회사 실무와 놀자
hangillaw.com

창업중소기업에 대한 지방세 감면

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2026. 2. 3.
결론

과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업이 창업일부터 4년 이내(청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산 중 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감합니다.

창업일 당시 업종의 사업에 과세기준일 현재 직접 사용하는 부동산에 대해서는 창업일부터 3년간 재산세를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 100분의 50을 경감합니다.

수도권 과밀억제 권역 외에서 법무사업을 하고 계신 분이라면 창업중소기업 등에 대한 지방세 감면규정을 잘 알아 두는 것이 좋습니다. 관련 지방세특례제한법 규정과 조세심판례를 소개합니다.

실무판단 · 창업중소기업 지방세 감면수도권 과밀억제 권역 외에서 법무사업을 하고 계신 분이라면 창업중소기업에 등에 대한 지방세 감면규정을 잘 알아 두는 것이 좋습니다.

1. 관련 지방세특례제한법

관련 지방세특례제한법과 조세심판례를 소개합니다.

창업중소기업 등에 대한 지방세 감면과 관련한 조세특례제한법 규정

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면)

① 2026년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. <개정 2015. 12. 29., 2016. 12. 27., 2017. 12. 26., 2018. 12. 24., 2020. 12. 29., 2023. 3. 14., 2023. 12. 29.>

② 2026년 12월 31일까지 창업하는 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 “창업벤처중소기업”이라 한다)이 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 “확인일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업벤처기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. <개정 2020. 12. 29., 2023. 3. 14., 2023. 12. 29., 2024. 1. 9.>

지방세특례제한법 시행령 제29조의2(창업중소기업 등의 범위)
제29조의2(창업중소기업 등의 범위)① 법 제58조의3제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 날"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다. <신설 2016.12.30>1. 법인이 창업하는 경우: 설립등기일2. 개인이 창업하는 경우: 「부가가치세법」 제8조에 따른 사업자등록일② 법 제58조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 청년창업기업"이란 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 창업중소기업으로서 대표자(「소득세법」 제43조제1항에 따른 공동사업장의 경우에는 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율이 더 큰 사업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 충족하는 기업을 말한다. <신설 2018.12.31, 2020.12.31>1. 개인사업자로 창업하는 경우: 창업 당시 15세 이상 34세 이하인 사람. 다만, 「조세특례제한법 시행령」 제27조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 창업 당시 연령에서 빼고 계산한 연령이 34세 이하인 사람을 포함한다.2. 법인으로 창업하는 경우: 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 사람③ 법 제58조의3제1항제2호 및 제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 공장입지기준면적"이란 각각 「지방세법 시행령」 제102조제1항제1호에 따른 공장입지기준면적을 말하고, "대통령령으로 정하는 용도지역별 적용배율"이란 각각 「지방세법 시행령」 제101조제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 말한다. <개정 2016.12.30, 2018.12.31, 2020.12.31>④ 법 제58조의3제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업을 말한다. <개정 2016.12.30, 2018.12.31, 2020.12.31, 2024.7.2>1. 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항제2호나목에 해당하는 중소기업은 제외한다)2. 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 「조세특례제한법 시행령」 별표 6의 비용이 해당 과세연도의 수입금액의 100분의 5(「벤처기업육성에 관한 특별법」 제25조에 따라 벤처기업 해당 여부에 대한 확인을 받은 날이 속하는 과세연도부터 연구개발 및 인력개발을 위한 비용의 비율이 100분의 5 이상을 유지하는 경우로 한정한다) 이상인 중소기업⑤ 법 제58조의3제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 청년창업벤처기업"이란 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 창업벤처중소기업으로서 대표자가 제2항 각 호의 요건을 충족하는 기업을 말한다. <신설 2020.12.31>⑥ 법 제58조의3제4항제5호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 엔지니어링사업"이란 「엔지니어링산업 진흥법」 제21조에 따라 엔지니어링사업자의 신고를 하거나 「기술사법」 제5조의7에 따라 기술사의 등록(등록 갱신을 포함한다)을 한 경우로서 「엔지니어링산업 진흥법」 제2조제1호에 따른 엔지니어링활동을 제공하는 사업을 말한다. <신설 2016.12.30, 2018.12.31, 2020.1.15, 2020.12.31, 2024.12.31>⑦ 법 제58조의3제4항제9호에서 "대통령령으로 정하는 물류산업"이란 「조세특례제한법 시행령」 제5조제7항에 따른 물류산업을 말한다. <신설 2016.12.30, 2018.12.31, 2020.12.31>⑧ 법 제58조의3제4항제11호에서 "대통령령으로 정하는 관광객이용시설업"이란 「관광진흥법 시행령」 제2조제1항제3호가목 및 나목에 따른 전문휴양업과 종합휴양업을 말한다. <신설 2016.12.30, 2018.12.31, 2020.12.31>⑨ 법 제58조의3제6항제1호 단서에서 "토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 토지와 「법인세법 시행령」 제24조에 따른 감가상각자산을 말한다. <신설 2016.12.30, 2018.12.31, 2020.12.31>⑩ 법 제58조의3제6항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 100분의 30을 말한다. <신설 2016.12.30, 2018.12.31, 2020.12.31>⑪ 법 제58조의3제6항제1호 및 제3호에 따른 같은 종류의 사업은 「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 산업에 관한 표준분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 세분류가 동일한 사업으로 한다. <신설 2016.12.30, 2018.12.31, 2020.12.31, 2025.10.1>⑫ 법 제58조의3제6항제5호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2023.12.29>1. 개인사업자가 동종 사업을 영위하는 법인인 중소기업을 새로 설립하여 과점주주(「지방세기본법」 제46조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 되는 경우2. 해당 법인 또는 해당 법인의 과점주주가 신설되는 법인인 중소기업의 과점주주가 되는 경우(해당 법인과 신설되는 법인인 중소기업이 동종의 사업을 영위하는 경우로 한정한다)3. 법인인 중소기업이 회사의 형태를 변경한 이후에도 변경 전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260701

2. 감면의 두 연결 고리

원문이 인용한 지방세특례제한법 제58조의3에는 다른 법으로 건너가는 고리가 둘 있습니다. 하나는 창업벤처중소기업 — 창업일부터 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업이어야 하는데, 그 확인 절차를 정한 것이 벤처기업육성에 관한 특별법 제25조입니다(원문의 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」은 현행 법명이 특별법으로 바뀌었습니다). 다른 하나는 추징의 예외 — 경감된 취득세를 추징할 때 조세특례제한법 제31조의 중소기업 간 통합과 같은 법 제32조의 법인전환은 제외됩니다.

벤처기업육성에 관한 특별법 제25조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인)
제25조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인)① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있다. <개정 2016.3.29, 2020.2.11>② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받은 날부터 중소벤처기업부령으로 정하는 기간 내에 제25조의4제1항에 따른 벤처기업확인위원회(이하 "벤처기업확인위원회"라 한다)의 심의를 거쳐 벤처기업 해당 여부를 확인하고 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23, 2017.7.26, 2020.2.11>③ 벤처기업확인기관의 장은 벤처기업 확인의 투명성을 확보하기 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인된 벤처기업에 관한 정보를 공개할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 정보는 공개하여서는 아니 된다.1. 「부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률」 제2조제2호에 따른 영업비밀2. 대표자의 주민등록번호 등 개인에 관한 사항④ 벤처기업확인기관의 장은 제1항 및 제2항에 따른 확인에 소요되는 비용을 벤처기업 확인을 요청하려는 자에게 부담하게 할 수 있다. 이 경우 비용의 산정 및 납부에 필요한 사항은 중소벤처기업부장관이 정하여 고시한다. <신설 2019.4.23>⑤ 제1항과 제2항에 따른 확인 절차 등에 관하여 필요한 사항은 중소벤처기업부령으로 정한다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23, 2017.7.26, 2019.4.23>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260701
조세특례제한법 제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)
제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1>② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.④ 제6조제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조 또는 제64조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조 또는 제64조를 적용받을 수 있다. <개정 2014.12.23>⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.⑦ 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2013.1.1, 2014.12.23>1. 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우2. 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

3. 조세심판례

인용
1. 처분개요가. 청구법인은 2024.10.30. 경기도 화성시 OOO 외 3 필지 토지 14,746 ㎡ 및 그 지상건축물 3,508.15 ㎡ (이하 “ 이 건 부동산 ”이라 한다)를 취득한 후, 그 취득가격 OOO 원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO 원, 지방교육세 OOO 원, 농어촌특별세 OOO 원 합계 OOO 원(이하 “ 이 건 취득세 등 ”이라 한다)을 신고․납부하였다.나. 청구법인은 2024.11.11. 이 건 부동산을「지방세특례제한법」 (2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조의 3 제1항에서 규정하고 있는 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 “ 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산 ”으로 보아 그 취득세의 100분의 75 를 감면하여야 한다는 취지로이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나 처분청은 2024.12.20. 이를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.27. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2021.3.4. 경기도 화성시 OOO 를 본점 소재지로 하고, 플라스틱 재생업, 플라스틱 제조업, 폐기물 재활용업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. (2) 청구법인은 2023.5.31. 그동안 임차하여 사용하던 경기도 화성시 OOO 를 취득한 후 이를 창업중소기업인 청구법인의 사업용 부동산으로 하여 취득세를 감면받았다.(3) 청구법인은이 건 심판청구일 현재 경기도 화성시 일대에서 3개의 사업장을 운영하고 있는데, 사업장이 떨어져 있다 보니 효율적인 경영이 어려워, 새로운 부동산을 취득하여 건축물을 신축한 후 플라스틱 재생 및 제조 등을 위한 일괄 사업장으로 사용하고자 창업일부터 4년 이내인 2024.10.30. 이 건 부동산을 취득하였다.(4) 처분청은 청구법인이 사업확장 등을 위해이 건 부동산을 취득하였다고 보아이 건 취득세 등의 경정청구를 거부하였으나「지방세특례제한법」제58조의 3 제1항에서 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 부동산에 대해 그 취득세를 감면한다고 규정하면서 같은 조 제6항 각호에서 창업에 해당하지 않는 경우를 각각 규정 하고 있을 뿐 일단 창업중소기업에 해당하는 경우 사업용 부동산의 취득 횟수나 규모 등에 대해서는 별도로 규정하지 않고 있으므로 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 부동산에 대하여는 우선 취득세를 감면한 후 그 사용 현황에 따라 감면한 취

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대해서는 등록면허세를 면제한다. <개정 2015. 12. 29., 2016. 12. 27., 2017. 12. 26., 2024. 1. 9.>

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다. <개정 2020. 12. 29., 2021. 8. 17., 2024. 2. 27., 2024. 12. 31., 2025. 10. 1.>

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 창업중소기업으로 지방세를 감면받은 경우에는 창업벤처중소기업에 대한 감면은 적용하지 아니한다. <신설 2016. 12. 27.>

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다. <신설 2016. 12. 27., 2023. 12. 29.>

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항제1호 및 제2항제1호에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 「조세특례제한법」 제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 “중소기업간 통합”이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 “법인전환”이라 한다)을 하는 경우는 제외한다. <신설 2016. 12. 27., 2020. 12. 29.>

⑧ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 제1항제2호 및 제2항제2호에 따른 경감기간이 지나기 전에 중소기업간 통합 또는 법인전환을 하는 경우 그 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 경감기간에 대하여 제1항제2호 및 제2항제2호를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업간 통합 및 법인전환 전에 취득한 사업용재산에 대해서만 적용한다. <개정 2016. 12. 27., 2020. 12. 29.>

창업중소기업 등에 대한 지방세 감면과 관련한 조세특례제한법 시행령 규정

제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ① 법 제58조의3제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 날”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다. <신설 2016. 12. 30.>

② 법 제58조의3제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 청년창업기업”이란 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 창업중소기업으로서 대표자(「소득세법」 제43조제1항에 따른 공동사업장의 경우에는 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율이 더 큰 사업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 충족하는 기업을 말한다. <신설 2018. 12. 31., 2020. 12. 31.>

③ 법 제58조의3제1항제2호 및 제2항제2호에서 “대통령령으로 정하는 공장입지기준면적”이란 각각 「지방세법 시행령」 제102조제1항제1호에 따른 공장입지기준면적을 말하고, “대통령령으로 정하는 용도지역별 적용배율”이란 각각 「지방세법 시행령」 제101조제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 말한다. <개정 2016. 12. 30., 2018. 12. 31., 2020. 12. 31.>

④ 법 제58조의3제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업을 말한다. <개정 2016. 12. 30., 2018. 12. 31., 2020. 12. 31., 2024. 7. 2.>

⑤ 법 제58조의3제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 청년창업벤처기업”이란 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 창업벤처중소기업으로서 대표자가 제2항 각 호의 요건을 충족하는 기업을 말한다. <신설 2020. 12. 31.>

⑥ 법 제58조의3제4항제5호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 엔지니어링사업”이란 「엔지니어링산업 진흥법」 제21조에 따라 엔지니어링사업자의 신고를 하거나 「기술사법」 제5조의7에 따라 기술사의 등록(등록 갱신을 포함한다)을 한 경우로서 「엔지니어링산업 진흥법」 제2조제1호에 따른 엔지니어링활동을 제공하는 사업을 말한다. <신설 2016. 12. 30., 2018. 12. 31., 2020. 1. 15., 2020. 12. 31., 2024. 12. 31.>

⑦ 법 제58조의3제4항제9호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 「조세특례제한법 시행령」 제5조제7항에 따른 물류산업을 말한다. <신설 2016. 12. 30., 2018. 12. 31., 2020. 12. 31.>

⑧ 법 제58조의3제4항제11호에서 “대통령령으로 정하는 관광객이용시설업”이란 「관광진흥법 시행령」 제2조제1항제3호가목 및 나목에 따른 전문휴양업과 종합휴양업을 말한다. <신설 2016. 12. 30., 2018. 12. 31., 2020. 12. 31.>

⑨ 법 제58조의3제6항제1호 단서에서 “토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산”이란 토지와 「법인세법 시행령」 제24조에 따른 감가상각자산을 말한다. <신설 2016. 12. 30., 2018. 12. 31., 2020. 12. 31.>

⑩ 법 제58조의3제6항제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 30을 말한다. <신설 2016. 12. 30., 2018. 12. 31., 2020. 12. 31.>

⑪ 법 제58조의3제6항제1호 및 제3호에 따른 같은 종류의 사업은 「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 산업에 관한 표준분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 따른 세분류가 동일한 사업으로 한다. <신설 2016. 12. 30., 2018. 12. 31., 2020. 12. 31., 2025. 10. 1.>

⑫ 법 제58조의3제6항제5호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2023. 12. 29.>

창업중소기업 등에 대한 지방세 감면과 관련한 조세심판례(감면 인정)

(4) 처분청은 청구법인이 사업확장 등을 위해 이 건 부동산을 취득하였다고 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부하였으나「지방세특례제한법」제58조의3제1항에서 창업중소기업이 창업일부터 4 년 이내에 취득하는 사업용 부동산에 대해 그 취득세를 감면한다고 규정하면서 같은 조 제6항 각호에서 창업에 해당하지 않는 경우를 각각 규정 하고 있을 뿐 일단 창업중소기업에 해당하는 경우 사업용 부동산의 취득 횟수나 규모 등에 대해서는 별도로 규정하지 않고 있으므로 창업중소기업이 창업일부터 4 년 이내에 취득하는 사업용 부동산에 대하여는 우선 취득세를 감면한 후 그 사용 현황에 따라 감면한 취득세 등의 추징 여부를 판단하는 것이 타당하다.

(5) 따라서, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 그 취득일부터 3 년 이내에 플라스틱 제조업 등에 직접 사용하는 경우 이 건 부동산에 대한 취득세 등은 감면 대상이라 할 것임에도 청구법인에게 이 건 부동산 외에 다른 사업장이 있고, 이 건 부동산에 제조 설비가 없다는 등의 이유로 이 건 부동산의 취득을 사업의 확장 등을 위한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(1) 창업중소기업에 대한 조세 감면혜택을 부여하는 것은 중소기업에 대한 창업을 지원하기 위하여 사업 초기에 조세부담을 완화하여 국내 제조업 등의 산업기반을 강화하고자 하는데 그 입법목적이 있다고 할 것으로서, 이러한 의미에서 창업이란 중소기업을 새로이 설립하여 새로운 사업을 최초로 개시하는 것을 의미한다고 보는 것이 타당하다 (조심 2013 지 156, 2014.9.19.).

(2) 「지방세특례제한법」제58조의3제6항 제4호에서 규정하고 있는 ‘ 사업의 확장 ’ 이란 중소기업을 설립하여 최초로 사업장을 두고 사업을 영위하다가 다른 장소에 동일한 업종의 사업장을 추가하는 경우를 의미한다 할 것이고, ‘ 업종의 추가 ’ 란 최초로 영위하는 사업과 다른 사업을 영위하는 모든 경우를 의미한다고 봄이 타당하다 (행정안전부 지방세특례제도과 -1084 호, 2017.5.22.) 이다.

(3) 청구법인과 같이 기존의 사업장을 두고 있는 상태에서 새로운 사업장을 추가하는 것은 새로운 사업을 최초로 개시하는 것이 아니라 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우로서 원시적인 사업 창출의 효과가 있다고 보기 어렵고, 청구법인은 플라스틱 재생․제조업 등에 사용하기 위해 이 건 부동산을 취득한 것이 아니라 창고 등으로 사용하기 위해 취득한 것임을 볼 때, 이 건 부동산은 청구법인이 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하기 위해 취득하는 부동산이라 할 것인바, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

이 건 부동산을 창업중소기업의 사업용 부동산으로 보아 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

지방세법 제11조(부동산 취득의 세율)
제11조(부동산 취득의 세율)① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.7. 그 밖의 원인으로 인한 취득나. 농지 외의 것 : 1천분의 40법령 원문 기준: 국가법령정보센터
지방세기본법 제57조(가산세의 감면 등)
제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터
대법원 2026.01.29 선고 2025두34876 — 취득세등부과처분취소
[1] 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항, 제6항 제3호, 제4호의 문언 및 내용과 함께, 구 지방세특례제한법상 창업중소기업에 대한 지방세 감면 제도는 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는 경우에 한하여 취득세의 감면혜택을 주려는 데 있다는 입법 취지 등을 종합적으로 고려하면, 구 지방세특례제한법 제58조의3 제6항 제3호, 제4호의 각 사유가 예정하는 행위 주체는 해당 사업을 실질적으로 경영하는 자를 의미한다고 봄이 타당하다.그러므로 폐업이나 사업 확장 또는 업종 추가 전후로 명의자가 달라졌더라도 실질적으로 사업을 경영하는 사업주가 여전히 동일하다면, 그 사업 경영에 이용된 사업체가 설령 법적으로 별개의 독립된 인격체라고 하더라도 위 각 사유에 해당할 수 있다고 보아야 한다. [2] 창업중소기업인 甲 유한회사가 부동산을 취득한 후, 위 부동산이 사업용 재산이라는 이유로 같은 날 관할 지방자치단체장에게 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항에 따라 취득세 등의 감면 신청을 하여 감면받았는데, 이후 관할 지방자치단체장이 甲 회사는 실제 사업주가 동일한 종전 법인을 폐업하고 동종의 사업을 영위하거나 사업을 확장하기 위하여설립된 법인으로 창업중소기업에 해당하지 않는다고 보아 기존에 감면한 취득세 등을 부과ㆍ고지한 사안에서, 종전 법인 설립자인 乙은 폐업 전까지 종전 법인을 운영하였을 뿐 아니라 그 후 새로이 설립된 甲 회사까지 실질적으로 경영하면서 단지 배우자를 甲 회사 대표이사로 내세웠을 가능성을 배제할 수 없어 보이는데, 이 경우 비록 종전 법인과 甲 회사의 법인격이 서로 별개라 할지라도 乙이 이들 법인 모두를 실질적으로 경영하는 주체인 이상, 구 지방세특례제한법 제58조의3 제6항 제3호, 제4호의 각 사유를 여전히 충족할 수 있으므로, 위 처분이 전제로 삼은 바와 같이 종전 법인과 甲 회사를 실질적으로 경영하는 자가 乙이었는지, 이러한 乙에 의하여 폐업 후 사업이 다시 개시되어 폐업전의 사업과 같은 종류의 사업이 이루어졌는지, 또는 사업의 확장이나 다른 업종의 추가가 이루어졌는지를 추가로 심리ㆍ판단하였어야 한다는 이유로, 이와 달리 본 원심판단에 구 지방세특례제한법상 ‘창업’에 관한 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례.판례 원문 기준: 대법원 종합법률정보 · 판례 원문 보기

제58조의3[ 창업중소기업 등에 대한 감면 ]

① 2023 년 12 월 31 일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업 (이하 이 조에서 “ 창업중소기업 ” 이라 한다) 이 대통령령으로 정하는 날 (이하 이 조에서 “ 창업일 ” 이라 한다) 부터 4 년 이내 (대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5 년 이내) 에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우.(단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

  1. (가) 청구법인은 2021.3.4. 경기도 화성시 OOO 를 본점소재지 (이하 “ 기존 사업장 ” 이라 한다) 로 하고, 플라스틱 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 후, 기존 사업장을 임차하여 플라스틱 재생 및 제조업 등을 영위하였다.
  2. (나) 청구법인은 2023.5.31. 임차하여 공장으로 사용하던 기존 사업장을 OOO 원에 취득하였고, 처분청은 기존 사업장을 창업중소기업이 창업일부터 4 년 이내에 취득하는 사업용 부동산으로 보아 취득세의 100 분의 75 를 감면하였다.
  3. (다) 청구법인은 이 건 심판청구일 현재 경기도 화성시 OOO 과 OOO 에 3 개의 사업장을 운영하고 있고, 그 현황은 아래 < 표 > 와 같다.

< 표 > 청구법인의 처분청 관내 사업장 현황

  1. (라) 청구법인은 2024.10.30. 건축물의 철거신고 (2024.9.9.) 가 완료된이 건 부동산 (경기도 화성시 OOO 외 토지 및 건축물) 을 OOO 원에 취득하고, 취득세 등 OOO 원을 신고․납부하였다.
  2. (마) 청구법인은 2024.11.11. 이 건 부동산을 창업중소기업이 창업일부터 4 년 이내에 취득하는 사업용 부동산으로 보아 취득세의 100 분의 75 를 감면하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하고, 2024.11.20. 처분청으로부터 이 건 부동산 (토지) 의 소재지 공장용 건축물 7,246 ㎡를 신축하는 건축허가를 받았다.
  3. (바) 청구법인의 대리인 (세무사 OOO) 은 2025.4.23. 개최한 조세심판관회의에 출석하여 청구법인이 운영하는 3 개의 사업장이 떨어져 있는 까닭에 플라스틱 재생과 제조를 효율적으로 할 수 없어, 이 건 부동산에 건축물을 신축한 후 플라스틱 재생 및 제조를 위한 하나의 사업장을 갖추고자 이 건 부동산을 취득하였고, 현재 이 건 부동산에 있는 종전 건축물을 철거하고 있다고 답변하였다.

(2) 「지방세특례제한법」제58조의3제1항 본문 및 제1호에서 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업 (창업중소기업) 이 창업일부터 4 년 이내에 창업일 (설립등기일) 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100 분의 75 를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제6항 본문 및 제4호에서 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에는 창업으로 보지 않는다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 처분청은 청구법인이 설립 당시의 사업장이 아닌 다른 곳에 소재하는 이 건 부동산을 취득한 것은「지방세특례제한법」제58조의3제6항 제4호에서 규정하고 있는 ‘ 사업의 확장 ’ 에 해당한다는 의견이나,

「지방세특례제한법」제58조의3제6항은 창업중소기업의 사업용 부동산 중 취득세 감면이 배제되는 부동산을 규정한 것이 아니라 창업으로 보지 않는 사유를 규정하면서 창업의 범위를 제한하고 있을 뿐이므로 법인의 설립이「지방세특례제한법」제58조의3제6항 각 호에 해당하지 않는다면 해당 법인의 설립은 적법한 창업으로 볼 수 있는 점,

청구법인의 경우 설립 당시 창업으로 보지 않을만한 사유는 없었던 것으로 보이고, 처분청도 청구법인의 설립을 창업으로 보아 청구법인이 취득한 기존 사업장에 대해 취득세의 100 분의 75 를 감면한 점,

청구법인은 창업일 당시의 업종인 플라스틱 재생 및 제조업을 영위하기 위해 창업일부터 4 년 이내인 2024.10.30. 이 건 부동산을 취득한 것으로 보이는 점 등에 비추어

이 건 부동산은 창업중소기업인 청구법인이 그 창업일부터 4 년 이내에 취득한 사업용 부동산으로 그 취득세를 감면하는 것이 타당하다 할 것임에도, 처분청이 이와 다른 전제에서 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조제7항과「국세기본법」제80조의2및 제65조제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

창업중소기업 등에 대한 지방세 감면과 관련한 조세심판례(감면 불인정)

가. 청구법인은 2019.10.30. 인천광역시 OOO에서 설립되어 마스크팩 및 화장품 제조 및 도소매업 등을 영위하는 법인으로, 2022.3.24. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 창업벤처중소기업 확인을 받고, 2022.3.31. 인천광역시OOO토지(209.6㎡, 이하 “쟁점토지1”라 한다) 및 같은 동 OOO토지(157.5㎡, 이하 “쟁점토지2”라 하며, 위 쟁점토지1과 합하여 이하 “쟁점토지들”이라 한다)를 매매로 취득하고, 각 거래가격 OOO원(쟁점토지1)과OOO원(쟁점토지2)을 과세표준으로 하여 「지방세특례제한법」제58조의3 제2항 제1호에 따라 창업벤처중소기업에 대한 취득세 감면(100분의

75)을 적용하여 취득세 등 OOO원(쟁점토지1)과 OOO원(쟁점토지2)을 각 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대하여 세무조사를 한 결과, 청구법인의 설립은 ‘거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우’에 해당하여 창업이 아니라고 보아, 2025.3.10. 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목(4%)에 따라 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감하여 취득세 등 OOO원(쟁점토지1)과 OOO원(쟁점토지2)을 각 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.7. 심판청구를 제기하였다.

(1) 청구법인의 설립은 창업이다.

처분청은 개인사업자가 설립한 법인사업의 내용이 확장된 것이라는 의견이나, 개인사업자일때는 매출처들로부터 부업거리를 가져다 가정집, 부업집(매입처) 등에 배달 수거하는 형태였고, 법인설립 후에는 제조실을 갖추고 일부 중복되는 매출처로부터 제조의뢰를 받아 운영한 것이다.

중복된 종업원의 경우 청구법인 대표이사 a 아내의 친남동생, 친여동생이며 형편이 어려운 아내를 도와 지금껏 일을 하고 있는 것이다.

(2) 가산세까지 내라고 하는 것은 가혹하다.

쟁점토지들 취득시 조세감면의 기준인 창업의 의미를 더욱 상세하게 알았다면 취득세 감면을 적용하여 취득세를 산정하지 아니하였을 것이다.

만 3년이 지난 지금에 와서 감면이 잘못 되었다며 감면 받은 세금을 추징하는 것에서 나아가 가산세까지 추징하는 것은 부당하다.

(1) 본 사안은 개인사업자가 사업을 영위하다가 청구법인을 설립하여 동일한 사업을 영위하는 경우에 해당하여 ‘개인사업자의 법인전환’이므로 창업에 해당하지 않는다.

(가) 「지방세특례제한법」제58조의3 제2항과 제6항에서는 창업일부터 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 창업벤처중소기업이 최초 확인일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하되, 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우로서 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 마스크팩 접지일을 개인사업자로서 가내수공업(부업)의 형태로 운영하든 또는 법인사업자로서 화장품제조업의 형태로 운영하든 개인의 사업소득금액 또는 법인의 각 사업연도 소득금액을 구성한다는 점에서만 차이가 있을 뿐 사업의 형태와 종류는 변하지 않은 것이며, 개인사업자로서 마스크팩 접지관련 공급가액 비율(2016년부터 2019년까지)과 청구법인 설립 이후 주요 거래처와 매출항목의 연속성을 볼 때 마스크팩 접지관련 사업은 사업의 운영주체가 개인에서 법인으로 인격만 바뀌었을 뿐 사업의 형태와 종류는 동일한 것으로 판단된다.

(다) 청구법인의 대표이사 a은 개인사업자를 폐업(2019.12.10.)하기 전인 2019.10.30. 청구법인을 설립하고, 개인사업자 폐업과 동시에 개인사업자가 사업에 사용하던 자산(기계장치, 비품 등 「법인세법」상 감가상각자산)을 포함하여 다른 자산(외상매출금, 임차보증금)과 부채(외상매입금, 미지급금, 예수금)를 인수한 사실이 확인되고, 특히 개인사업자가 사업에 사용하던 기계장치와 비품을 100% 인수한 것으로 확인된 이상, 거주자가 하던 사업을 사업의 포괄양수도를 통해 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에 해당되므로 청구법인의 설립은 창업으로 보지 않는 것이 타당하다.

(2) 창업의 의미를 상세히 알지 못하여 취득세 감면 신고를 했다는 것은 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하지 않는다.

취득세는 신고·납부방식의 지방세로서 납세의무가 성립한 경우에는 납세의무자가 스스로의 책임하에 신고·납부하여야 하는 것이며, 세법상 가산세는 납세의무 위반에 대한 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실 및 세무공무원의 안내 등이 가산세 감면의 정당한 사유가 될 수 없다.

쟁점토지들의 취득이 「지방세특례제한법」 제58조의3에서 규정한 창업중소기업 감면 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인의 대표이사인 a이 운영하던 개인사업자 A의 사업장 현황은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 개인사업자 A의 현황

(나) 청구법인의 사업장 현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 청구법인의 사업장 현황

(다) 청구법인이 제출한 재무상태표와 계정별원장에 따르면, 청구법인이 2019.12.11. 개인사업자 A로부터 포괄양수도로 승계한 자산·부채는 아래 <표3>과 같다.

<표3> 개인사업자로부터 포괄 양수한 자산 및 부채 내역

(라) 2019년부터 2022년까지 청구법인과 개인사업자 A의 매출항목, 매출처, 기계장치 및 종업원 현황은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 2019년~2022년 매출항목, 매출처, 기계장치 및 종업원 현황

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인의 대표이사인 a은 개인사업자로 A를 운영하면서 2018.1.23. 인천광역시 OOO로 사업장을 이전하였고, 2019.12.17. 주업종을 화장품 제조업으로 변경하였는데, 청구법인은 개인사업자 A가 폐업되기 전인 2019.10.30. 개인사업자 A 사업장과 같은 주소지를 본점으로 하여 설립되었고, 대표이사는 a이며, 업종도 화장품제조업으로 개인사업자 A와 동일한 점, 청구법인이 제출한 재무상태표와 계정별원장에 따르면 청구법인이 2019.12.11. 개인사업자 A로부터 자산·부채를 포괄승계한 것으로 확인되는 점, 위 <표4>에 따르면 2019년부터 2022년까지 청구법인과 개인사업자 A의 매출항목, 매출처, 기계장치 및 종업원 현황이 같거나 유사한 점 등에

비추어, 처분청이 청구법인의 설립을 ‘거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우’에 해당한다고 보아 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 취득세는 신고ㆍ납부방식의 지방세로서 납세의무가 성립한 경우에는 납세의무자가 스스로의 책임하에 신고·납부하여야 하는 점, 세법상 가산세는 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하며, 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 점(대법원 2014.3.13. 선고 OOO판결) 등에 비추어, 창업의 의미를 잘 알지 못하여 취득세 감면 신고를 했다는 것을 가산세감면의 정당한 사유로 보기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것)

(2) 지방세특례제한법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33324호로 개정되기 전의 것)

(3) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것)

(4) 지방세기본법(2023.3.14. 법률 제19229호로 개정되기 전의 것)

자주 묻는 질문

창업중소기업의 취득세 감면은 언제 취득해야 적용되나요?
창업일부터 일정 기간 이내에 취득하는 사업용 부동산이 대상입니다. 이 기간 안에 취득하더라도 창업일 당시 업종의 사업을 계속하기 위한 취득인지가 관건이 되어 다툼이 생기기도 합니다.
창업 초기에 사업장을 마련하실 계획이라면 창업일부터 경과한 기간과 업종 요건부터 확인하시기를 권해드립니다.
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373[email protected]법무사 염춘필 권점희 박용일
※ 본문·조문은 원문(국가법령정보센터 원문 기준)에 기반합니다. AI 인용·노출은 보장하지 않으며 법무사 광고규정을 준수합니다.