회사 실무와 놀자
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합병계약서 기재사항 해설

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2025. 6. 27.
결론

합병할 회사의 일방이 합병 후 존속하는 경우에는 합병계약서에 다음의 사항을 적어야 한다.

합병계약서에 기재해 놓을 경우에는 별도의 주주총회특별결의 없이 합병의 효력발생일에 합병계약서에 기재한 바와 같이 '회사가 발행할 주식의 총수'가 증가한다.

주주총회에 갈음하여 이사회에서 합병을 승인하는 소규모합병의 경우 합병계약서에 정관변경사항을 기재해 놓아도 그 효력이 발생하지 않는다.

'합병을 할 날은 합병의 효력이 발생하는 날인 합병등기일보다 앞서야 한다.'라 되어 있다.

상법에서 정한 합병계약서에 기재할 사항을 해설합니다.

  1. 소멸회사의 주주에게 주식을 주지 않고 합병교부금만 주는 것이 금지되었으나(소멸회사의 주주가 합병을 통해 주주의 지위를 박탈 당하므로 이를 금지하였음) 상법이 개정되어 합병교부금만 주는 합병도 가능해 졌다.
상법 제523조(흡수합병의 합병계약서)
제523조(흡수합병의 합병계약서) 합병할 회사의 일방이 합병 후 존속하는 경우에는 합병계약서에 다음의 사항을 적어야 한다.1. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 그 발행할 주식의 총수를 증가하는 때에는 그 증가할 주식의 총수, 종류와 수2. 존속하는 회사의 자본금 또는 준비금이 증가하는 경우에는 증가할 자본금 또는 준비금에 관한 사항3. 존속하는 회사가 합병을 하면서 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하는 경우에는 발행하는 신주 또는 이전하는 자기주식의 총수, 종류와 수 및 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관한 사항4. 존속하는 회사가 합병으로 소멸하는 회사의 주주에게 제3호에도 불구하고 그 대가의 전부 또는 일부로서 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우에는 그 내용 및 배정에 관한 사항5. 각 회사에서 합병의 승인결의를 할 사원 또는 주주의 총회의 기일6. 합병을 할 날7. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 정관을 변경하기로 정한 때에는 그 규정8. 각 회사가 합병으로 이익배당을 할 때에는 그 한도액9. 합병으로 인하여 존속하는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호법령 원문 기준: 국가법령정보센터

합병계약서 기재사항 해설

가)존속하는 회사가 합병으로 인하여 그 발행할 주식의 총수를 증가하는 때에는 그 증가할 주식의 총수, 종류와 수

합병을 하면서 존속하는 회사가 신주를 발행하여 소멸회사의 주주에게 주식을 교부하는 경우 그 수가 회사가 발행할 주식의 총수를 초과할 수 있다. 이때에는 회사가 발행할 주식총수를 증가시킨 후에 신주를 교부해 주어야 한다. 존속회사의 '회사가 발행할 주식의 총수'는 존속회사의 주주총회 특별결의로 증가시킬 수 있으나, 합병계약서에 기재해 놓을 경우에는 별도의 주주총회특별결의 없이 합병의 효력발생일에 합병계약서에 기재한 바와 같이 '회사가 발행할 주식의 총수'가 증가한다. 즉 정관변경의 효력이 발생하는 것이다.

종류주식을 발행하는 경우 종류주식의 수도 정관의 기재사항인 바, 존속하는 회사가 소멸회사의 주주게에 교부하는 신주가 종류주식일 경우 정관에서 정한 '종류주식의 수'를 초과해서 발행해야 할 때에는 합병계약서에 증가하는 종류주식의 종류와 수를 기재하면 합병계약의 효력이 발생하는 시점에 그 수도 증가한다. 마찬가지로 주주총회에서 별도로 승인을 해 주지 않아도 정관변경의 효력이 발생하는 것이다.

나)존속하는 회사의 자본금 또는 준비금이 증가하는 경우에는 증가할 자본금 또는 준비금에 관한 사항

액면주식을 발행한 회사는 소멸하는 회사의 주주에게 신주식을 발행하여 교부할 수 있다. 이때에는 발행하는 신주식의 수와 액면금을 곱하면 존속하는 회사의 증가할 자본금이 나온다. 무증자합병을 하거나, 존속하는 회사가 가지고 있는 자기주식을 교부하거나, 소멸회사가 존속회사의 주식을 가지고 있는 경우 존속회사가 합병으로 이 주식을 취득(자기주식이 됨)하여 소멸회사의 주주에게 교부해 줄 수 있는데 이 때에는 존속회사의 자본금이 증가하지 않는다.

소멸회사의 준비금을 존속회사가 승계하게 되므로 소멸회사의 준비금과 합병으로 발행하는 준비금을 계상하여 합병계약서에 기해하여야 하나, 중가하는 준비금을 구체적으로 기재하는 실무예를 보지 못했다.

다)존속하는 회사가 합병을 하면서 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하는 경우에는 발행하는 신주 또는 이전하는 자기주식의 총수, 종류와 수 및 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관한 사항

합병비율과 합병신주의 배정 등에 관한 사항이다.

무증자합병이나 합병교부금만 주는 합병이 아니라면 합병의 대가로 존속회사는 소멸회사의 주주에게 존속회사의 주식을 준다. 신주를 발행해서 줄 수도 있고, 자기주식을 줄 수도 있다. 소멸회사의 주주가 가지고 있는 주식수에 비례하여 존속회사의 주식을 주는데, 소멸회사의 주식에 대해 존속회사의 주식을 준는 비율이 합병비율이다. 합병비율은 합병 당사회사간에 임의로 정할 수 있다. 다만 합병비율에 따라 법인세나 증여세의 잇슈가 있을 수 있으므로, 상속세 및 증여세법에서 정한 바에 따라 합병비율을 산정하는 예가 많다.

합병으로 존속회사가 신주를 발행할 때에는 그 주식수, 자기주식을 이전해 주는 경우에는 그 주식수를 기재한다. 종류주식을 발행하여 교부하거나, 종류주식을 이전하는 경우에는 그 종류주식의 종류와 수를 기재한다. 소멸회사가 보통주와 종류주식을 발행한 경우 존속회사가 보통주를 교부하거나, (같은) 종류주식을 교부할 수 있다. 종류주식을 교부할 때에는 존속하는 회사의 정관에 해당 종류주식을 발행할 수 있는 규정이 있어야 한다. 소멸회사의 종류주주에게 보통주를 교부할 때에는 손해보는 주주의 종류주주총회도 필요하다.

앞에서 설명한 것과 같이 무증자합병을 하는 경우에는 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하지 않는다. 소멸회사의 주주에게 존속회사가 가지고 있는 자기주식을 이전해 줄 수 있으며, 소멸회사가 존속회사의 주식을 가지고 있는 경우 존속회사가 합병으로 이를 취득하여 소멸회사의 주주에게 이전해 줄 수 있다.

소멸회사가 자기주식을 가지고 있을 경우 이 주식에도 존속회사의 신주를 발행할 것인지가 문제이다. 한국의 실무에서는 소멸회사가 가지고 있는 자기주식에 신주를 교부하는 경우와 그렇지 않은 경우가 있는데, 필요할 경우 이에 대해서도 합병계약서에 기재해 놓는다.

존속회사가 신주를 발행해서 소멸회사의 주주에게 주는 경우에는 자본금이 증가하므로 합병등기를 신청할 때 증가하는 자본금에 비례하여 등록면허세와 지방교육세를 납부한다. 자기주식을 교부하는 경우/무증자합병/합병교부금만 주는 경우에는 신주를 발행하지 아니하므로 자본금이 증가하지 않는다. 따라서 자본금액에 비례하는 등록면허세와 지방교육세를 납부하지 않고, 정액 등록면허세 등을 납부한다. 존속회사가 자기주식을 가지고 있는 경우 등록면허세를 내지 않을 목적으로 자기주식을 이전하는 경우가 있다.

일부는 신주를 발행하고, 일부는 자기주식을 교부하는 경우도 있는데, 존속회사가 소멸회사의 주주에게 줄 자기주식을 충분히 가지고 있지 않을 때는 자기주식이전과 함께 신주를 발행한다.

라)존속하는 회사가 합병으로 소멸하는 회사의 주주에게 제3호에도 불구하고 그 대가의 전부 또는 일부로서 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우에는 그 내용 및 배정에 관한 사항(합병교부금)

존속하는 회사가 합병으로 소멸하는 회사의 주주에게 제3호에도 불구하고 그 대가의 전부 또는 일부로서 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우에가 있는데 금전 외의 재산을 교부하는 실무사례를 본 적이 없다. 금전을 지급하는 경우 이를 합병교부금이라 한다. 소멸회사의 주주에게 주식을 주지 않고 합병교부금만 주는 것이 금지되었으나(소멸회사의 주주가 합병을 통해 주주의 지위를 박탈 당하므로 이를 금지하였음) 상법이 개정되어 합병교부금만 주는 합병도 가능해 졌다.

주주의 일부에게 합병교부금을 주고, 나머지 주주에게는 존속회사의 주식을 주는 합병은 가능하지 않다. 주주평등의 원칙에 위배되기 때문이다. 다만 수종의 종류주식을 발행한 회사는 종류주식별로 대가 지급방식을 달리 정할 수 있다고 판단한다. 이렇게 할 경우에는 손해보는 주주가 있을 경우 종류주주총회의 승인도 필요하다.

합병교부금을 주는 실무사례는 거의 없다. 합병교부금만을 주는 실무사례는 가끔있는데, 이는 사실상 회사의 주식을 매매하는 것과 같은 결과를 가져온다. 예를 들어 소멸회사가 산업단지내에 공장부지를 가지고 있는데, 해당 부지의 매각이 제한되는 경우 합병교부금만 주는 합병을 하는 경우도 있는데, 이는 산업단지내 공장부지를 매매하는 것과 같은 결과를 초래한다. 이럴 경우 법인세법상 적격합병이 아니고, 합병에 따른 부동산 소유권을 이전할 때에도 취득세가 감경되지 않는다. 합병교부금을 주거나, 합병교부금만 주는 합병을 할 때에는 사전에 세무상 잇슈를 반드시 검토해야 한다.

마)각 회사에서 합병의 승인결의를 할 사원 또는 주주의 총회의 기일

존속회사나 소멸회사 주식회사일 경우에는 주주총회의 특별결의로 합병을 승인한다. 합병계약서에 합병을 승인하는 총회일을 기재한다. 존속회사가 상법에서 정한 소규모합병의 조건을 충족할 경우에는 주주총회에 갈음하여 이사회에 이를 승인할 수 있는데, 그러한 뜻과 이사회 일자를 기재한다. 소멸회사가 주식회사일 때에는 상법에서 정한 바에 따라 주주총회에 갈음하여 이사회에 합병을 승인할 수 있는데 이를 간이합병이라 한다.

  1. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 그 발행할 주식의 총수를 증가하는 때에는 그 증가할 주식의 총수, 종류와 수
  2. 존속하는 회사의 자본금 또는 준비금이 증가하는 경우에는 증가할 자본금 또는 준비금에 관한 사항
  3. 존속하는 회사가 합병을 하면서 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하는 경우에는 발행하는 신주 또는 이전하는 자기주식의 총수, 종류와 수 및 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관한 사항
  4. 존속하는 회사가 합병으로 소멸하는 회사의 주주에게 제3호에도 불구하고 그 대가의 전부 또는 일부로서 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우에는 그 내용 및 배정에 관한 사항
  5. 각 회사에서 합병의 승인결의를 할 사원 또는 주주의 총회의 기일
  6. 합병을 할 날
  7. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 정관을 변경하기로 정한 때에는 그 규정
  8. 각 회사가 합병으로 이익배당을 할 때에는 그 한도액
  9. 합병으로 인하여 존속하는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호

1. 발행할 주식의 총수와 종류

종류주식을 발행하는 경우 종류주식의 수도 정관의 기재사항인 바, 존속하는 회사가 소멸회사의 주주게에 교부하는 신주가 종류주식일 경우 정관에서 정한 '종류주식의 수'를 초과해서 발행해야 할 때에는 합병계약서에 증가하는 종류주식의 종류와 수를 기재하면 합병계약의 효력이 발생하는 시점에 그 수도 증가한다.

2. 합병교부금과 적격합병 — 세금이 갈리는 자리

원문이 「이럴 경우 법인세법상 적격합병이 아니고, 합병에 따른 부동산 소유권을 이전할 때에도 취득세가 감경되지 않는다」라고 한 근거는 두 조문입니다. 법인세법 제44조 제2항 제2호는 적격합병의 요건으로 피합병법인의 주주등이 받은 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상일 것을 요구합니다. 합병교부금만 주는 합병은 주식을 전혀 주지 않으므로 이 요건을 갖출 수 없습니다.

취득세가 감경되지 않는 이유는 지방세법 제15조 제1항 제3호와 지방세특례제한법 제57조의2 제1항이 특례의 전제를 모두 「법인세법 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병」으로 정하고 있기 때문입니다. 적격합병이 아니면 세율 특례도, 중소기업 간 합병의 취득세 100분의 60 경감도 적용되지 않습니다.

법인세법 제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세)
제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세)① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2017.12.19, 2018.12.24, 2021.12.21>1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2016.12.20, 2018.12.24>1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101
지방세특례제한법 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)
제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)① 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병 중 법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병에 따라 양수하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 60을 경감한다. 다만, 「지방세법」 제15조제1항제3호 단서에 해당하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다. <개정 2024.12.31>② 다음 각 호에서 정하는 법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제하고, 합병으로 양수받아 3년 이내에 등기하는 재산에 대해서는 2027년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 면제된 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「농업협동조합법」, 「수산업협동조합법」 및 「산림조합법」에 따라 설립된 조합 간의 합병2. 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고 간의 합병3. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 간의 합병4. 삭제<2018.12.24>③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.29, 2024.12.31, 2025.10.1>1. 삭제<2024.12.31>2. 「법인세법」 제46조제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말한다)의 요건을 갖춘 분할(같은 법 제46조제3항에 해당하는 경우는 제외한다)로 인하여 취득하는 사업용 재산. 다만, 분할등기일부터 3년 이내에 같은 법 제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항을 말한다) 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.3. 「법인세법」 제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산. 다만, 취득일부터 3년 이내에 같은 법 제47조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.4. 삭제<2021.12.28>5. 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외한다). 다만, 사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다.6. 삭제<2018.12.24>7. 특별법에 따라 설립된 법인 중 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제2조제1항에 따른 공공기관이 그 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」 상의 회사로 조직 변경됨에 따라 취득하는 사업용 재산④ 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다) 또는 주식을 처분하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2018.12.24, 2020.8.12, 2021.12.28, 2024.12.31, 2025.10.1>⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「지방세법」 제7조제5항에 따라 과점주주가 해당 법인의 부동산등(같은 조 제1항에 따른 부동산등을 말한다)을 취득한 것으로 보아 부과하는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제한다. <개정 2015.12.22, 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2019.11.26, 2020.12.29, 2021.8.17, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제10조에 따른 제3자의 인수, 계약이전에 관한 명령 또는 같은 법 제14조제2항에 따른 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 주식 또는 지분을 취득하는 경우2. 금융기관이 법인에 대한 대출금을 출자로 전환함에 따라 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함하되, 지주회사가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조제12호에 따른 동일한 기업집단 내 계열회사가 아닌 회사의 과점주주인 경우를 제외한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 해당 지주회사의 설립ㆍ전환일부터 3년 이내에 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사의 요건을 상실하게 되는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.4. 「예금자보호법」 제3조에 따른 예금보험공사 또는 같은 법 제36조의3에 따른 정리금융회사가 같은 법 제36조의5제1항 및 제38조에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우5. 한국자산관리공사가 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」 제26조제1항제1호가목에 따라 인수한 채권을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우6. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 농업협동조합자산관리회사가 같은 법 제30조제3호다목에 따라 인수한 부실자산을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우7. 「조세특례제한법」 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환ㆍ이전으로 완전자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 같은 법 제38조제2항에 해당하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.8. 삭제<2024.12.31>⑥ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 농업협동조합중앙회(이하 이 조에서 "중앙회"라 한다)가 같은 법에 따라 사업구조를 개편하는 경우 제1호 및 제2호의 구분에 따른 등기에 대해서는 2017년 12월 31일까지 등록면허세를 면제하고, 제3호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2016.12.27>1. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 자본지원이 이루어지는 경우 그 자본증가에 관한 등기2. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 경제사업을 이관하는 경우 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기3. 「농업협동조합법」 제134조의2에 따라 설립된 농협경제지주회사가 이 조 제3항제3호에 따라 중앙회로부터 경제사업을 이관받아 취득하는 재산⑦ 법률 제12663호 한국산업은행법 전부개정법률 부칙 제3조제1항에 따라 한국산업은행이 산은금융지주주식회사 및 「한국정책금융공사법」에 따른 한국정책금융공사와 합병하는 경우 그 자본증가에 관한 등기에 대해서는 2015년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 90을 경감한다.⑧ 「기업 활력 제고를 위한 특별법」 제4조제1항에 해당하는 내국법인이 같은 법 제10조 또는 제12조에 따라 주무부처의 장이 승인 또는 변경승인한 사업재편계획에 의해 합병 등 사업재편을 추진하는 경우 해당 사업재편에 따라 설립 또는 변경되는 법인에 대한 법인등기에 대하여 등록면허세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 같은 법 제13조에 따라 사업재편계획 승인이 취소된 경우에는 경감된 등록면허세를 추징한다. <신설 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2020.1.15, 2021.12.28, 2024.12.31>⑨ 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 수산업협동조합중앙회(이하 이 항에서 "중앙회"라 한다)가 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할한 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 면제한다. <신설 2015.12.29>1. 대통령령으로 정하는 바에 따른 분할로 신설된 자회사(이하 이 항에서 "수협은행"이라 한다)가 그 분리로 인하여 취득하는 재산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.2. 수협은행의 법인설립등기에 대해서는 등록면허세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.⑩ 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제4조에 따른 금융위원회의 인가를 받고 「법인세법」 제44조제2항에 해당하는 금융회사 간의 합병을 하는 경우 금융기관이 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. <신설 2018.12.24, 2024.12.31>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260602

3. 합병 승인 결의

존속회사나 소멸회사 주식회사일 경우에는 주주총회의 특별결의로 합병을 승인한다. 존속회사가 상법에서 정한 소규모합병의 조건을 충족할 경우에는 주주총회에 갈음하여 이사회에 이를 승인할 수 있는데, 그러한 뜻과 이사회 일자를 기재한다.

존속회사나 소멸회사가 유한회사일 때에는 사원총회의 특별결의로 합병을 승인한다. 유한회사의 경우에는 소규모합병이나 간이합병을 할 수 없다.

바) 합병을 할 날(합병기일)

합병을 할 날을 합병기일이라 한다. 상법이 합병을 정한 합병절차를 마치면, 합병기일에 소멸회사의 재산과 영업등이 존속회사에 이전된다. 소멸회사의 주주는 합병기일에 존속회사의 주식을 취득한다. 사실상 합병이 이루어지는 날인데, 존속회사와 소멸회사가 내부적인 합병을 하는 날(합병의 내부적 효력발생일)이다. 따라서 기업회계기준에 따르면 이 날 합병대차대조표가 작성되어야 한다. 대법원 자료(공무원교육교재/상업등기실무책자)에 따라면 '합병을 할 날은 합병의 효력이 발생하는 날인 합병등기일보다 앞서야 한다.'라 되어 있다. 따라서 합병기일을 합병등기신청일과 같는 날로 할 경우 합병등기를 각하하는 사례가 발생하고 있다. 그래서 합병기일을 합병등기일보다 전일로 하고 있는데, 합병기일과 합병등기신청일이 같지 않을 경우 여러가지 불편한 문제가 발생한다.

사)존속하는 회사가 합병으로 인하여 정관을 변경하기로 정한 때에는 그 규정

존속하는 회사가 합병으로 인하여 정관을 변경하기로 정한 때에는 그 규정을 합병계약서에 기재한다. 예를 들어 존속회사가 소멸회사의 상호를 사용하는 경우/ 소멸회사의 사업목적 중 존속회사에 없는 목적을 추가하는 경우에 합병계약서에 기재하면 별도로 주주총회의 결의 없이도 합병의 효력발생일(합병등기신청일)에 정관변경의 효력이 발생한다.

회사가 발행할 주식총수의 경우 가)에도 기재할 수 있는데, 개인적으로는 회사가 발행할 주식총수를 변경할 경우 사)에 기재하면 되므로 가)를 별도로 정할 필요가 없다고 판단한다.

주주총회에 갈음하여 이사회에서 합병을 승인하는 소규모합병의 경우 합병계약서에 정관변경사항을 기재해 놓아도 그 효력이 발생하지 않는다.

소멸회사가 종류주식을 발행했는데, 존속회사 정관에 종류주식의 내용과 수를 정해 놓지 않았다면 합병계약서에 정관변경사항으로 이를 정해 놓아야 한다. 물론 합병계약서에 기재하지 않고, 주주총회에서 별개의 안건으로 정관을 변경할 수 있다.

아)각 회사가 합병으로 이익배당을 할 때에는 그 한도액

합병을 하는 당사회사들은 합병의 기준이 되는 재무상태표를 바탕으로하여 합병비율을 정하는데, 합병을 진행하는 과정에 일부 회사가 이익배당을 할 경우 공정성에 문제가 발생하게 된다. 따라서 각 회사가 합병계약서 작성 이후 이익배당을 하려면 미리 합병계약서에 그 한도액으로 정해 놓아야 한다.

실무에서 합병계약서 작성 이후에 이익배당을 하는 사례를 본 적이 없다.

자)합병으로 인하여 존속하는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호

4. 합병 후 취임할 임원

합병으로 인하여 존속하는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호를 합병계약서에 기재하면 별도의 선임절차 없이 합병의 효력발생일에 이사와 감사 또는 감사위원으로 선임된다. 다만, 소규모합병의 경우에는 합병계약서에 이를 기재해도 그 효력이 발생하지 않는다.

차)소규모합병의 뜻

소규모합병을 하는경우에는 존속하는 회사의 합병계약서에는 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 기재하여야 한다.

카)존속회사 임원의 임기에 관한 사항

합병을 하는 회사의 일방이 합병후 존속하는 경우에 존속하는 회사의 이사 및 감사로서 합병전에 취임한 자는 합병계약서에 다른 정함이 있는 경우를 제외하고는 합병후 최초로 도래하는 결산기의 정기총회가 종료하는 때에 퇴임한다. 합병후 최초로 도래하는 결산기의 정기주주총회에 임원이 임기가 종료되는 경우는 실무상 전무하므로 존속회사의 이사나 감사는 원래의 각각의 임기가 종료하는 때에 그 임기가 종료한다는 취지의 문구를 합병계약서에 기재한다.

자주 묻는 질문

합병계약서에는 무엇을 적나요?
존속하는 회사가 합병으로 인하여 그 발행할 주식의 총수를 증가하는 때에는 그 증가할 주식의 총수·종류와 수를 적고, 존속하는 회사의 자본금 또는 준비금이 증가하는 경우에는 그에 관한 사항을 적습니다.
합병비율은 어떻게 정하나요?
합병비율은 합병 당사회사 간에 임의로 정할 수 있습니다. 다만 합병비율에 따라 법인세나 증여세 문제가 있을 수 있으므로, 상속세 및 증여세법에서 정한 바에 따라 정하는 경우가 많습니다.
합병 승인은 어디서 하나요?
존속회사나 소멸회사가 주식회사일 경우에는 주주총회의 특별결의로 승인하고, 존속회사가 소규모합병의 조건을 충족할 경우에는 주주총회에 갈음하여 이사회에서 승인합니다. 유한회사일 때에는 사원총회의 특별결의로 승인하며, 유한회사는 소규모합병이나 간이합병을 할 수 없습니다.
합병계약서를 작성하신다면 법이 정한 기재사항이 빠짐없이 들어가 있는지부터 대조해 보시기 바랍니다.
상업등기선례 제1-239호
흡수합병절차에서 해산회사가 존속회사의 발행주식을 보유하고 있는 경우, 존속회사가 합병으로 취득한 위 자기주식을 합병신주로 해산회사의 주주에게 배정하는 것이 가능한지 여부 등 · 현행현행 흡수합병절차에서 해산회사가 존속회사의 발행주식을 보유하고 있는 경우, 존속회사가 합병으로 취득한 위 자기주식을 합병신주로 해산회사의 주주에게 배정하는 것이 가능한지 여부 등 제정 2003.01.29 [상업등기선례 제1-239호] 1. 흡수합병절차에서 해산회사가 존속회사의 발행주식을 보유하고 있는 경우에 존속회사는 합병에 의하여 이를 승계하게 되는바, 존속회사는 합병의 대가로 합병으로 승계할 위 자기주식을 해산회사 주주에게 지급하는 것을 내용으로 하는 합병계약을 체결하고 그에 대한 합병등기를 신청할 수 있다. 2. 흡수합병절차에서 해산회사가 존속회사의 발행주식 전부를 소유하고 있고 존속회사는 합병으로 승계할 위 자기주식을 자본감소에 의하여 전부 소각하며, 해산회사의주주에게는 합병신주를 발행하여 교부하는 것으로 합병계약에서 정한 경우, 합병으로 인한 존속회사의 발행주식총수 및 자본의 총액의 등기부상 각 기록방법은 합병신주의 발행으로 인한 변경등기를 먼저 한 후에 주식소각으로 인한 변경등기를 하여야 하며, 합병신주발행과 주식소각으로 인하여 최종적으로 변동되는 부분만의 변경등기를 경료할 수는 없다.또한 위 경우에 자본감소가 없이 자기주식의 전부를 소각하는 것으로 합병계약에서 정한 때에는, 자본의 총액(발행주식총수는 위와 동일함)은 소각으로 인하여 변동이 없으며 합병신주의 발행으로 인하여 증가하는 자본액 만큼의 변경등기를 하여야 한다. (2003. 1. 29. 공탁법인 3402-27 질의회답) 참조조문 : 상법 제341조, 제342조 참조선례 : 제203항선례 원문 기준: 대법원 종합법률정보 · 선례 원문 보기
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373[email protected]법무사 염춘필 권점희 박용일
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