조직변경을 할 때 납부해야 할 등록면허세(조세심판례)

주식회사에서 유한회사로 조직변경에 따른 등록면허세 산출 시 법인설립에 따른 세율(자본금의 1,000분의 4)을 적용할 것인지, 아니면 기타등기세율(건당 23,000원)을 적용할 것인지가 다투어진 조세심판 사례입니다.

1. 주식회사에서 유한회사로 조식변경에 따른 등록면허세 산출시 법인설립에 따른 세율(자본금의 1,000분의 4)을 적용할 것인지, 아니면 기타등기세율(건당 23,000원)을 적용할 것인지 여부

1. 심판 결정

처분청이 2012.12.4. 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

2. 조직변경의 근거 — 상법 제604조

심판 결정요지가 「「상법」상 주식회사의 유한회사로의 조직변경은 주식회사가 법인격의 동일성을 유지하면서 유한회사로 되는 것」이라고 한 근거는 상법 제604조입니다. 주식회사는 총주주의 일치에 의한 총회의 결의로 조직을 변경하여 유한회사로 할 수 있고(사채 상환을 완료하지 않은 경우는 제외), 회사에 현존하는 순재산액보다 많은 금액을 자본금 총액으로 하지 못합니다. 새로운 출자 없이 같은 법인격이 옷만 갈아입는 구조이므로, 설립등기 세율이 아니라 그 밖의 등기 세율이 적용되어야 한다는 결정의 출발점이 됩니다.

3. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인은 2011.12.15. 주식회사 OOO 에서 유한회사 OOO 으로 조직변경에 따른 유한회사 설립등기를 하면서 ｢지방세법｣ 제28조 제1항 제6호 가목의 세율(출자금액의 1천분의 4)을 적용하여 산출한 등록면허세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO 을 신고납부 하였다.

나. 이후 청구법인은 2012.12.3. 조직변경에 따른 등록면허세는 ｢지방세법｣ 제28조 제1항 제6호 바목의 세율 OOO 을 적용하여야 한다는 취지로 경정청구 하였으나, 이에 대해 처분청은 2012.12.4. 거부처분 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.1.9. 이의신청을 거쳐 2013.6.24. 심판청구를 제기하였다.

대법원 판례를 통한 법의 해석은 조세법의 법원성을 가진다 할 것인 바, 주식회사에서 유한회사로 조직변경에 따른 등록면허세는 ｢지방세법｣ 제28조 제1항 제6호 바목의 세율을 적용하여야 한다고 판시(OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO) 한 바 있는데도 처분청이 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하여 법원이 될 수 없는 ｢지방세법 기본통칙｣ (지법 28-7)을 근거로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하고, 처분청이 위 대법원 판례 적용을 배제한 사유의 근거로 제시한 ｢지방세기본법｣ 제20조 제3항의 규정은 과세관청이 납세자에게 이미 성립한 납세의무에 대하여는 새로운 법률이나 해석 및 관행을 소급하여 납세자에게 불리하게 적용할 수 없도록 하기 위한 것으로 납세자에게는 적용되지 아니하고 과세관청에만 적용되는 규정이다.

｢상법｣ 등에서 주식회사에서 유한회사로 조직을 변경할 때에는 기존 주식회사에 대해서 해산등기를, 변경 후 유한회사에 대해서는 설립등기를 하도록 규정하고 있어이 경우 조직변경을 통해 신규 법인설립에 해당되므로 법인 설립등기에 따른 등록세율을 적용하는 것이 타당하고, ｢지방세기본법｣ 제20조 제3항에 “ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니 한다 ” 라고 규정하고 있어 청구법인이 제시한 대법원 판례를 소급하여 적용하지 아니한 것은 정당하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

4. 쟁점과 판단

(1) 주식회사 OOO 은 1995.9.2. 설립되어 2011.12.15. 청구법인으로 조직변경하고 해산하였고, 같은 날 청구법인은 주식회사 OOO 을 조직변경하여 설립된 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 모두 인정하고 있다. (2) ｢지방세법｣ 제28조 제1항 제6호 가목 및 바목의 규정에 따르면 법인 등기 중 영리법인의 설립에 대해서는 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4OOO 의 세율을 적용한 금액을, 가목부터 마목까지 해당하지 아니하는 그 밖의 등기에 대해서는 건당 OOO 의 금액을 각각 세액으로 하도록 되어 있다.

(3) ｢상법｣상 주식회사의 유한회사에의 조직변경은 주식회사가 법인격의 동일성을 유지하면서 조직을 변경하여 유한회사로 되는 것임에도 주식회사의 해산등기 후에 유한회사의 설립등기를 하는 것은 유한회사의 등기기록을 새로 개설하는 방편일 뿐이고, 주식회사가 해산하고 유한회사가 설립되기 때문이 아니며, 이러한 조직변경이 있더라도 신규출자가 이루어지지 아니하므로 이러한 점들을 종합하여 볼 때, 주식회사의 조직변경에 따른 유한회사의 설립등기는 ｢지방세법｣ 제28조 제1항 제6호 가목의

1)의 적용대상이라고 할 수 없다 할 것 OOO 이므로 같은 법 제28조 제1항 제6호 바목 세율 OOO 의 적용대상이라 할 것이다(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO). (4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합해 볼 때, 청구법인은 2011. 12.15. 주식회사 OOO 을 조직변경하여 설립된 사실이 인정되는 바, 위 조직변경 등기에 대한 등록면허세율은 ｢지방세법｣ 제28조 제1항 제6호 바목 세율 OOO 의 적용대상에 해당하는데도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 이유 있으므로 ｢지방세 기본법｣ 제123조 제4항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.