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회사 합병 절차와 합병등기, 어떻게 하나요?

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2026. 6. 29.
결론

합병은 두 개 이상의 회사를 하나로 합치는 절차 입니다.

대법원 등기선례에 따르면 흡수합병에서 무증자합병은 ① 존속회사가 소멸회사의 주식을 전부 소유한 경우, ② 존속회사가 소멸회사 주주에게 배정하기에 충분한 자기주식을 보유한 경우 등 관련 회사의 주주·채권자 지위에 영향이 없을 때 제한적으로 인정됩니다(2001. 10. 31. 등기 3402-736 질의회답).

상법 제523조의2 제1항은 소멸회사 주주에게 제공하는 재산에 모회사 주식이 포함되는 경우 존속회사가 그 지급을 위해 모회사 주식을 취득할 수 있도록 정하여 삼각합병을 인정하고 있습니다.

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합병은 두 개 이상의 회사를 하나로 합치는 절차 입니다. 한 회사가 다른 회사를 흡수하거나(흡수합병), 여러 회사가 모두 소멸하고 새 회사를 세우는(신설합병) 방식이 있으며, 청산 절차 없이 소멸회사의 권리·의무가 존속회사로 포괄적으로 넘어갑니다. 아래에서 합병의 의의·종류·제한, 실무에서 자주 문제되는 쟁점, 흡수합병의 절차와 합병계약서 작성 사항까지 차례로 정리합니다.

1. 합병의 뜻

합병은 2개 이상의 회사가 상법의 특별규정에 따라 청산 절차를 거치지 않고 하나로 합쳐지는 법률요건입니다. 그 결과 1개 이상의 회사가 소멸하고, 소멸회사의 권리·의무와 사원(주주)의 지위가 존속회사 또는 신설회사로 포괄적으로 이전됩니다.

회사는 규모의 경제를 추구할 때 합병을 하고, 규모의 불경제가 생기면 분할을 합니다. 자본과 기업을 집중하는 수단으로는 합병 외에도 주식인수, 영업양수도, 주식의 포괄적 교환 등 여러 방법이 있습니다. 다만 주식인수나 영업양수도에서는 상대방 회사가 해산·소멸하지 않고 그대로 존속한다는 점이 합병과 다릅니다.

2. 합병의 종류

  1. 흡수합병: 여러 회사가 합병하면서 한 회사가 존속하고 나머지 회사가 소멸하는 방식입니다.
  2. 신설합병: 기존 회사가 모두 소멸하고 새로운 회사를 설립하는 방식입니다.
  3. 소규모합병: 상법이 정한 요건을 충족하면, 존속회사의 주주총회를 갈음하여 이사회 결의로 합병을 승인하는 방식입니다.
  4. 간이합병: 소멸회사의 주주총회를 갈음하여 이사회 결의로 합병을 승인하는 방식입니다.

3. 어떤 회사끼리 합병할 수 있나요? (합병의 자유와 제한)

회사 간 합병은 원칙적으로 자유롭게 할 수 있습니다. 다만 상법과 특별법에 일정한 제한이 있습니다. 합병은 원칙적으로 우리나라 법률에 따라 설립된 회사 사이에서 이루어지지만, 협동조합기본법에 따라 협동조합이 기획재정부장관의 인가를 받은 경우에는 상법에 따라 설립된 주식회사·유한회사·유한책임회사를 흡수합병할 수 있습니다.

3-1. 상법상 제한
  1. 합병하는 회사의 일방 또는 쌍방이 주식회사·유한회사·유한책임회사이면, 존속회사나 신설회사도 주식회사·유한회사·유한책임회사여야 합니다.

합병하는 회사의 일방 또는 쌍방이 주식회사·유한회사·유한책임회사이면, 존속회사나 신설회사도 주식회사·유한회사·유한책임회사여야 합니다. 합명회사·합자회사(인적회사)와 주식회사(물적회사)가 흡수합병하는 경우 존속회사는 주식회사여야 합니다(상법 제174조 제2항).

상법 제174조(회사의 합병)
제174조(회사의 합병)①회사는 합병을 할 수 있다.② 합병을 하는 회사의 일방 또는 쌍방이 주식회사, 유한회사 또는 유한책임회사인 경우에는 합병 후 존속하는 회사나 합병으로 설립되는 회사는 주식회사, 유한회사 또는 유한책임회사이어야 한다. <개정 2011.4.14>③해산후의 회사는 존립 중의 회사를 존속하는 회사로 하는 경우에 한하여 합병을 할 수 있다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723

해산 후의 회사는 존립 중인 회사를 존속회사로 하는 경우에 한하여 합병할 수 있습니다(상법 제174조 제3항).

유한회사와 주식회사가 합병하여 유한회사가 존속 하면 법원의 인가가 필요 없지만, 주식회사가 존속 하면 법원의 인가를 받아야 합니다. 이는 현물출자로 주식회사를 설립할 때 요구되는 법원 인가 절차를 우회(잠탈)하는 것을 막기 위한 것입니다.

3-2. 특별법상 제한
  1. 상장회사가 합병하려면 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따라 일정한 요건과 방법을 따라야 합니다.
  2. 은행·보험회사가 합병하려면 은행법·보험업법에 따라 금융위원회의 인가를 받아야 합니다.
  3. 회생 중인 회사는 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 회생절차에 의해서만 합병할 수 있습니다.
3-3. 외국회사·비영리법인과는 합병할 수 있나요?

우리나라 상법은 국내 회사에만 적용되므로, 우리 상법에 따라 설립된 회사는 외국회사와 합병할 수 없습니다. 또한 회사와 재단법인·사단법인 등 비영리법인의 합병을 인정하는 법률 규정이 없으므로, 회사와 비영리법인은 합병할 수 없습니다.

4. 상장회사 합병은 무엇이 더 걸리는가

원문이 「상장회사가 합병하려면 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따라 일정한 요건과 방법을 따라야 합니다」라고 한 근거는 같은 법 제165조의4입니다. 주권상장법인이 다른 법인과 합병하려면 대통령령으로 정하는 요건·방법 등의 기준에 따라야 하고(제1항 제1호), 투자자 보호를 위하여 외부평가기관으로부터 합병가액 등에 관한 평가를 받아야 합니다(제2항). 비상장회사 간의 합병에는 없는 절차입니다.

자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제165조의4(합병 등의 특례)
제165조의4(합병 등의 특례)①주권상장법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위(이하 이 조에서 "합병 등"이라 한다)를 하려면 대통령령으로 정하는 요건ㆍ방법 등의 기준에 따라야 한다. <개정 2013.5.28>1. 다른 법인과의 합병2. 대통령령으로 정하는 중요한 영업 또는 자산의 양수 또는 양도3. 주식의 포괄적 교환 또는 포괄적 이전4. 분할 또는 분할합병② 주권상장법인은 합병 등을 하는 경우 투자자 보호 및 건전한 거래질서를 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 외부의 전문평가기관(이하 이 조 및 제165조의18에서 "외부평가기관"이라 한다)으로부터 합병 등의 가액, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항에 관한 평가를 받아야 한다. <신설 2013.5.28>③ 금융위원회는 외부평가기관의 합병 등에 관한 평가가 현저히 부실한 경우, 그 밖에 투자자 보호 또는 건전한 거래질서를 해할 우려가 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 제2항에 따른 평가 업무를 제한할 수 있다. <신설 2013.5.28>④ 외부평가기관의 범위, 제3항에 따른 평가 업무 제한의 방법 등에 대하여는 대통령령으로 정한다. <신설 2013.5.28>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260203

5. 실무에서 자주 문제되는 합병 쟁점

4-1. 다자간 합병도 가능한가요?

두 회사 간 합병이 일반적이지만, 여러 회사가 동시에 합병하는 다자간 합병도 가능합니다(실무상 9개 회사가 동시에 합병하여 1개 회사가 존속하고 8개 회사가 소멸한 사례도 있습니다). 여러 회사가 하나의 합병계약서로 동시에 합병하면 하나의 절차로 진행되는데, 이 경우 회사 중 한 곳의 채권자가 이의를 제기하고 그 채무를 변제하지 못하면 전체 합병 절차가 중단됩니다. 반면 존속회사를 하나로 두고 나머지 회사와 각각 합병계약을 체결 해 절차를 따로 진행하면, 특정 소멸회사 쪽에 문제가 생겨도 다른 회사 간 합병은 영향 없이 진행할 수 있습니다.

4-2. 삼각합병이란?

합병으로 소멸하는 회사의 주주에게 제공하는 대가가 존속회사의 모회사 주식 인 경우를 삼각합병이라 합니다. 상법 제523조의2 제1항은 소멸회사 주주에게 제공하는 재산에 모회사 주식이 포함되는 경우 존속회사가 그 지급을 위해 모회사 주식을 취득할 수 있도록 정하여 삼각합병을 인정하고 있습니다.

상법 제523조의2(합병대가가 모회사주식인 경우의 특칙)
제523조의2(합병대가가 모회사주식인 경우의 특칙)①제342조의2에도 불구하고 제523조제4호에 따라 소멸하는 회사의 주주에게 제공하는 재산이 존속하는 회사의 모회사주식을 포함하는 경우에는 존속하는 회사는 그 지급을 위하여 모회사주식을 취득할 수 있다. <개정 2015.12.1>② 존속하는 회사는 제1항에 따라 취득한 모회사의 주식을 합병 후에도 계속 보유하고 있는 경우 합병의 효력이 발생하는 날부터 6개월 이내에 그 주식을 처분하여야 한다. <신설 2015.12.1>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723
4-3. 역합병이란?

모자회사 간 합병에서는 모회사가 자회사를 합병하는 경우가 대부분이지만, 반대로 자회사가 모회사를 합병하는 역합병도 가능합니다. 이를 금지하는 법률 규정이 없으므로 인정됩니다.

4-4. 합병교부금만 주는 합병도 되나요?

과거에는 소멸회사 주주에게 주식을 주지 않고 합병교부금만 지급하는 것은 허용되지 않는다고 보았으나, 상법 개정으로 합병계약서에서 정하면 합병교부금만 지급하는 합병도 가능해졌습니다. 다만이 경우 세법상 적격합병이 되지 않아 세무 이슈가 발생할 수 있고, 소멸회사의 부동산을 존속회사로 이전할 때 취득세가 감경되지 않으므로 사전 검토가 필요합니다.

4-5. 채무초과 회사를 소멸회사로 하는 합병은?

과거에는 채무초과 회사를 소멸회사로 하는 합병을 인정하지 않았으나, 상업등기선례(제2-78호)가 변경되어 현재는 제한 없이 가능합니다. 이 선례에 따르면 소멸회사가 채무초과 회사가 아님을 소명하는 서면(재무상태표 등)은 신청서의 첨부 서면이 아니며, 등기관은 소멸회사의 채무초과 여부를 심사할 수 없습니다.

6. 채무초과회사를 소멸회사로 하는 흡수합병의 허용 여부

상업등기선례 제2-78호
채무초과회사를 소멸회사로 하는 흡수합병의 허용 여부(선례 변경) · 현행현행 채무초과회사를 소멸회사로 하는 흡수합병의 허용 여부(선례 변경) 제정 2014.01.09 [상업등기선례 제2-78호] 채무초과회사를 소멸회사로 하는 흡수합병등기신청의 경우, 흡수합병으로 소멸하는 회사가 채무초과회사가 아님을 소명하는 서면(예컨대 소멸회사의 재무상태표 등)은 신청서에 첨부하여야 하는 서면이 아니며, 이러한 서면을 첨부하였다 하더라도 등기관은 소멸회사가 채무초과회사인지 여부를 심사할 수 없다. (2014. 1. 9. 사법등기심의관-174 질의회답) 참조조문 : 상업등기법 제94조 주) 이 선례에 의하여 상업등기선례 제3-957호, 등기선례 제3-958호, 등기선례 제6-667호는 폐지됨선례 원문 기준: 대법원 종합법률정보 · 선례 원문 보기
4-6. 무증자합병은 언제 가능한가요?

대법원 등기선례에 따르면 흡수합병에서 무증자합병은 ① 존속회사가 소멸회사의 주식을 전부 소유한 경우, ② 존속회사가 소멸회사 주주에게 배정하기에 충분한 자기주식을 보유한 경우 등 관련 회사의 주주·채권자 지위에 영향이 없을 때 제한적으로 인정됩니다(2001. 10. 31. 등기 3402-736 질의회답). 이는 합병 과정에서 소멸회사 주주의 지위가 강제로 박탈되는 것을 막기 위한 것으로, 예컨대 존속회사가 소멸회사 주식 전부를 보유한 때, 동일한 주주가 같은 비율로 양 회사 주식을 보유한 때, 모회사가 존속·소멸회사의 100% 주주인 때 인정됩니다.

4-7. 증가하는 자본금이 소멸회사 자본금을 초과해도 되나요?

존속회사의 증가 자본금이 소멸회사의 자본금을 초과할 수 있습니다. 예를 들어 소멸회사의 자본금이 1억 원이지만 순자산액이 100억 원이면, 존속회사의 증가 자본금이 100억 원이 될 수 있습니다. 다만 증가 자본금이 소멸회사 자본금을 상당히 초과하는 합병등기를 신청할 때 등기관이 소명 자료(소멸회사의 재무상태표)를 요청할 수 있습니다.

한편 증가 자본금이 소멸회사의 순자산액을 초과하는 경우에 대해서는, 자본충실의 원칙상 제한된다는 견해와 합병가액·합병비율은 자산가치 외에 수익가치·시너지 효과 등을 고려해 정해지므로 제한되지 않는다는 견해가 대립합니다. 실무에서는 합병 시 소멸회사의 재무상태표를 제출하지 않아 등기관이 이를 알 수 없으므로 문제될 여지가 거의 없으나, 소명을 위해 재무상태표나 합병비율 산정 자료를 제출하는 경우에는이 문제가 불거질 소지가 있습니다.

4-8. 해산회사가 존속회사의 주식을 보유한 경우는?
  1. 소멸회사가 존속회사 발행주식 전부를 소유하고, 존속회사가 승계할 자기주식을 자본감소로 전부 소각하며, 소멸회사 주주에게는 합병신주를 발행·교부하기로 정한 경우, 등기부상 기록은 합병신주 발행에 따른 변경등기를 먼저 한 뒤 주식소각에 따른 변경등기를 해야 하며, 최종 변동분만 한 번에 등기할 수는 없습니다.

흡수합병에서 해산(소멸)회사가 존속회사의 발행주식을 보유하고 있으면, 존속회사는 합병으로 그 주식을 자기주식으로 승계합니다. 존속회사는 이렇게 승계할 자기주식을 소멸회사 주주에게 지급하는 내용으로 합병계약을 체결하고 합병등기를 신청할 수 있습니다.

소멸회사가 존속회사 발행주식 전부를 소유하고, 존속회사가 승계할 자기주식을 자본감소로 전부 소각하며, 소멸회사 주주에게는 합병신주를 발행·교부하기로 정한 경우, 등기부상 기록은 합병신주 발행에 따른 변경등기를 먼저 한 뒤 주식소각에 따른 변경등기를 해야 하며, 최종 변동분만 한 번에 등기할 수는 없습니다. 자본감소 없이 자기주식 전부를 소각하기로 한 때에는 자본 총액은 변동이 없고, 합병신주 발행으로 증가하는 자본액만큼만 변경등기를 합니다(2003. 1. 29. 공탁법인 3402-27 질의회답).

7. 흡수합병의 절차

흡수합병은 일반적으로 다음 흐름으로 진행됩니다.

  1. 사전준비절차: 법률, 회계, 조세문제 검토 / 합병비율 결정 / 합병절차 및 일정 확정 / 합병계약서 등 작성
  2. 합병이사회결의 및 합병계약체결(D-16): 이사회 승인 후 당사회사 대표이사가 합병계약 체결
  3. 주총 소집 이사회결의: 주총 소집을 위한 이사회 결의
  4. 합병 주주총회 소집공고 및 통지(D-15): 주총 2주 전에 공고 및 통지(총주주 동의로 기간단축할 수 있음)
  5. 합병계약서, 합병재무제표 등 비치 공시: 주총 2주 전 ~ 합병일로부터 6월
  6. 합병반대의사 서면통지 접수마감(D-1): 주총 소집통지일 ~ 주총 전일
  7. 합병승인 주총 개최(D): 주총 특별결의
  8. 주식매수청구 / 채권자이의 및 구주권제출 공고(D+1): 주총일로부터 2주 이내 공고
  9. 주식매수청구권 행사 만료(D+20): 주총일로부터 20일 내
  10. 채권자이의제출기간 만료(D+32): 공고기간 1월 이상
  11. 구주권 제출기간 만료 / 합병기일 / 합병보고총회(D+33): 합병기일은 실질적인 합병일
  12. 합병등기(D+34): 합병 효력발생일

8. 흡수합병 등기 필요서류

6-1 존속회사에 필요한 서류
  1. 법인등기부등본 1부
  2. 법인인감증명서 1부
  3. 법인인감도장(공증용위임장, 공증용 확인서, 공증용 주주명부, 등기신청 위임장, 진술서에 날인시 불요 — 이 서류는 법무사가 작성하여 보내드림)
  4. 합병승인 주총의사록 3부(합병계약서를 별첨하고 간인, 법무사사무실에서 작성 가능)
  5. 합병 보고 주총의사록 3부(법무사사무실에서 작성 가능)
  6. 합병 전 주주명부 1부
  7. 주식수 2/3 이상 보유한 주주들의 인감증명서, 인감도장 1부(공증용 위임장에 날인시 개인 인감도장 불요)
  8. 채권자보호절차 공고문, 개별최고서 각 1부
  9. 정관사본 1부
6-2 소멸회사에 필요한 서면
  1. 법인등기부등본 1부
  2. 법인인감증명서 1부
  3. 법인인감도장(공증용 위임장, 공증용 확인서, 공증용 주주명부, 등기신청 위임장에 날인시 불요 — 이 서류는 법무사가 작성하여 보내드림)
  4. 승인주총의사록 3부(합병계약서 별첨하고 간인)
  5. 합병 전 주주명부 1부
  6. 주식수 2/3 이상 보유한 주주의 인감증명서, 인감도장(공증용 위임장에 날인시 불요)
  7. 채권자보호절차 공고문 각 1부
  8. 정관사본 1부

자주 묻는 질문

합병이 무엇인가요?
둘 이상의 회사가 상법의 특별규정에 따라 청산절차를 거치지 않고 하나로 합쳐지는 것입니다. 그 결과 하나 이상의 회사가 소멸하고 소멸회사의 권리·의무와 주주의 지위가 존속회사나 신설회사로 포괄적으로 이전됩니다.
흡수합병과 신설합병은 무엇이 다른가요?
흡수합병은 한 회사가 존속하고 나머지가 소멸하는 방식이고, 신설합병은 기존 회사들이 모두 소멸하고 새 회사가 생기는 방식입니다.
주식인수나 영업양수도와는 어떻게 다른가요?
합병과 달리 주식인수나 영업양수도에서는 상대방 회사가 해산·소멸하지 않고 그대로 존속합니다.
합병을 검토하신다면 흡수합병으로 갈지 신설합병으로 갈지부터 정하시기를 권해드립니다.
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373[email protected]법무사 염춘필 권점희 박용일
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