야 한다. 다만, 총주주의 동의가 있는 때에는 그러하지 아니하다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723

4. 그 밖에 확인할 사항

  1. 기업결합 신고 대상인 회사의 경우 기업결합 신고를 해야 하는지 확인하고 이를 준비합니다.
  2. 소멸회사가 주식매수선택권, 전환사채, 신주인수권부사채, 전환주식을 발행한 경우 합병을 통해 행사비율이나 전환비율이 달라질 수 있으므로 이를 사전에 확인합니다.
  3. 소규모합병은 일정을 짜는 것이 매우 어렵습니다.
  4. 상장회사라면 회사의 실무자가 직접 일정표를 작성합니다.
  5. 상장회사의 담당자가 일정을 짤 때 명의개서대리인이나, 변호사, 법무사 등의 도움을 받을 필요가 있습니다.
  6. 비상장회사라면 직접 일정을 짜기 보다는 전문가의 도움을 받아서 일정을 짜는 것이 좋습니다.
  7. 존속하는 회사는 합병계약서를 작성한 날부터 2주내에 소멸하는 회사의 상호 및 본점의 소재지, 합병을 할 날, 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 공고하거나 주주에게 통지하여야 합니다.
  8. 통지를 하는 예는 없고, 모든 회사가 공고를 하고 있습니다.
  9. 이를 소규모합병공고라 합니다.
  10. 상장회사도 그렇고 비상장 회사도 그렇고 합병계약서를 작성한 날로부터 2주가 지난 후에 소규모합병공고를 하는 것으로 일정을 작성하는 회사가 대부분입니다.
  11. 그렇게 되면 상법에 위반하여 합병등기가 되지 않을 수 있으므로 조심해야 합니다.
  12. 소규모합병의 경우 상법에서정한 합병계약서에 기재할 사항외에 존속하는 회사의 합병계약서에는 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻(소규모합병을 한다는 뜻)을 기재하여야 합니다.
  13. 이 부분이 누락된 경우도 많이 있습니다.
  14. 그리고 발행주식총수의 100분의 20 이상에 해당하는 주식을 보유한 주주들이 반대를 하는 경우 합병을 진행하지 않는다는 문구를 합병계약서에 기재하는 경우도 있습니다.
  15. 상장회사의 경우 무증자합병이 아니라면 증권신고서를 제출하므로 증권신고서 제출 대상인지 확인합니다.
  16. 합병을 승인하는 이사회일부터 채권자이의제출공고와 개별최고를 할 수 있습니다.
  17. 재권자이의제출공고기간과 공고방법(신문 또는 홈페이지)를 확인하고, 그 문구도 미리 확정해 둡니다.
  18. 알고있는 채권자에게는 개별최고하므로 그 대상도 확정합니다.
  19. 소멸회사의 개인정보를 존속회사로 이관하므로 이에 따른 조치사항도 미리 확인합니다.
  20. 합병 절차 전반에 걸쳐 필요한 서류를 미지 작성해서 검토하고, 이사회 의사록 등을 공증받기 위한 서류들을 미리 확인해서 준비합니다.
  21. 합병등기를 신청함에 따라 합병의 효력이 발생합니다.
  22. 이날 부터는 소멸회사가 세금계산서를 발행할 수 없습니다.
  23. 소멸회사의 거래처에 합병에 따라 소멸회사의 권리의무를 존속회사가 포괄적으로 승계했다는 통지를 합니다.
  24. 소멸회사가 가지고 있는 인허가나 면허를 존속회사로 이전하는 절차를 진행합니다.
  25. 소멸회사가 가지고 있는 부동산의 소유권을 존속회사로 이전하고, 그외에 근저당권, 전세권, 임차권 등을 존속회사로 이전합니다.
  26. 소멸회사 임직원의 4대 보험 등도 전부 변경되어야 합니다.
  27. 그외에 후속조치가 필요한 부분을 사업담당자별로 작성해서 신속하게 조치를 할 필요가 있습니다.

자주 묻는 질문

소규모합병에서 세금은 무엇을 먼저 보나요?
부동산이 있으면 취득세가 얼마나 드는지 미리 확인하십시오. 법인세법상 적격합병에 해당하면 취득세도 감경되므로 그 여부를 회계사의 도움을 받아 확인하시는 편이 좋습니다.
간주취득세도 문제가 되나요?
될 수 있습니다. 합병으로 존속회사 주주의 주식 비율이 바뀔 수 있으므로, 존속회사가 부동산을 가지고 있다면 간주취득세 납부 대상인지 확인해 보시기 바랍니다.
비적격합병이면 무조건 불리한가요?
그렇지 않습니다. 비적격합병이라도 세무상 쟁점이 없을 수 있으니 이 또한 확인해 보실 필요가 있습니다.
세금에 대한 검토는 회계사나 세무사님께 자문을 구하는 것이 좋습니다.
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373[email protected]법무사 염춘필 권점희 박용일
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