고난이도 회사분할 등기 전문 법무사
한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2025. 6. 25.
결론이후 수백건의 인적분할과 물적분할 등기를 한 경험이 있습니다.
회사분할제도는 1998년도 상법개정으로 도입되었습니다.
상법이 개정되어 분할제도가 도입되었지만, 당연한 이야기이지만 누구도 회사분할등기를 경험해 보지 않았고, 그 절차를 어떻게 해야 할 지 참으로 막연했습니다.
분할 후에 신설법인으로 부동산이 이전되는 경우 그에 따른 취득세 경감 등의 업무를 수행하며 소유권이전등기 업무도 진행합니다.
1. 분할 등기 실무 경험과 세무 검토
회사분할제도는 1998년도 상법개정으로 도입되었습니다. 상법이 개정되어 분할제도가 도입되었지만, 당연한 이야기이지만 누구도 회사분할등기를 경험해 보지 않았고, 그 절차를 어떻게 해야 할 지 참으로 막연했습니다. 상법에 분할제도가 도입되었으므로 상법상 정해진 절차로 진행하다 하더라도 회사분할에 따른 국세나 지방세에 어떤 잇슈들이 있는 지 참으로 난감하던 때였습니다. 어떤 회사라고 하면 알만한 기획담당 이사가 회사분할을 같이 해 보자고 연락을 주어서 3개월간이 이사님과 관련 세무를 검토하고, 분할에 따는 국세 등에 대한 쟁점을 정리한 후 상법이 정한 회사 분할절차에 따른 분할등기를 진행했습니다.
이후 수백건의 인적분할과 물적분할 등기를 한 경험이 있습니다. 특히 고난이도 회사분할절차와 등기를 수행해 오면서 많은 실무경험을 쌓았습니다. 인적분할과 물적분할/ 연대채무와 비연대채무/ 적격분할과 비적격분할/ 비례분할과 불비례분할/ 감자가 있는 경우와 없는 경우를 구별하여 각 특성에 맞는 상법절차를 진행하고, 그 등기를 수행하고 있습니다. 분할 후에 신설법인으로 부동산이 이전되는 경우 그에 따른 취득세 경감 등의 업무를 수행하며 소유권이전등기 업무도 진행합니다.
대법원 2026.04.30 선고 2025두32321 — 취득세경정거부처분취소등
[1] 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다. 이때 조세법규의 의미는 조세감면요건을 정한 해당 법률조항뿐만 아니라 그 조항이 인용하는 다른 법률과 그 시행령의 관련 조항 전체를 고려하여 체계조화적으로 해석하여야 한다. [2] 구 지방세특례제한법(2020.1. 15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의2 제1항의 취지 및 문언, 구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2020. 12. 8. 법률 제17598호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘산업집적법’이라 한다)의 입법 목적과 정의 규정, 산업집적법 및 구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2021. 9. 14. 대통령령 제31982호로 개정되기 전의 것) 규정 전체의 체계조화적 해석 등에 비추어 보면, 구 지방세특례제한법 제58조의2 제1항이 취득세 및 재산세의 경감 대상으로 규정한 산업집적법 제28조의5 제1항 제1호에 따른 ‘제조업을 운영하기 위한 시설’은 물품제조공정을 형성하는 기계ㆍ장치 등의 제조시설까지 갖춘 ‘공장’을 의미한다고 해석함이 타당하다.[3] 甲 주식회사가 취득한 토지에 지식산업센터를 신축하여 위 토지 및 건물의 취득세 등을 신고ㆍ납부한 후 관할 지방자치단체장에게 위 지식산업센터 내 甲 회사의 본점 면적 및 임대 면적의 경우 제조업을 운영하기 위한 시설용으로 직접 또는 임대 사용하므로 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제58조의2에 따라 지방세를 감면하여야 한다는 등의 이유로 위 취득세 등의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 관할 지방자치단체장이 해당 부분에 제조시설을 갖추지 않았다는 이유로 경정청구를 거부하며, 위 조항에 따른 위 건물의 지방세 감면 면적이 축소조정됨에 따라 위 토지의 재산세 등을 부과한 사안에서, 위 조항이 취득세 등 경감 대상으로 규정한 구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2020.12. 8. 법률 제17598호로 개정되기 전의 것) 제28조의5 제1항 제1호에 따른 ‘제조업을 운영하기 위한 시설’은 제조시설까지 갖춘 ‘공장’을 의미한다는 이유로, 위 조항의 취득세 등 경감 요건으로 해당 부동산이 지식산업센터 내에서 제조시설을 갖춘 ‘공장’에 해당할 것까지 요구하는 것은 아니라는 전제에서 위 각 처분이 위법하다고 본 원심판단에 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례.판례 원문 기준: 대법원 종합법률정보 · 판례 원문 보기 대법원 2010. 02. 25. 선고 2008다74963 — 대여금
[1] 회사가 분할되는 경우 분할로 인하여 설립되는 회사 또는 존속하는 회사는 분할전 회사채무에 관하여 연대하여 변제할 책임이 있으나(상법 제530조의9 제1항), 분할되는 회사가 상법 제530조의3 제2항에 따라 분할계획서를 작성하여 출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상의 수와 발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써 주주총회의 승인을 얻은 결의로 분할에 의하여 회사를 설립하는 경우에는 설립되는 회사가 분할되는 회사의 채무 중에서 출자한 재산에 관한 채무만을 부담할 것을 정하여(상법 제530조의9 제2항) 설립되는 회사의 연대책임을 배제할 수 있고, 이 경우 분할되는 회사가 ‘출자한 재산’이라 함은 분할되는 회사의 특정재산을 의미하는 것이 아니라 조직적 일체성을 가진 영업, 즉 특정의 영업과 그 영업에 필요한 재산을 의미하는 것으로 해석된다.[2] 분할되는 회사와 신설회사가 분할 전 회사의 채무에 대하여 연대책임을 지지 않는 경우에는 채무자의 책임재산에 변동이 생기게 되어 채권자의 이해관계에 중대한 영향을 미치므로 채권자의 보호를 위하여 분할되는 회사가 알고 있는 채권자에게 개별적으로 이를 최고하고 만약 그러한 개별적인 최고를 누락한 경우에는 그 채권자에 대하여 신설회사와 분할되는 회사가 연대하여 변제할 책임을 지게 된다고 할 것이나, 채권자가 회사분할에 관여되어 있고 회사분할을 미리 알고 있는 지위에 있으며, 사전에 회사분할에 대한 이의제기를 포기하였다고 볼만한 사정이 있는 등 예측하지 못한 손해를 입을 우려가 없다고 인정되는 경우에는 개별적인 최고를 누락하였다고 하여 그 채권자에 대하여 신설회사와 분할되는 회사가 연대하여 변제할 책임이 되살아난다고 할 수 없다.판례 원문 기준: 대법원 종합법률정보 · 판례 원문 보기 자주 묻는 질문
분할 후 신설법인으로 부동산이 넘어가면 어떤 업무가 남나요?
취득세 경감 검토와 소유권이전등기가 함께 진행됩니다. 분할 등기만 끝낸 것이 아니라 이전 등기와 세무 처리까지 마무리해야 절차가 끝납니다.
상법 절차만 지키면 세무 문제는 저절로 해결되나요?
그렇지 않습니다. 분할은 국세와 지방세 모두에 이슈를 남깁니다. 절차에 들어가기 전에 분할에 따른 세무 쟁점을 먼저 정리해 두어야 합니다.
회사분할을 검토하고 계시다면 등기 절차에 들어가기 전에 분할에 따른 세무 문제부터 점검해 보시기를 권해드립니다.
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