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회사조직변경과 취득세 납부여부에 대한 중간보고

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2025. 8. 27.
결론

2024년도부터 계속 추적하고 있는 사안입니다.

회사가 조직변경을 할 때 취득세를 납부해야 하는지 여부입니다.

조직변경을 할 때에도 취득세를 납부해야 한다고 지방세법이 개정되었는데, 회사 조직변경도 포함되는지 아니면 특수법인의 조직변경만 해당되는지 여부에 대해 실무상 정리되어 있지 아니합니다.

상법에 의한 조직변경(예 주식회사를 유한회사로 조직변경하거나, 유한회사를 주식회사로 조직변경을 함)은 동일성을 유지하면서 다른 회사로 변경됩니다.

2024년도부터 계속 추적하고 있는 사안입니다. 회사가 조직변경을 할 때 취득세를 납부해야 하는지 여부입니다.

1. 조직변경 등기와 취득세 쟁점

  1. 예를 들어 주식회사를 유한회사로 조직변경을 하면, 주식회사는 해산하고 유한회사가 설립되는데, 상법상 두 회사는 동일한 회사로 봅니다.
  2. 다만 형식상 주식회사를 해산하고, 유한회사를 설립하고 있습니다.
  3. 주식회사가 부동산을 가지고 있을 경우 유한회사로 넘겨야 하는데, 소유권이전등기를 하지 않고 등기명의 표시변경등기(부동산을 소유한 회사의 상호를 변경하는 등기)를 합니다.
  4. 따라서 등기상으로 보았을 때에는 취득세를 납부할 이유가 없는데, 지방세법에서는 '조직변경'을 할 때에도 취득세를 납부해야 하는 것으로 정해 놓았기 때문에 실무계에서 어떻게 해야 할 지 결정하기 어렵습니다
  5. 염법이 국민신문고에 3번에 걸쳐 같은 사안을 질문하였고, 2024년도 말 서울특별시에서 행안부에 같은 내용을 질문했습니다.
  6. 거의 10개월이 다 갔음에도 불구하고, 행안부에서 서울특별시의 질의에 회신을 못하고 있습니다.
  1. 들리는 말에 의하면 행안부 내에서도 취득세 부과 대상이라는 쪽과 그렇지 않다는 쪽으로 나누어져 있다고 합니다.
  2. 그러니 결론을 내지 못하고 있는 것입니다.
  3. 현재 취득세를 납부하지 않는 것으로 등기실무가 진행되고 있습니다.
  4. 다만 행안부의 결정에 따라 여러가지 변수가 발생할 가능성이 남아있습니다.
  5. 염법, 계속 추적하고, 보고드리겠습니다.
대법원 1985.11.12 선고 85누69 — 법인세부과처분취소
가. 면세소득의 범위는 과세의 공평과 세수의 확보를 위하여 엄격히 해석하여야 할 것이므로 구 조세감면규제법 부칙(1978.3.25. 자 법률 제3096호부칙 제3조 및 1979.12.28자 법률 제3196호부칙 제6조) 규정의 해석상 위 법률 제3196호에 따른 증자소득공제혜택 대상은 종전과 같이 법률 제3096호의 시행일인 1978.3.25 이전에 설립된 법인에 한하고 법률 제3196호의 시행전인 1978.12.31 이전에 설립된 법인까지 포함한다고 확장해석할 수 없다.나. 회사의 조직변경은 회사가 그의 인격의 동일성을 보유하면서 법률상의 조직을 변경하여 다른 종류의 회사로 되는 것을 일컫는다 할 것이고 상법상 합명, 합자회사 상호간 또는 주식, 유한회사 상호간에만 회사의 조직변경이 인정되고 있을 뿐이므로 소외 계룡건설합자회사가 그 목적, 주소, 대표자등이 동일한 주식회사인 원고 회사를 설립한 다음 동 소외 회사를 흡수 합병하는 형식을 밟아 사실상 합자회사를 주식회사로 변경하는 효과를 꾀하였다 하더라도 이를 법률상의 회사조직변경으로 볼 수는 없다.판례 원문 기준: 대법원 종합법률정보 · 판례 원문 보기
상법 제604조 제1항(주식회사의 유한회사에의 조직변경)
제604조(주식회사의 유한회사에의 조직변경)①주식회사는 총주주의 일치에 의한 총회의 결의로 그 조직을 변경하여 이를 유한회사로 할 수 있다. 그러나 사채의 상환을 완료하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.②전항의 조직변경의 경우에는 회사에 현존하는 순재산액보다 많은 금액을 자본금의 총액으로 하지 못한다. <개정 2011.4.14>③제1항의 결의에 있어서는 정관 기타 조직변경에 필요한 사항을 정하여야 한다.④제601조의 규정은 제1항의 조직변경의 경우에 준용한다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723

현행 지방세법에서 조직변경이 나오는 자리는 제10조의5 제3항 제2호입니다. 「법인의 합병ㆍ분할 및 조직변경을 원인으로 취득하는 경우」의 취득당시가액 산정을 대통령령에 위임하고 있어, 조직변경을 원인으로 한 취득이 과세될 수 있음을 전제로 한 조문입니다. 다만 원문이 말한 대로 상법상 회사의 조직변경(등기명의 표시변경만 이루어지는 경우)까지 여기에 포함되는지는 실무상 정리되어 있지 않은 쟁점입니다.

지방세법 제10조의5(무상취득ㆍ유상승계취득ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례)
제10조의5(무상취득ㆍ유상승계취득ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례)① 제10조의2 및 제10조의3에도 불구하고 차량 또는 기계장비를 취득하는 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가격 또는 가액으로 한다.1. 차량 또는 기계장비를 무상취득하는 경우: 제4조제2항에 따른 시가표준액2. 차량 또는 기계장비를 유상승계취득하는 경우: 사실상취득가격. 다만, 사실상취득가격에 대한 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조제2항에 따른 시가표준액보다 적은 경우 취득당시가액은 같은 항에 따른 시가표준액으로 한다.3. 차량 제조회사가 생산한 차량을 직접 사용하는 경우: 사실상취득가격② 제1항에도 불구하고 천재지변으로 피해를 입은 차량 또는 기계장비를 취득하여 그 사실상취득가격이 제4조제2항에 따른 시가표준액보다 낮은 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 그 차량 또는 기계장비의 취득당시가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 달리 산정할 수 있다.③ 제10조의2부터 제10조의4까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 경우 취득당시가액의 산정 및 적용 등은 대통령령으로 정한다.1. 대물변제, 교환, 양도담보 등 유상거래를 원인으로 취득하는 경우2. 법인의 합병ㆍ분할 및 조직변경을 원인으로 취득하는 경우3. 「도시 및 주거환경정비법」 제2조제8호의 사업시행자, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조제1항제5호의 사업시행자 및 「주택법」 제2조제11호의 주택조합이 취득하는 경우4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 경우로서 대통령령으로 정하는 취득에 해당하는 경우법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

자주 묻는 질문

조직변경을 하면 회사는 그대로 존속하나요?
주식회사를 유한회사로 조직변경을 하면 주식회사는 해산하고 유한회사가 설립되는데, 상법상 두 회사는 동일한 회사로 봅니다. 다만 형식상 주식회사를 해산하고 유한회사를 설립하고 있습니다.
조직변경 시 부동산은 어떤 등기를 하나요?
소유권이전등기를 하지 않고 등기명의 표시변경등기를 합니다.
조직변경 때 취득세를 내야 하나요?
등기상으로 보았을 때에는 납부할 이유가 없는데 지방세법에서는 조직변경을 할 때에도 취득세를 납부해야 하는 것으로 정해 놓아 실무계에서 결정하기 어려운 상태입니다. 현재는 취득세를 납부하지 않는 것으로 등기실무가 진행되고 있으나, 행정안전부의 결정에 따라 여러 가지 변수가 발생할 가능성이 남아 있습니다.
조직변경 일정을 잡으시기 전에 취득세 부과 여부 해석 동향부터 확인해 보시기를 권해드립니다.
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373[email protected]법무사 염춘필 권점희 박용일
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