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현물출자 후 감면된 취득세와 이월과세된 양도소득세를 납부해야 하는 경우(사후관리요건)

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2024. 5. 9.
결론

각 현물출자와 관련된 글에 사후관리 요건을 추가할 것인지, 아니면 독립적인 주제로 글을 올려 놀 것인지가 고민입니다.

그러지 않아도 제가 올린 글이 길다고 하는데, 사후관리 요건을 추가하는 것이 부담됩니다.

사업이 폐지될 경우 이월과세된 양도소득세를 납부하고, 감면된 취득세도 추징합니다.

여기에 대전제, 적격합병과 적격분할을 전제로 합니다.

현물출자에 관한 여러 개의 글을 블로그에 올렸습니다. 그러다 문득 이런 생각에 도달했습니다. '내가 올린 현물출자에 관한 글은 공급자 중심의 글이 전부였다. 현물출자를 하는 고객이 내 블로그의 글을 읽고 들어와 나에게 일을 줄수 있는, 고객을 유인하는 글이었다. 그러다 보니 사후관리요건이 누락되었구나!' 그래서 염법 다시 생각해 봅니다. 각 현물출자와 관련된 글에 사후관리 요건을 추가할 것인지, 아니면 독립적인 주제로 글을 올려 놀 것인지가 고민입니다. 그러지 않아도 제가 올린 글이 길다고 하는데, 사후관리 요건을 추가하는 것이 부담됩니다. 그래서 별도의 주제로이 글을 올립니다.

양도소득세 이월과세에 대한 조세특례제한법 사후관리요건에 관한 규정

1. 양도소득세 이월과세의 사후관리

조세특례제한법 제32조 제5항(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)
제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다. <개정 2013.1.1, 2020.12.29>② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2013.1.1, 2014.12.23, 2017.12.19>1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101
조세특례제한법 시행령 제29조 제6항(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)
제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)① 삭제 <2002.12.30>②법 제32조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다. <개정 2006.2.9, 2009.6.19, 2010.12.30, 2021.2.17>③ 법 제32조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다. <신설 2010.2.18, 2021.2.17, 2025.12.30>1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다)2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 재정경제부령으로 정하는 사업④법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2008.2.29, 2010.2.18, 2025.12.30>⑤법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2002.12.30, 2010.2.18>⑥ 법 제32조제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 "전환법인"이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조제5항제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. <개정 2013.2.15>1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우2. 전환법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우3. 삭제<2018.2.13>4. 전환법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우⑦ 법 제32조제5항제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2013.2.15, 2014.2.21, 2015.2.3, 2018.2.13>1. 법 제32조제1항을 적용받은 거주자(이하 이 조에서 "해당 거주자"라 한다)가 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우2. 해당 거주자가 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우3. 해당 거주자가 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우4. 해당 거주자가 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우5. 해당 거주자가 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우6. 해당 거주자가 가업의 승계를 목적으로 해당 가업의 주식 또는 출자지분을 증여하는 경우로서 수증자가 법 제30조의6에 따른 증여세 과세특례를 적용받은 경우⑧ 제7항제6호에 해당하는 경우에는 수증자를 해당 거주자로 보아 법 제32조제5항을 적용하되, 5년의 기간을 계산할 때 증여자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분을 보유한 기간을 포함하여 통산한다. <신설 2015.2.3>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260701

2. 취득세 추징의 사후관리

취득세 추징에 관한 지방세특례제한법의 사후관리요건

3. 사후관리에서 주의할 점

사업이 폐지될 경우 이월과세된 양도소득세를 납부하고, 감면된 취득세도 추징합니다. 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 사업의 폐지로 봅니다. 다만 합병, 인적분할, 물적분할로 현물출자한 자산을 처분한 경우에는 사업의 폐지로 보지 않습니다. 여기에 대전제, 적격합병과 적격분할을 전제로 합니다. 비적격합병, 비적격분할일 경우에는 사업의 폐지로 봅니다. 이점 주의하셔야 합니다.

예를 들어 제조업을 하던 개인기업이 제조업에 공여된 부동산을 포함하여 현물출자를 했는데, 5년 이내에이 부동산을 임대하게 되면이 또한 해당 부동산을 처분한 것으로 보는 것도 알아 둘 만 합니다.

가, 나, 다가 제조업을 공동으로 운영 하고 있던 중 현물출자를 하여 법인으로 전환했습니다. 그 중에 '나'가 가지고 있던 주식55%를 처분했습니다. 이때에도 이를 처분으로 볼 것인지가 문제입니다. 전체 주식에서는 20%밖에 되지 않습니다. 개인을 기준으로 처분주식수를 계산할 것인지, 전체 주식수를 기준으로 처분 주식수를 계산할 것인지가 문제입니다. 개인주식수를 기준으로 계산 합니다. 이 점도 기억해 두실 만 합니다.

4. 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분

리스크 · 주식 처분과 양도소득세 납부(2024년 7월 26일 추가: 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 양도소득세를 납부해야 하며, 취득세 감경분도 납부해야 합니다.

그런데 양도소득세는 양도인이 개별적으로 내는 것이므로 양도인이 수인일 경우 양도인 각각을 기준으로 취득한 주식의 100분의 50 이상을 처분했을 때 그 처분자가 양도소득세를 납부해야 함에 의문이 없으나, 취득세는 양도인이 아닌 회사가 납부하는 것이므로 각각의 양도인의 주식이 100분의 50 이상을 처분했는지가 기준이 아니라, 양도인 전체가 취득한 주식의 100분의 50 이상이 처분했는지를 기준으로 판단해야 한다는 견해가 있는데 개인적으로는이 견해가 타당하다고 생각합니다.)

인용
현물출자 취득세 감면 후 주식을 매각한 경우 추징 여부에 대한 행자부 질의회신 지방세특례제도과-2351호(20211021) 취득세 현물출자 취득세 감면 후 주식을 매각한 경우 추징 여부 관계법령 지방세특례제한법 제57조의2 제3항제3호 답변요지 피출자법인이 현물출자로 부동산 취득세를 감면받고 출자법인은 현물출자를 원인으로 취득한 주식을 다음 날 제3자에게 49.9%를 양도하였다 하더라도, 발행주식 총수의 100분의 50 이상을 보유하고 있는 경우 대통령령이 정하는 부득이한 사유에 해당하여 지분의 연속성이 인정되는 “적격현물출자” 요건을 충족한 것이므로 취득세 감면대상에 해당된다 판단됨 본문 <질의요지> ○ 舊「지방세특례제한법」제57조의2 제3항제3호에서는“「법인세법」제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산에 대해서는 취득세 등을 면제한다”고 규정하고 있는바, 현물출자된 부동산 취득세를 면제받고, 출자일 다음 날 취득한 주식(지분율 100%) 중 49.9%를 제3자 법인에게 양도한 경우,「법인세법」제47조의2제1항 단서의 “부득이한 사유”에 해당하는 것으로 보아 추징대상에서 배제되는지 여부 <회신내용> 가.舊「지방세특례제한법」(법률 제16041호, 2018. 12. 24. 개정되기 전의 것)제57조의2 제3항제3호에서는 「법인세법」 제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산에 대해서는 취득세를 면제한다고, 舊「법인세법」(법률제16008호, 2018. 12. 24., 개정되기 전의 것) 제47조의2 제1항에서 양도차익을 손금에 산입할 수 있는 현물출자의 범위에 대하여 “내국법인이 다음 각 호의 요건을 갖춘 현물출자를 하는 경우”라고 규정하면서 각 호에 대하여1. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것,2. 피출자법인이 그 출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 계속할 것,3. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동으로 출자한 자가 출자법인의 특수관계인이 아닐 것,4. 출자법인이 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80 이상의 주식등을 보유하고, 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것을 명시하고,본문 각 호중 제2호(사업의 계속성) 및 제4호(지분의 연속성)의 요건을 충족하지 못한 경우에도 “부득이한 사유가 있는 경우”에 해당한다면 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입할 수 있고, 「법인세법 시행령」(대통령령 제28640호, 2018.2.13., 개정되기 전의 것)제84조의2 제11항제1호에서는 법 제47조의2 제1항제4호의현물출자 요건을 갖추지못한 경우에도 「법인세법 시행령」제84조의2 제11항제1호에서 “출자법인 등이 제80조의2 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우”에는 “대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”라고 규정하고 있습니다.나. 적격합병의 요건 등을 열거한 「법인세법 시행령」제80조의2 제1항은「법인세법」제47조의2(현물출자)를 포함하여제44조(법인합병),제46조(인적분할),제47조(물적분할) 등 법인의 현물출자, 합병, 분할시 요건을 갖추지 못한 경우 부득이한 사유에 대하여 통합적으로 열거하면서, “가 목”에서 피합병법인의 지배주주등이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의1 미만을 처분한 때에는 부득이한 사유가 있는 경우에 해당한다고 규정하고 있고, 상기 조문에서 대통령령이 정하는 부득이한 사유란 “각 목의 어느 하나에 해당하는 경우”라고 명시하고 있어 부득이한 사유의 주체 및 요건에 대하여문구상 “피합병법인의 지배주주”와 “합병”으로 명시하고 있다 하더라도 이를 법인합병으로만 한정하기 보다는, 법인분할 또는 현물출자시 과세특례 적용에서도 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로 의제하여 보는 것이타당하며,「법인세법」제47조의2 제3항에서 규정하는 취득일로부터 3년 이내①피출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 폐지하거나,②출자법인등이 피출자법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을보유하게 되는 경우 감면된 취득세를 추징한다는 추징요건과 문맥상으로도 일치된다 할 것입니다. 다.「지방세특례제한법」제57조의2 제3항제3호에서는 “현물출자”에 대해 취득세감면을 규정하고 있으나, 용어의 정의나 구체적 범위에 대하여 별도의 규정을두고 있지 않고, 취득세 면제대상인 현물출자의 감면 성립요건을 “「법인세법」제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산”이라고만 명시하고 있으며, 같은 조 단서 추징요건의 괄호와 같이 “단서에 해당하는 경우는 제외한다”는등의 지방세와 관련하여 별도의 규정을 두고 있지 않으므로 감면요건인 “현물출자”의 범위는「법인세법」제47조의2에서 규정하는 각 호의 요건은 물론 단서 조문을 포함하므로 취득세 감면대상인 현물출자의 범위와 법인세과세특례 대상인 현물출자의 범위를 달리 볼 수 없다 할 것입니다.라. “현물출자”란 회사의 설립이나 신주 발행시 금전 이외의 재산을 출자하고 대가로 주식이나 지분을 배정받는 것으로, 현물출자된 사업용 부동산은 사업의 운영형태만 변경한 것에 불과하고 종전과 같은 사업용 재산으로 계속 제공되어 사업의 계속성과 지분의 연속성이 유지되는 경우 출자법인에게는 법인세 양도소득에 대한 과세이연과 피출자법인에게는 취득세 등의 면제혜택을 부여함으로서 원활한 기업의 구조조정 지원을 위한 것이고,「법인세법」에서는 적격현물출자(47조의2 각 호의 요건을 갖춘 현물출자)의 요건 중 지분의 연속성에 대하여 지배주주가 현물출자로 취득한 주식의 일부를 처분한다 하더라도 주식 등의 100분의 50 이상을 계속하여 보유하는경우 부득이한 사유로 보아 지분의 연속성을인정하고 있으며, 이와 관련하여, 국세청에서는 “현물출자법인이 현물출자일이 속한 사업연도에 현물출자로 교부받은 주식의 1/2 미만을 처분할 경우 「법인세법」제47조의2제1항 각 호 외의 단서규정이 적용되는 것(국세청 법인세과-701, 2011.9.23.)”이라 유권해석하고 있습니다.마. 살피건대, 「지방세특례제한법」에서는 취득세 감면대상인 현물출자의 모든요건을 「법인세법」제47조의2에 위임하고 있고, 「법인세법 시행령」제80조의2 제1항에서 기업의 구조조정과 관련된 법인합병, 분할, 현물출자 요건 중부득이한 사유를 통합적으로 열거하면서 ‘각 목의 어느 하나에 해당하는 경우’라 규정하고 있음에도 “현물출자”의 경우를 적용 제외하는 것은 법령의 입법 취지에도 어긋나며, 「법인세법」에서는 현물출자 과세이연 요건의 중단사유에 대하여 사업을 폐지하거나 주식의 2분의 1 이상을 처분한 경우라 규정한 문맥과도 상충된다 할 것인바, 피출자법인이 현물출자로 부동산 취득세를 감면받고 출자법인은 현물출자를 원인으로 취득한 주식을 다음 날 제3자에게 49.9%를양도하였다 하더라도, 발행주식 총수의 100분의 50 이상을 보유하고 있는 경우 대통령령이 정하는 부득이한 사유에 해당하여 지분의 연속성이 인정되는 “적격현물출자” 요건을 충족한 것이므로 취득세 감면대상에 해당된다 판단됩니다.바. 다만, 이는 질의 당시 서면 및 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로서 추가사실확인 등 변동이 있을 시는 당해 과세권자가 면밀한 조사를 통해 결정할 사안입니다. 끝.
지방세특례제한법 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)
제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)① 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병 중 법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병에 따라 양수하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 60을 경감한다. 다만, 「지방세법」 제15조제1항제3호 단서에 해당하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다. <개정 2024.12.31>② 다음 각 호에서 정하는 법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제하고, 합병으로 양수받아 3년 이내에 등기하는 재산에 대해서는 2027년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 면제된 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「농업협동조합법」, 「수산업협동조합법」 및 「산림조합법」에 따라 설립된 조합 간의 합병2. 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고 간의 합병3. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 간의 합병4. 삭제<2018.12.24>③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.29, 2024.12.31, 2025.10.1>1. 삭제<2024.12.31>2. 「법인세법」 제46조제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말한다)의 요건을 갖춘 분할(같은 법 제46조제3항에 해당하는 경우는 제외한다)로 인하여 취득하는 사업용 재산. 다만, 분할등기일부터 3년 이내에 같은 법 제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항을 말한다) 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.3. 「법인세법」 제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산. 다만, 취득일부터 3년 이내에 같은 법 제47조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.4. 삭제<2021.12.28>5. 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외한다). 다만, 사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다.6. 삭제<2018.12.24>7. 특별법에 따라 설립된 법인 중 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제2조제1항에 따른 공공기관이 그 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」 상의 회사로 조직 변경됨에 따라 취득하는 사업용 재산④ 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다) 또는 주식을 처분하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2018.12.24, 2020.8.12, 2021.12.28, 2024.12.31, 2025.10.1>⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「지방세법」 제7조제5항에 따라 과점주주가 해당 법인의 부동산등(같은 조 제1항에 따른 부동산등을 말한다)을 취득한 것으로 보아 부과하는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제한다. <개정 2015.12.22, 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2019.11.26, 2020.12.29, 2021.8.17, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제10조에 따른 제3자의 인수, 계약이전에 관한 명령 또는 같은 법 제14조제2항에 따른 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 주식 또는 지분을 취득하는 경우2. 금융기관이 법인에 대한 대출금을 출자로 전환함에 따라 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함하되, 지주회사가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조제12호에 따른 동일한 기업집단 내 계열회사가 아닌 회사의 과점주주인 경우를 제외한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 해당 지주회사의 설립ㆍ전환일부터 3년 이내에 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사의 요건을 상실하게 되는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.4. 「예금자보호법」 제3조에 따른 예금보험공사 또는 같은 법 제36조의3에 따른 정리금융회사가 같은 법 제36조의5제1항 및 제38조에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우5. 한국자산관리공사가 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」 제26조제1항제1호가목에 따라 인수한 채권을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우6. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 농업협동조합자산관리회사가 같은 법 제30조제3호다목에 따라 인수한 부실자산을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우7. 「조세특례제한법」 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환ㆍ이전으로 완전자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 같은 법 제38조제2항에 해당하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.8. 삭제<2024.12.31>⑥ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 농업협동조합중앙회(이하 이 조에서 "중앙회"라 한다)가 같은 법에 따라 사업구조를 개편하는 경우 제1호 및 제2호의 구분에 따른 등기에 대해서는 2017년 12월 31일까지 등록면허세를 면제하고, 제3호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2016.12.27>1. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 자본지원이 이루어지는 경우 그 자본증가에 관한 등기2. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 경제사업을 이관하는 경우 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기3. 「농업협동조합법」 제134조의2에 따라 설립된 농협경제지주회사가 이 조 제3항제3호에 따라 중앙회로부터 경제사업을 이관받아 취득하는 재산⑦ 법률 제12663호 한국산업은행법 전부개정법률 부칙 제3조제1항에 따라 한국산업은행이 산은금융지주주식회사 및 「한국정책금융공사법」에 따른 한국정책금융공사와 합병하는 경우 그 자본증가에 관한 등기에 대해서는 2015년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 90을 경감한다.⑧ 「기업 활력 제고를 위한 특별법」 제4조제1항에 해당하는 내국법인이 같은 법 제10조 또는 제12조에 따라 주무부처의 장이 승인 또는 변경승인한 사업재편계획에 의해 합병 등 사업재편을 추진하는 경우 해당 사업재편에 따라 설립 또는 변경되는 법인에 대한 법인등기에 대하여 등록면허세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 같은 법 제13조에 따라 사업재편계획 승인이 취소된 경우에는 경감된 등록면허세를 추징한다. <신설 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2020.1.15, 2021.12.28, 2024.12.31>⑨ 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 수산업협동조합중앙회(이하 이 항에서 "중앙회"라 한다)가 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할한 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 면제한다. <신설 2015.12.29>1. 대통령령으로 정하는 바에 따른 분할로 신설된 자회사(이하 이 항에서 "수협은행"이라 한다)가 그 분리로 인하여 취득하는 재산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.2. 수협은행의 법인설립등기에 대해서는 등록면허세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.⑩ 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제4조에 따른 금융위원회의 인가를 받고 「법인세법」 제44조제2항에 해당하는 금융회사 간의 합병을 하는 경우 금융기관이 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. <신설 2018.12.24, 2024.12.31>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260602

5. 기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면

지방세특례제한법 시행령 제28조의2(법인 합병의 범위 등)
제28조의2(법인 합병의 범위 등)③ 법 제57조의2제4항 단서에서 “대통령령으로 정하는 정당한 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.1. 해당 사업용 재산이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 따라 수용된 경우2. 법령에 따른 폐업ㆍ이전명령 등에 따라 해당 사업을 폐지하거나 사업용 재산을 처분하는 경우3. 「조세특례제한법 시행령」 제29조제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우4. 「조세특례제한법」 제32조제1항에 따른 법인전환으로 취득한 주식의 100분의 50 미만을 처분하는 경우법령 원문 기준: 국가법령정보센터

사후관리요건에서 주의할 점

6. 현물출자 과세특례의 현행 조문

현물출자 시 과세특례(법인세법 제47조의2) — 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것, 피출자법인이 사업연도 종료일까지 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 계속할 것, 출자법인등이 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인 발행주식총수의 100분의 80 이상을 보유하고 사업연도 종료일까지 보유할 것 등의 요건을 갖추면 양도차익 상당액을 손금에 산입할 수 있고, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 일부 요건을 갖추지 못하여도 같습니다(제1항). 본문 유권해석의 「부득이한 사유」 다툼이 걸린 조문입니다.

법인세법 제47조의2(현물출자 시 과세특례)
제47조의2(현물출자 시 과세특례)① 내국법인(이하 이 조에서 "출자법인"이라 한다)이 다음 각 호의 요건을 갖춘 현물출자를 하는 경우 그 현물출자로 취득한 현물출자를 받은 내국법인(이하 이 조에서 "피출자법인"이라 한다)의 주식가액 중 현물출자로 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 현물출자일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2015.12.15, 2017.12.19, 2018.12.24>1. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것2. 피출자법인이 그 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 계속할 것3. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동으로 출자한 자가 출자법인의 특수관계인이 아닐 것4. 출자법인 및 제3호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자(이하 이 조에서 "출자법인등"이라 한다)가 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80 이상의 주식등을 보유하고, 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것5. 삭제<2017.12.19>② 출자법인이 제1항에 따라 손금에 산입한 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 사업연도에 해당 주식등과 자산의 처분비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액만큼 익금에 산입한다. 다만, 피출자법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1>1. 출자법인이 피출자법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우2. 피출자법인이 출자법인등으로부터 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하는 경우. 이 경우 피출자법인은 그 자산의 처분 사실을 처분일부터 1개월 이내에 출자법인에 알려야 한다.③ 제1항에 따라 양도차익 상당액을 손금에 산입한 출자법인은 현물출자일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항에 따라 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2011.12.31, 2016.12.20, 2017.12.19>1. 피출자법인이 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 폐지하는 경우2. 출자법인등이 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되는 경우④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손금산입 대상 양도차익의 계산, 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 현물출자 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2015.12.15, 2017.12.19>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

자주 묻는 질문

현물출자한 사업용 부동산을 임대로 돌리면 어떻게 되나요?
처분으로 보게 됩니다. 제조업 등으로 쓰던 부동산을 일정 기간 안에 임대업으로 전환하면 사업용으로 사용하지 않은 것으로 판단되어 이월과세와 감면의 사후관리 요건 위반이 됩니다.
공동으로 법인전환한 경우 주식 처분 여부는 누구 기준으로 계산하나요?
양도소득세는 각 개인이 취득한 주식수를 기준으로 계산합니다. 다만 취득세는 회사가 납부하는 세금이라 양도인 전체가 취득한 주식을 합쳐 판단해야 한다는 견해가 타당하다고 봅니다.
현물출자를 하셨다면 사후관리 기간 중 주식을 처분할 계획이 있는지부터 점검하시기를 권해드립니다.
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373[email protected]법무사 염춘필 권점희 박용일
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