회사분할등기에 따른 제세금 및 실무 POINT

예전에 월간지에 게재했던 글인데 관계 법령등이 바뀌어서 2025년 3월 21일 기준으로 내용을 전부 수정 했습니다

1. Ⅰ. 법인등기 1. 분할 설립회사의 설립등기 등록세

상법애서 정한 절차에 따라 회사를 분할하여 분할설립되는 회사의 본점소재지가 수도권과밀억제권역이라면 설립등기시 납부하여야 할 등록세는 설립자본금의 12/1000(중과세)다.

그러나 지방세법 시행령 제27조의 조건을 충족하는 때에는 수도권과밀억제권역내라 하더라도 설립시 납부하는 등록세가 비중과(4/1000)가 되는데, 분할하는 회사가 5년이상 계속하여 사업을 영위하여야 하며, 수도권과밀억제권역내의 내국법인이어야 하며, 법인세법에서 정한 적격분할요건을 갖추어야 한다.

관련법률규정

1. 지방세법 시행령 제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준)④ 법 제13조제2항제1호를 적용할 때 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 한 대도시의 내국법인이 법인의 분할(「법인세법」 제46조제2항제1호가목부터 다목까지의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)로 법인을 설립 하는 경우에는 중과세 대상으로 보지 아니한다

2. 실무상 주의할 점

CASEⅠ

3. 주식회사 큰새의 등록세 중과여부

주식회사 한길은 5년이상 사업을 영위한 법인으로, 경영의 효율성을 위해 법인세법에서 정한 적격분할요건을 충족하는 방식으로 주식회사 큰새을 분할설립하였다. 주식회사 한길의 본점소재지는 대전이며, 주식회사 큰새의 본점소재지는 서울이다. 주식회사 큰새의 등록세 중과여부는?

따라서 사례와 같이 대전지역(수도권과밀억제권역 이의의 지역)에 본점을 둔 주식회사 한길은 비록 5년 동안 사업을 영위하고, 법인세법상의 특례요건을 갖추었다 하더라도, 설립시에 납부하는 등록세는 중과세 된다.

4. 적격분할의 요건

1. 제46조(분할 시 분할법인등에 대한 과세) ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 “적격분할”이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
2. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격분할로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

5. 특례분할의 요건

분할설립되는 회사가 수도권과밀억제권역내에서 설립당시 납부하는 등록세에 대해 비중과를 적용받기 위해서는 법인세법의 특례분할의 규정에 따른 분할이어야 하며, 특례분할의 요건은 아래와 같다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

6. 분할신설회사의 분할 후 신주발행에 의한 증자 등기를 할 때 등록세 중과여부

분할신설회사가 수도권과밀억제권역내에서의 사업을 영위한 기간 뿐만 아니라, 분할되는 회사의 수도권과밀억제권역내에서의 사업을 영위한 기간을 합산하여 분할신설회사의 증자등기시 등록세 중과여부를 결정 한다.

따라서 증자등기를 신청하는 시점을 기준으로 하여 분할신설회사와 분할되는 회사가 수도권과밀억제권역내에서 5년 이상 사업을 영위한 회사라면 증자에 따른 등록세는 비중과되며, 5년 이상 사업을 영위하지 못했다면 중과된다.

7. Ⅱ. 부동산등기

회사분할을 원인으로 분할전 회사 소유의 부동산에 대한 권리를 분할설립회사과 포괄적 승계를 받을 때에 등록세 및 취득세를 납부한다. 다만 특례분할일 때에는 등록세와 취득세 등이 감면된다.

회사분할을 원인으로 소유권이전 등 부동산등기를 할 때 발생하는 실무상 제문제를 살펴본다.

1. 등록세

회사분할에 따른 등록세 감면규정이 없다. 다만 위에서 밝힌 바와 같이 등록면허세가 비중과 되는 경우가 있다. 분할에 따라 분할신설회사로(근)저당권, 전세권, 임차권 등이 승계될 때에도 등록면허세 감면규정이 없다.

8. 취득세

2. 취득세

1. 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감 한다.
2. 다만, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다.
3. 다만, 분할등기일부터 3년 이내에 같은 법 제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항을 말한다) 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.

법인세법의 적격분할의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 사업용재산에 대해서만 취득세가 경감되며, 비사업용 재산에 대해서는 취득세가 경감되지 않는다. 법인세법의 적격분할 요건을 갖추지 못한 분할은 사업용과 비사업용을 불문하고 취득세를 경감하지 않는다.

3. 지방교육세

설립시에는 등록면허세의 20%에 해당하는 지방교육세를 납부한다. 소유권이전등기시에는 중과세율2%의 20%에 해당하는 지방교육세를 납부한다.

9. 농특세

4. 농특세

1. 제4조(비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
2. 농어촌특별세법 시행령 제4조(비과세)
3. 주택도시기금법 시행규칙
4. 별표 [별표 1] 국민주택채권의 매입이 일부 면제되는 범위(제6조제1항 관련
5. 가) 합병에 의하여 신설되거나 합병 후 존속되는 회사의 경우에는 소멸한 회사로부터 승계한 부동산 및 부동산에 관한 권리의 등기
6. (1) 합병에 의하여 신설되거나 합병 후 존속되는 회사의 경우 그 설립 또는 변경의 내용이 기재된 법인 등기사항증명서
7. (2) 등기대상 부동산이 합병에 의하여 소멸한 회사의 재산임을 증명하는 등기사항증명서

(2)소결

취득세가 경감되는 때에는 면제되는 취득세의 20%에 해당하는 농특세과 부과되나, 농어촌특별세법 시행령 제4조에 의거하여 취득세 경감될 때에는 농어촌특별세도 면제된다.

10. 채권

5. 채권

(1) 감면규정

(2)소결

11. 국민주택채권의 매입

분할로 인하여 신설되는 회사가 분할전 회사로부터 승계한 부동산 및 부동산에 관한 권리의 등기시에는 국민주택채권의 매입이 면제된다.

12. 토지거래허가

6. 토지거래허가

1. 부동산거래신고등에관한법률
2. 제14조(국가 등의 토지거래계약에 관한 특례 등) ① 제11조제1항을 적용할 때에 그 당사자의 한쪽 또는 양쪽이 국가, 지방자치단체, 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사(이하 “한국토지주택공사”라 한다), 그 밖에 대통령령으로 정하는 공공기관 또는 공공단체인 경우에는 그 기관의 장이 시장ㆍ군수 또는 구청장과 협의할 수 있고, 그 협의가 성립된 때에는 그 토지거래계약에 관한 허가를 받은 것으로 본다.
3. 부동산거래신고등에관한법률 시행령
4. 제11조(국가 등의 토지거래계약에 관한 특례) ③ 법 제14조제2항제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

(2)소결

13. 토지거래허가구역에 있는 토지

토지거래허가구역에 있는 토지에 관한 소유권ㆍ지상권(소유권ㆍ지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전하거나 설정(대가를 받고 이전하거나 설정하는 경우만 해당한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 “토지거래계약”이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 그러나 회사의 분할을 원인으로 토지의 소유권이 이전될 때에는 토지거래허가구역 내에 있는 토지라 하더라도 토지거래허가를 받지 않는다거 판단한다.

14. 허가구역 안에 있는 토지에 대한 등기신청절차

15. 검인여부

7. 검인여부

계약을 원인으로 소유권이전등기를 신청할 때에는 계약서에 검인신청인을 표시하여 부동산의 소재지를 관할하는 시장(구가 설치되어 있는 시에 있어서는 구청장)·군수(이하 "시장등"이라 한다) 또는 그 권한의 위임을 받은 자의 검인을 받아 관할등기소에 이를 제출하여야 한다.

그런데 회사분할을 원인으로 한 소유권이전을 할 때 물적분할의 경우에는 분할의 원인서면에 검인을 받아야 한다고 주장하는 경우도 있었다. 그러나 분할의 원인서면인 분할계획서는 계약서가 아닌 단독행위에 따른 결정서에 불과하다. 따라서 인적분할이던, 물적분할이던 분할계획서에 검인을 받을 필요가 없다고 판단한다.

16. 부동산거래가액신고여부

거래당사자(매수인 및 매도인을 말한다.)는 부동산 또는 부동산을 취득할 수 있는 권리에 관한 매매계약을 체결한 때에는 부동산 등의 실제 거래가격 등을 거래계약의 체결일부터 30일 이내에 매매대상부동산(권리에 관한 매매계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산) 소재지의 관할 시장·군수 또는 구청장에게 공동으로 신고하여야 한다.

회사분할을 원인으로 한 소유권이전시에 물적분할의 경우에는 매매가 아니므로 부동산거래가액신고를 할 필요가 없다고 판단한다.

17. 인지

9. 인지

국내에서 재산에 관한 권리등의 창설·이전 또는 변경에 관한 계약서 기타 이를 증명하는 문서를 작성하는 자는 당해 문서를 작성할 때에이 법에 의하여 당해 문서에 대한 인지세를 납부할 의무가 있다.

회사분할의 원인서면인 분한계획서는 부동산의 이전에 관한 문서이므로 인지법상의 인지를 납부하여야 한다.

18. Ⅲ.기타 분할과 관련하여 알아 두어야 할 실무

건설회사 분할을 할 때 공사실적이 승계되는지 여부가 분할의 관건이 된다. 인적분할이던 물적분할이던 분할계획서에 의해 포괄양수도가 인정되면 공사실적이 승계된다.

1. 담당기관　건설정책관
2. 관련법령　건설산업기본법 제17조
3. 담당부서　건설산업과 전화번호
4. 등록일자　2008.09.05
5. 제 목　 분할방식에 따른 공사실적 승계
6. 질의내용　분할 후 자산이 변동하지 아니하는 물적분할의 경우에도 공사실적이 승계되는지 여부

관련예규

19. 공장등록

2.공장등록

분할신설회사가 공장을 포괄승계한 경우 공장등록을 다시 하여야 한다.

20. KS 인증

3.KS 인증

회사분할을 원인으로 하여 KS 인증이 포괄적으로 승계되지 아니하므로, 처음부터 KS 인증 절차를 다시 거쳐야한다.

21. 차량의 이전

4.차량의 이전

회사분할을 원인으로 차량의 등록을 이전할 때에 차량이 분할로 인해 취득하는 재산이 되므로 등록세가 면제된다. 분할을 원인으로 한 차량이전에 주의할 점은 분할효력발생일로부터 2주이내에 이전등록을 신청하여야 하며, 2주가 지나면 과태료가 부가된다.

22. 퇴직금의 승계

5.퇴직금의 승계

분할신설회사로 승계된 종업원의 퇴직금은 분할되는 회사의 퇴직금을 승계하므로, 분할신설하는 회사로 승계되는 종업원에 대한 분할되는 회사의 퇴직금은 지급하지 않는다.

23. 개인정보이전

6. 개인정보이전

분할하는 회사에서 분할신설회사로 개인정보가 이전되는 경우에는 갱진벙보 이전절차를 거쳐야 한다.

1. 2. 「법인세법」 제46조제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말한다)의 요건을 갖춘 분할(같은 법 제46조제3항에 해당하는 경우는 제외한다)로 인하여 취득하는 사업용 재산.
2. 12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것
3. ⑦법 제4조제12호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 감면을 말한다.
4. 5. 「지방세법」 제9조제2항, 「지방세특례제한법」 제13조제2항제1호의2, 제15조제2항, 제16조제1항, 제17조, 제17조의2, 제19조, 제20조, 제21조제1항, 제22조제1항ㆍ제4항ㆍ제7항ㆍ제8항, 제22조의2제1항ㆍ제2항, 제22조의3, 제23조, 제28조제1항, 제29조, 제30조제3항, 제31조제1항ㆍ제2항, 제31조의3제1항ㆍ제2항, 제31조의4, 제33조제1항ㆍ제2항, 제34조, 제36조, 제37조, 제38조제1항, 제40조, 제40조의3, 제41조제1항ㆍ제5항ㆍ제7항, 제42조제2항ㆍ제3항, 제43조제1항, 제44조제1항, 같은 조 제2항제1호, 같은 조 제3항, 제44조의2, 제45조제1항, 같은 조 제2항제1호, 제46조, 제50조제1항, 제52조제1항ㆍ제2항, 제53조, 제54조제5항, 제57조의2제1항(「법인세법」 제44조제2항 각 호의 요건을 충족하거나 같은 조 제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 한 합병의 경우로 한정한다), 제57조의2제3항제2호, 같은 조 제9항, 제58조의2, 제60조제4항, 제63조, 제64조제1항, 제66조제3항ㆍ제4항, 제67조제1항ㆍ제2항, 제72조제1항, 제73조제1항, 제73조의2, 제74조제3항, 제74조의2제1항, 제76조제1항, 제79조, 제80조, 제81조제1항ㆍ제2항, 제83조제1항ㆍ제2항, 제85조제1항, 제85조의2, 제88조, 제89조 및 제90조제1항에 따른 감면
5. 5. 다음 각 목의 등기를 신청하는 자
6. 가. 「상법」에 따라 합병ㆍ분할합병(이하 "합병" 이라한다)으로 설립되는 법인 또는 합병 후 존속되는 법인의 합병에 따른 등기
7. 1) 합병에 의하여 신설되는 경우에는 설립등기를 한 회사
8. 2) 합병 후 존속되는 경우에는 변경등기를 한 회사
9. 3) 중소기업을 경영하는 자가 법인을 설립하는 경우에는 설립등기를 하는 자
10. ② 다음 각 호의 경우에는 제11조(토지거래허가/ 염법 보충)를 적용하지 아니한다.
11. 1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지의 수용
12. 2. 「민사집행법」에 따른 경매
13. 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우
14. 11. 「상법」 제3편제4장제10절(해산)ㆍ제11절(회사의 분할), 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」의 절차에 따라 법원의 허가를 받아 권리를 이전하거나 설정하는 경우
15. 회신내용 1. 건설산업기본법 제17조의 규정에 의한 건설업의 양도가 양도인의 건설업에 관한 자산과 권리, 의무의 전부를 포괄적으로 양도하는 경우로서 동법 시행규칙 제18조제5항제3호에 해당되는 경우에는 동법시행규칙 제23조제4항 및 제5항의 규정에 의거 양도인의 건설업영위기간과 공사실적을 승계하여 인정받을 수 있을 것입니다.

24. 농어촌특별세

25. 토지거래계약에 관한 특례