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회사합병으로 인한 소유권이전등기시 농지취득자격증명을 받아야 하는지 여부

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2025. 9. 4.
결론

지방에 소재하는 거래처가 다른 회사와 합병을 한 지 1년이 넘었다.

그런데 담당자가 갑자기 전화를 해서 소멸회사가 농지를 가지고 있는 것을 나중에 발견했는데 어떻게 했으면 좋겠냐고 묻는다.

법인이 농지를 취득할 수 없는데, 농지취득자격증명을 첨부하지 않고도 소유권이전등기를 할 수 있는지 물었다.

지방에 소재하는 거래처가 다른 회사와 합병을 한 지 1년이 넘었다. 그런데 담당자가 갑자기 전화를 해서 소멸회사가 농지를 가지고 있는 것을 나중에 발견했는데 어떻게 했으면 좋겠냐고 묻는다. 법인이 농지를 취득할 수 없는데, 농지취득자격증명을 첨부하지 않고도 소유권이전등기를 할 수 있는지 물었다. 여러 고민이 들었다. 예외 사유에 해당하지 않는 한 농업법인이 아니라면 농지를 취득할 수 없다. 그런데 합병으로 회사가 소멸되었는데 소유권이전등기를 안 할 다른 방법도 없다. 일단 관련 등기선례를 찾아 보았다. 아래와 같은 등기선례가 있다.

1. 관련 등기선례

법인이 다른 법인에 합병된 경우, 소멸하는 법인이 소유하고 있는 농지에 대하여 합병으로 인한 소유권이전등기를 신청할 수 있으며, 이때에는 농지취득자격증명을 첨부할 필요가 없다.

(2005. 3. 29. 부등 3402-156 질의회답)

참조조문 : 민법 제187조, 농지법 제6조2 항, 제8조1 항

참조예규 : 등기예규 제1068호

등기예규 제1068호
농지의 소유권이전등기에 관한 사무처리지침1. 대상토지이 지침은 토지대장상 지목이 전·답·과수원인 토지(이하 "농지"라 한다)에 대하여 소유권이전등기를 신청하는 경우에 해당 농지가 어느 시기에 조성, 등록전환 또는 지목변경 되었는지를 불문하고 이를 적용한다.2. 농지취득자격증명을 첨부하여야 하는 경우가. 아래의 경우에는 농지법 제8조 제1항의 규정에 의하여 농지의 소재지를 관할하는 시장(도농복합형태의 시에 있어서는 농지의 소재지가 동지역인 경우에 한한다)·구청장(도농복합형태의 시의 구에 있어서는 농지의 소재지가 동지역인 경우에 한한다)·읍장 또는 면장이 발행하는 농지취득자격증명을 소유권이전등기신청서에 첨부하여야 한다.(1)자연인 또는 농업·농촌기본법 제15조의 규정에 의하여 설립된 영농조합법인과 같은 법 제16조에 의하여 설립된 농업회사법인이 농지에 대하여 매매, 증여, 교환, 양도담보, 명의신탁해지, 신탁법상의 신탁 또는 신탁해지, 사인증여, 계약해제, 공매, 상속인 이외의 자에 대한 특정적 유증 등 아래 제3항에서 열거하고 있는 사유를 제외한 나머지 사유를 등기원인으로 하여 소유권이전등기를 신청하는 경우(2)초·중등교육법및고등교육법에 의한 학교, 농지법시행규칙 제4조 별표에 해당하는 공공단체등이 그 목적사업을 수행하기 위하여 농지를 취득하여 소유권이전등기를 신청하는 경우나.국가나 지방자치단체로부터 농지를 매수하여 소유권이전등기를 신청하는 경우 및 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 농지에 대하여 소유권이전등기를 신청하는 경우와 동일 가구(세대)내 친족간의 매매등을 원인으로 하여 소유권이전등기를 신청하는 경우에도 농지취득자격증명을 첨부하여야 한다.3. 농지취득자격증명을 첨부할 필요가 없는 경우아래의 경우에는 농지취득자격증명을 첨부하지 아니하고 소유권이전등기를 신청할 수 있다.가.국가나 지방자치단체가 농지를 취득하여 소유권이전등기를 신청하는 경우나. 상속 및 포괄유증, 상속인에 대한 특정적 유증, 취득시효완성, 공유물분할, 경락, 진정한 등기명의 회복, 농업법인의 합병을 원인으로 하여 소유권이전등기를 신청하는 경우다. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률에 의한 수용 및 협의취득을 원인으로 하여 소유권이전등기를 신청하는 경우 및 징발재산정리에관한특별조치법 제20조, 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제91조의 규정에 의한 환매권자가 환매권에 기하여 농지를 취득하여 소유권이전등기를 신청하는 경우라. 도시계획구역 내의 농지에 대한 소유권이전등기를 신청하는 경우, 다만 도시계획구역 중 녹지지역 내의 농지에 대하여는 도시계획사업에 필요한 농지에 한함마.농지법 제36조 제2항에 의한 농지전용협의를 완료한 농지를 취득하여 소유권이전등기를 신청하는 경우 및 국토의계획및이용에관한법률 제118조의 규정에 의하여 토지거래계약 허가를 받은 농지에 대하여 소유권이전등기를 신청하는 경우바. 삭제(1998.10.13 제948호)사. 농지법 제12조 제1항 제1호 내지 제6호에 해당하는 저당권자가 농지저당권의 실행으로 인한 경매절차에서 경락인이 없어 농지법 제12조 제1항의 규정에 의하여 스스로 그 경매절차에서 담보농지를 취득하는 경우 및 자산유동화에관한법률 제3조의 규정에 의한 유동화전문회사등이 농지법 제12조 제1항 제1호 내지 제6호의 규정에 의한 저당권자로부터 농지를 취득한 경우아.농업기반공사가 농업기반공사및농지관리기금법에 의하여 농지를 취득하거나 농어촌정비법 제85조에 의하여 한계농지를 취득하여 소유권이전등기를 신청하는 경우자. 농업기반공사가 농어촌정비법 제16조에 의하여 농지를 취득하여 소유권이전등기를 신청하는 경우차. 농지법 제16조의 규정에 의한 농지이용증진사업시행계획에 의하여 농지를 취득하여 소유권이전등기를 신청하는 경우카. 농어촌정비법 제43조 소정의 농업기반정비사업과 생활환경정비사업 시행자에 의하여 시행된 환지계획 및 같은 법 제56조 소정의 교환·분합에 따라 농지를 취득하여 소유권이전등기를 신청하는 경우와 같은 법 제67조 소정의 농어촌관광휴양단지개발사업자가 그 사업의 시행을 위하여 농어촌관광휴양단지로 지정된 지역내의 농지를 취득하여 소유권이전등기를 신청하는 경우타.지목이 농지이나 토지의 현상이 농작물의 경작 또는 다년생식물재배지로 이용되지 않음이 관할관청이 발급하는 서면에 의하여 증명되는 토지에 관하여 소유권이전등기를 신청하는 경우파. 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제13조 제1항 또는 제20조 제2항의 규정에 의한 공장설립등의 승인을 신청하여 공장입지승인을 얻은 자 및 중소기업창업지원법 제21조 제1항의 규정에 의한 사업계획의 승인을 신청하여 공장입지승인을 얻은 자가 당해 농지를 취득하여 소유권이전등기를 신청하는 경우(기업활동규제완화에관한특별조치법 제9조 제4항, 제13조 참조)4. 종중의 농지취득종중은 원칙적으로 농지를 취득할 수 없으므로 위토를 목적으로 새로이 농지를 취득하는 것도 허용되지 아니하며, 다만 농지개혁 당시위토대장에 등재된 기존 위토인 농지에 한하여 당해 농지가 위토대장에 등재되어 있음을 확인하는 내용의 위토대장 소관청 발급의 증명서를 첨부하여 종중 명의로의 소유권이전등기를 신청할 수 있다.5.다른 등기예규의 폐지 및 개정등기예규 제5호(등기예규집 제597항, 이하 괄호 안의 번호는 등기예규집의 항번호를 말한다), 제15호(제594항), 제26호(590항), 제29호(제582), 제49호(제585항), 제65호(제589항), 제88호(제592항), 제227호(제606항), 제273호(제584항), 제274호(제583항), 제381호(제587항), 제464호(제588호), 제521호(제595항), 제596호(제593항), 제597호(제596항), 제736호(제598항), 제802호(제584-1항)는 이를 각 폐지하고, 등기예규 제721호(제92항)의 2.① 중 " 농지개혁법 제19조 제2항"을 " 농지법 제8조"로, 등기예규 제718호(제266항)의5. 중 "임야매매증명 및 농지개혁법 제19조 제2항의 규정에 의한 농지매매증명의 제출을 요하지 아니한다."를 "임야매매증명의 제출을 요하지 아니한다."로 각 개정한다.예규 원문 기준: 국가법령정보센터 행정규칙 · 예규 원문 보기

2. 참조조문

민법 제187조(등기를 요하지 아니하는 부동산물권취득)
제187조(등기를 요하지 아니하는 부동산물권취득) 상속, 공용징수, 판결, 경매 기타 법률의 규정에 의한 부동산에 관한 물권의 취득은 등기를 요하지 아니한다. 그러나 등기를 하지 아니하면 이를 처분하지 못한다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260317
농지법 제6조 제2항(농지 소유 제한)
제6조(농지 소유 제한)①농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.②제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농지를 소유할 수 있다. 다만, 소유 농지는 농업경영에 이용되도록 하여야 한다(제2호 및 제3호는 제외한다). <개정 2008.2.29, 2008.12.29, 2009.5.27, 2009.6.9, 2012.1.17, 2012.12.18, 2013.3.23, 2016.5.29, 2017.10.31, 2020.2.11, 2021.4.13, 2021.8.17, 2026.6.16>1. 국가나 지방자치단체가 농지를 소유하는 경우2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 농림축산식품부령으로 정하는 공공단체ㆍ농업연구기관ㆍ농업생산자단체 또는 종묘나 그 밖의 농업 기자재 생산자가 그 목적사업을 수행하기 위하여 필요한 시험지ㆍ연구지ㆍ실습지ㆍ종묘생산지 또는 과수 인공수분용 꽃가루 생산지로 쓰기 위하여 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우3. 주말ㆍ체험영농을 하려고 제28조에 따른 농업진흥지역 외의 농지를 소유하는 경우4. 상속[상속인에게 한 유증(遺贈)을 포함한다. 이하 같다]으로 농지를 취득하여 소유하는 경우5. 대통령령으로 정하는 기간 이상 농업경영을 하던 사람이 이농(離農)한 후에도 이농 당시 소유하고 있던 농지를 계속 소유하는 경우6. 제13조제1항에 따라 담보농지를 취득하여 소유하는 경우(「자산유동화에 관한 법률」 제3조에 따른 유동화전문회사등이 제13조제1항제1호부터 제4호까지에 규정된 저당권자로부터 농지를 취득하는 경우를 포함한다)7. 제34조제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제(擬制)되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다]를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우8. 제34조제2항에 따른 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우9. 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조제2항에 따른 농지의 개발사업지구에 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 1천500제곱미터 미만의 농지나 「농어촌정비법」 제98조제3항에 따른 농지를 취득하여 소유하는 경우 9의2. 제28조에 따른 농업진흥지역 밖의 농지 중 최상단부부터 최하단부까지의 평균경사율이 15퍼센트 이상인 농지로서 대통령령으로 정하는 농지를 소유하는 경우10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우③ 제23조제1항제1호부터 제7호까지에 따라 농지를 임대하거나 무상사용하게 하는 경우에는 제1항 또는 제2항에도 불구하고 임대하거나 무상사용하게 하는 기간 동안 농지를 계속 소유할 수 있다. <개정 2020.2.11, 2021.4.13, 2026.6.16>④이 법에서 허용된 경우 외에는 농지 소유에 관한 특례를 정할 수 없다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260828
농지법 제8조 제1항(농지취득자격증명의 발급)
제8조(농지취득자격증명의 발급)①농지를 취득하려는 자는 농지 소재지를 관할하는 시장(구를 두지 아니한 시의 시장을 말하며, 도농 복합 형태의 시는 농지 소재지가 동지역인 경우만을 말한다), 구청장(도농 복합 형태의 시의 구에서는 농지 소재지가 동지역인 경우만을 말한다), 읍장 또는 면장(이하 "시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면의 장"이라 한다)에게서 농지취득자격증명을 발급받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 농지취득자격증명을 발급받지 아니하고 농지를 취득할 수 있다. <개정 2009.5.27>1. 제6조제2항제1호ㆍ제4호ㆍ제6호ㆍ제8호 또는 제10호(같은 호 바목은 제외한다)에 따라 농지를 취득하는 경우2. 농업법인의 합병으로 농지를 취득하는 경우3. 공유 농지의 분할이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 원인으로 농지를 취득하는 경우②제1항에 따른 농지취득자격증명을 발급받으려는 자는 다음 각 호의 사항이 모두 포함된 농업경영계획서 또는 주말ㆍ체험영농계획서를 작성하고 농림축산식품부령으로 정하는 서류를 첨부하여 농지 소재지를 관할하는 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면의 장에게 발급신청을 하여야 한다. 다만, 제6조제2항제2호ㆍ제7호ㆍ제9호ㆍ제9호의2 또는 제10호바목에 따라 농지를 취득하는 자는 농업경영계획서 또는 주말ㆍ체험영농계획서를 작성하지 아니하고 농림축산식품부령으로 정하는 서류를 첨부하지 아니하여도 발급신청을 할 수 있다. <개정 2009.5.27, 2021.8.17, 2023.8.16>1. 취득 대상 농지의 면적(공유로 취득하려는 경우 공유 지분의 비율 및 각자가 취득하려는 농지의 위치도 함께 표시한다)2. 취득 대상 농지에서 농업경영을 하는 데에 필요한 노동력 및 농업 기계ㆍ장비ㆍ시설의 확보 방안3. 소유 농지의 이용 실태(농지 소유자에게만 해당한다)4. 농지취득자격증명을 발급받으려는 자의 직업ㆍ영농경력ㆍ영농거리③ 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면의 장은 농지 투기가 성행하거나 성행할 우려가 있는 지역의 농지를 취득하려는 자 등 농림축산식품부령으로 정하는 자가 농지취득자격증명 발급을 신청한 경우 제44조에 따른 농지위원회의 심의를 거쳐야 한다. <신설 2021.8.17>④ 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면의 장은 제1항에 따른 농지취득자격증명의 발급 신청을 받은 때에는 그 신청을 받은 날부터 7일(제2항 단서에 따라 농업경영계획서 또는 주말ㆍ체험영농계획서를 작성하지 아니하고 농지취득자격증명의 발급신청을 할 수 있는 경우에는 4일, 제3항에 따른 농지위원회의 심의 대상의 경우에는 14일) 이내에 신청인에게 농지취득자격증명을 발급하여야 한다. <신설 2021.8.17, 2023.8.16>⑤제1항 본문과 제2항에 따른 신청 및 발급 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2021.8.17>⑥제1항 본문과 제2항에 따라 농지취득자격증명을 발급받아 농지를 취득하는 자가 그 소유권에 관한 등기를 신청할 때에는 농지취득자격증명을 첨부하여야 한다. <개정 2021.8.17>⑦ 농지취득자격증명의 발급에 관한 민원의 처리에 관하여 이 조에서 규정한 사항을 제외하고 「민원 처리에 관한 법률」이 정하는 바에 따른다. <신설 2021.8.17>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260828

자주 묻는 질문

합병으로 소멸한 회사가 가지고 있던 농지는 어떻게 하나요?
등기선례는 법인이 다른 법인에 합병된 경우 소멸하는 법인이 소유하고 있는 농지에 대하여 합병으로 인한 소유권이전등기를 신청할 수 있으며, 이때에는 농지취득자격증명을 첨부할 필요가 없다는 취지입니다.
왜 이런 것이 문제가 되었나요?
예외 사유에 해당하지 않는 한 농업법인이 아니라면 농지를 취득할 수 없는데, 합병으로 회사가 소멸되었으니 소유권이전등기를 하지 않을 다른 방법도 없어 관련 등기선례를 찾아보았습니다.
합병으로 인한 농지 소유권이전등기를 준비하실 때는 농지취득자격증명 첨부가 필요 없다는 등기선례를 먼저 확인하시기 바랍니다.
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373[email protected]법무사 염춘필 권점희 박용일
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