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현물출자와 세무

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2026. 6. 18.
결론

현물출자에 대한 강의자료와 블로그 글을 모아서 책을 쓰고 있습니다, 오늘은 책 일부의 글 '현물출자와 세무'를 소개합니다.

초고이지만 참고로 활용할 수준이어서 소개합니다.

설립된 농업법인이 현물출자의 목적물인 농지·임야의 소유권을 이전받을 때의 취득세 경감은 지방세특례제한법 제11조가 정한다.

현물출자에 대한 강의자료와 블로그 글을 모아서 책을 쓰고 있습니다, 오늘은 책 일부의 글 '현물출자와 세무'를 소개합니다. 이 글은 아직 초고입니다. 초고이지만 참고로 활용할 수준이어서 소개합니다. 완성된 완고를 별도로 올려 놓겠습니다.

현물출자의 세무

현물출자는 세제상의 강력한 유인과 맞물려 운용된다. 개인기업의 법인전환과 중소기업의 통합에서, 일정 요건을 갖추면 양도소득세가 이월과세되고 취득세가 경감된다. 그러나 그 요건은 까다롭고, 한 항목의 판단이 잘못되면 가산세와 추징으로 이어진다. 이 편에서는 취득세·등록면허세·양도소득세 이월과세와 순자산가액 산정의 쟁점, 그리고 사업의 계속성과 추징을 종합적으로 살펴본다. 인용 법령은 현행을 기준으로 하였으며, 세법은 자주 개정되므로 실제 사건에서는 반드시 국가법령정보센터에서 최신 조문과 적용기한을 확인하여야 한다.

1. 세무 개관

현물출자, 특히 개인기업의 법인전환에 따르는 세금은 크게 네 가지이다. 첫째, 출자자가 부동산 등을 회사에 이전함에 따라 발생하는 양도소득세이다. 이는 조세특례제한법 제32조의 요건을 갖추면 이월과세되어, 출자 시점에는 과세되지 아니하고 회사가 그 자산을 다시 양도할 때 정산된다. 둘째, 회사가 부동산을 취득함에 따라 부담하는 취득세이다. 이는 지방세특례제한법 제57조의2의 요건을 갖추면 경감된다. 셋째, 농지·임야의 출자나 농업법인 설립에서 문제되는 등록면허세이다. 넷째, 사업의 포괄적 양도에 해당하면 부가가치세가 과세되지 아니한다.

대법원 2026.03.12 선고 2024두37008 — 종합소득세부과처분취소
현물출자는 회사의 설립이나 신주 발행 시에 발기인 또는 신주인수인(이하 ‘출자자’라 한다)이 회사(이하 ‘피출자법인’이라 한다)에 금전 이외의 재산을 출자하는 것으로서, 출자자가 피출자법인에 재산을 이전하는 거래와 그에 대한 대가로 피출자법인으로부터 주식 또는 지분(이하 ‘주식 등’이라 한다)을 배정받아 피출자법인의 주주 또는 사원이 되는 거래가 결합하여 일체로 이루어진다. 따라서 현물출자는 기본적으로 ‘법인의 자본을 증가시키는 거래’의 성격을 가지는 것이지만, 그 자본의 출자가 출자자의 재산이라는 현물에 의하여 이루어지므로 그러한 한도에서 ‘자산을 유상으로 양도하는 손익거래’의 성격도 함께 가진다.그 결과, 피출자법인이 출자자의 재산을 시가보다 높은 가액으로 양수한 경우에는 재산이 과다계상되어 피출자법인의 조세부담을 부당하게 감소시킬 수 있으므로, 이를 시정하고자 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 따른 부당행위계산 부인에 의하여 그 시가초과액을 자산의 취득가액에서 제외하는 한편 피출자법인의 익금에 산입하는 것이다. 다만 그와 같은 피출자법인의 익금산입액이 현물출자 과정에서 사외로 유출되어 출자자에게 귀속되었는지를 판단할 때는, 자본거래와 손익거래가 대가관계를 가지면서 병존하는 현물출자의 특성을 고려하여, 출자한 재산이 시가보다 높은 가액으로 평가되었는지 여부만으로 결정할 것이 아니라 출자한 재산의 시가와 피출자법인으로부터 인수한 주식 등 시가의 차액, 즉 교환차익이 존재하는지도 함께 살펴보아야 한다.출자자가 출자한 재산의 가액이 시가보다 높게 평가되었더라도 그에 대한 대가로 피출자법인이 발행하여 출자자에게 배정한 주식 등의 발행가액 역시 현물출자 재산의 고평가된 가치만큼 높게 평가된 경우라면 이는 단지 장부상으로 자산과 자본금이 함께 과다계상되어 있는 상태에 불과하다. 이러한 경우에는, 앞서 본 교환차익의 존재 등 부당행위계산 부인으로 인한 피출자법인의 익금산입액이 종국적으로 사외로 유출되었다는 사정이 과세관청에 의해 추가로 증명되지 않는 한, 시가초과액에 해당하는 피출자법인의 자산이 실제로 사외유출된 것으로 볼 수 없다.판례 원문 기준: 대법원 종합법률정보 · 판례 원문 보기

이러한 혜택은 모두 ‘새로 설립되는 법인의 자본금이 전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것’이라는 공통의 요건을 전제로 한다. 따라서 순자산가액의 정확한 산정이 모든 세무 판단의 출발점이 되며(제26장), 혜택을 받은 뒤에도 5년의 사후관리기간 동안 사업의 계속성과 지분의 연속성을 유지하여야 한다(제27장).

2. 취득세

1) 취득세의 과세표준액

현물출자에 따른 소유권이전등기를 할 때에는 취득세를 감면받더라도 그 과세표준액을 정하여야 한다. 현물출자는 매매와 같은 유상쌍무계약이므로, 과세표준액은 임차보증금 등을 공제하지 아니한 현물출자가액 전액으로 한다. 예컨대 현물출자가액(감정평가액)이 100억 원이고 임차보증금이 10억 원이더라도 과세표준은 100억 원이다. 감정평가비용 등 부대비용은 그 비용을 설립되는 회사나 신주발행 회사가 부담한 경우에는 과세표준에 포함하고, 현물출자자 개인이 부담한 경우에는 포함하지 아니한다.

2) 취득시기

현물출자에 따른 부동산의 취득시기는, 법인을 설립하는 경우에는 법인설립등기일이고, 이미 성립한 회사의 유상증자(신주발행)인 경우에는 주금납입일(주식회사는 그 다음 날)이다. 취득세는 취득시기로부터 일정 기간(원칙적으로 60일) 내에 신고·납부하여야 하므로, 취득시기의 확정은 신고기한의 기산점으로서 중요하다. 소유권이전등기의 등기원인일자(현물출자계약 성립일)와 세법상 취득시기가 다른 점은 앞서 본 바와 같다.

3) 취득세의 감면

개인기업의 법인전환(조세특례제한법 제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수도)에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 대해서는 취득세가 경감된다. 다만 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 경감에서 제외된다.

지방세특례제한법 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)
제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)① 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병 중 법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병에 따라 양수하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 60을 경감한다. 다만, 「지방세법」 제15조제1항제3호 단서에 해당하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다. <개정 2024.12.31>② 다음 각 호에서 정하는 법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제하고, 합병으로 양수받아 3년 이내에 등기하는 재산에 대해서는 2027년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 면제된 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「농업협동조합법」, 「수산업협동조합법」 및 「산림조합법」에 따라 설립된 조합 간의 합병2. 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고 간의 합병3. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 간의 합병4. 삭제<2018.12.24>③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.29, 2024.12.31, 2025.10.1>1. 삭제<2024.12.31>2. 「법인세법」 제46조제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말한다)의 요건을 갖춘 분할(같은 법 제46조제3항에 해당하는 경우는 제외한다)로 인하여 취득하는 사업용 재산. 다만, 분할등기일부터 3년 이내에 같은 법 제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항을 말한다) 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.3. 「법인세법」 제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산. 다만, 취득일부터 3년 이내에 같은 법 제47조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.4. 삭제<2021.12.28>5. 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외한다). 다만, 사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다.6. 삭제<2018.12.24>7. 특별법에 따라 설립된 법인 중 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제2조제1항에 따른 공공기관이 그 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」 상의 회사로 조직 변경됨에 따라 취득하는 사업용 재산④ 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다) 또는 주식을 처분하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다. <개정 2015.12.29, 2018.12.24, 2020.8.12, 2021.12.28, 2024.12.31, 2025.10.1>⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「지방세법」 제7조제5항에 따라 과점주주가 해당 법인의 부동산등(같은 조 제1항에 따른 부동산등을 말한다)을 취득한 것으로 보아 부과하는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제한다. <개정 2015.12.22, 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2019.11.26, 2020.12.29, 2021.8.17, 2021.12.28, 2024.12.31>1. 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제10조에 따른 제3자의 인수, 계약이전에 관한 명령 또는 같은 법 제14조제2항에 따른 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 주식 또는 지분을 취득하는 경우2. 금융기관이 법인에 대한 대출금을 출자로 전환함에 따라 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함하되, 지주회사가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조제12호에 따른 동일한 기업집단 내 계열회사가 아닌 회사의 과점주주인 경우를 제외한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 해당 지주회사의 설립ㆍ전환일부터 3년 이내에 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사의 요건을 상실하게 되는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.4. 「예금자보호법」 제3조에 따른 예금보험공사 또는 같은 법 제36조의3에 따른 정리금융회사가 같은 법 제36조의5제1항 및 제38조에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우5. 한국자산관리공사가 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」 제26조제1항제1호가목에 따라 인수한 채권을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우6. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 농업협동조합자산관리회사가 같은 법 제30조제3호다목에 따라 인수한 부실자산을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우7. 「조세특례제한법」 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환ㆍ이전으로 완전자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 같은 법 제38조제2항에 해당하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.8. 삭제<2024.12.31>⑥ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 농업협동조합중앙회(이하 이 조에서 "중앙회"라 한다)가 같은 법에 따라 사업구조를 개편하는 경우 제1호 및 제2호의 구분에 따른 등기에 대해서는 2017년 12월 31일까지 등록면허세를 면제하고, 제3호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2016.12.27>1. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 자본지원이 이루어지는 경우 그 자본증가에 관한 등기2. 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 경제사업을 이관하는 경우 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기3. 「농업협동조합법」 제134조의2에 따라 설립된 농협경제지주회사가 이 조 제3항제3호에 따라 중앙회로부터 경제사업을 이관받아 취득하는 재산⑦ 법률 제12663호 한국산업은행법 전부개정법률 부칙 제3조제1항에 따라 한국산업은행이 산은금융지주주식회사 및 「한국정책금융공사법」에 따른 한국정책금융공사와 합병하는 경우 그 자본증가에 관한 등기에 대해서는 2015년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 90을 경감한다.⑧ 「기업 활력 제고를 위한 특별법」 제4조제1항에 해당하는 내국법인이 같은 법 제10조 또는 제12조에 따라 주무부처의 장이 승인 또는 변경승인한 사업재편계획에 의해 합병 등 사업재편을 추진하는 경우 해당 사업재편에 따라 설립 또는 변경되는 법인에 대한 법인등기에 대하여 등록면허세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 같은 법 제13조에 따라 사업재편계획 승인이 취소된 경우에는 경감된 등록면허세를 추징한다. <신설 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2020.1.15, 2021.12.28, 2024.12.31>⑨ 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 수산업협동조합중앙회(이하 이 항에서 "중앙회"라 한다)가 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할한 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 면제한다. <신설 2015.12.29>1. 대통령령으로 정하는 바에 따른 분할로 신설된 자회사(이하 이 항에서 "수협은행"이라 한다)가 그 분리로 인하여 취득하는 재산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.2. 수협은행의 법인설립등기에 대해서는 등록면허세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.⑩ 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제4조에 따른 금융위원회의 인가를 받고 「법인세법」 제44조제2항에 해당하는 금융회사 간의 합병을 하는 경우 금융기관이 합병으로 양수받은 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. <신설 2018.12.24, 2024.12.31>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260602

종전에는 경감률이 100분의 75였으나 개정으로 현재는 100분의 50이고, 적용기한도 2027년 12월 31일까지로 연장되었다. 경감률과 적용기한은 개정이 잦으므로 취득 시점의 현행 규정을 반드시 확인하여야 한다.

제4절 5년 이상 사업한 법인의 현물출자 ― 법인세법 제47조의2

개인기업의 법인전환(조세특례제한법 제32조)과는 별개로, 5년 이상 사업을 계속한 내국법인이 현물출자를 하는 경우에도 과세특례가 있다. 법인세법 제47조의2의 적격현물출자 요건을 갖추면 출자법인의 양도차익이 과세이연되고, 지방세특례제한법 제57조의2 제3항에 따라 피출자법인이 취득하는 재산의 취득세가 경감된다. 개인기업의 법인전환만큼 널리 알려져 있지 않으나 실무상 활용가치가 있다.

조항 원문
1. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것2. 피출자법인이 그 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 계속할 것3. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동출자자가 출자법인의 특수관계인이 아닐 것4. 출자법인 등이 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80 이상을 보유하고, 그 사업연도 종료일까지 이를 보유할 것

제23장 등록면허세 ― 농지·임야의 현물출자와 농업법인

제1절 농업법인 설립등기의 등록면허세

농지나 임야를 현물출자하여 농업법인(영농조합법인·농업회사법인)을 설립하는 경우, 그 설립등기에 대한 등록면허세가 감면(면제)된다. 다만 감면의 적용기한은 개정으로 변동되므로, 설립 시점의 현행 규정을 확인하여야 한다.

제2절 농지·임야 취득세의 경감

설립된 농업법인이 현물출자의 목적물인 농지·임야의 소유권을 이전받을 때의 취득세 경감은 지방세특례제한법 제11조가 정한다. 영농에 사용하기 위하여 설립등기일부터 2년 이내(청년농업법인은 4년 이내)에 취득하는 농지, 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 등에 대하여는 취득세의 100분의 75를, 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 100분의 50을 각 경감한다(적용기한은 현행 규정 확인).

지방세특례제한법 제11조(농업법인에 대한 감면)
제11조(농업법인에 대한 감면)① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2026년 12월 31일까지 경감한다. <개정 2013.1.1, 2015.12.29, 2017.12.26, 2020.1.15, 2020.12.29, 2023.12.29>1. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2026년 12월 31일까지 경감한다. <개정 2013.1.1, 2015.12.29, 2016.12.27, 2017.12.26, 2020.12.29, 2023.12.29>③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다. <신설 2014.12.31, 2016.12.27>1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우④ 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 2020년 12월 31일까지 면제한다. <신설 2017.12.26>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260602

[실무 포인트] 농업경영정보 등록이 감면의 전제

농업법인이 위 취득세 경감을 받으려면, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록하여야 한다. 등록에는

① 농지·축사·임야·원예시설 등 생산수단에 대한 정당한 권원이 있을 것,

② 농업경영에 관한 사업 및 활동 실적이 있을 것이라는 요건이 필요하다. 임야의 경우에는 ‘농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야’이거나 ‘영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’이어야 경감대상이 된다. 설립 후이 요건을 충족할 수 있는지를 현물출자 전에 미리 검토하여야 한다.

이렇게 경감받은 취득세도

① 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 지나도록 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나,

② 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하거나,

③ 직접 사용기간이 5년 미만인 상태에서 해산명령을 받은 경우에는 추징된다(지방세특례제한법 제11조 제3항).

제24장 양도소득세의 이월과세 ― 조세특례제한법 제32조

제1절 이월과세의 의의

거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업양수도의 방법으로 법인으로 전환하는 경우, 그 사업용 고정자산에 대한 양도소득세는 이월과세된다. 이월과세란 출자(양도) 시점에는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 자산을 양수한 법인이 나중에 이를 다시 양도할 때 당초 이월된 세액을 정산하여 과세하는 것을 말한다. 출자자의 당장의 세부담을 덜어 원활한 법인전환을 돕는 제도이다.

조항 원문
① 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용 고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액(전환하는 사업장의 순자산가액) 이상인 경우에만 적용한다.

제2절 자본금 요건 ― 순자산가액 이상

이월과세의 핵심 요건은 새로 설립되는 법인의 자본금이 전환하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 한다는 것이다(조세특례제한법 시행령 제29조 제5항, 제28조 제1항 제2호 준용). 순자산가액은 ‘기준일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액’을 말한다. 따라서 현물출자만으로 자본금이 순자산가액에 미달할 때에는 그 차액에 해당하는 현금을 보완출자하여 자본금을 순자산가액 이상으로 맞춘다.

제3절 사업양수도방식의 이월과세

현물출자방식 외에 사업양수도방식으로도 이월과세를 받을 수 있다. 이는 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 법인설립일부터 3개월 이내에 그 법인에 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것이다(시행령 제29조 제2항). 자본금에 해당하는 현금을 동원할 수 있는 경우에 적합하다. 두 방식의 선택기준은 제1편 제4장에서 본 바와 같다.

제4절 이월과세의 신청

이월과세를 적용받으려는 거주자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고 포함) 시, 새로 설립되는 법인과 함께 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다(시행령 제29조 제4항).

제25장 중소기업 간 통합의 이월과세 ― 조세특례제한법 제31조

제1절 중소기업 통합과 이월과세

둘 이상의 중소기업이 하나의 법인으로 통합하면서, 소멸하는 중소기업이 사업용 고정자산을 통합법인에 양도(현물출자)하는 경우, 그 사업용 고정자산에 대한 양도소득세는 이월과세된다(조세특례제한법 제31조). 개인기업을 기존 법인에 통합하는 형태가 대표적이며, 통합의 효력은 주금납입일(현물출자의 인도일)에 발생한다.

조세특례제한법 제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)
제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1>② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.④ 제6조제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조 또는 제64조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조 또는 제64조를 적용받을 수 있다. <개정 2014.12.23>⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.⑦ 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2013.1.1, 2014.12.23>1. 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우2. 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101
조세특례제한법 시행령 제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)
제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)①법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2010.2.18, 2013.2.15>1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것②법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용고정자산"이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 재정경제부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다. <개정 2001.12.31, 2008.2.29, 2010.2.18, 2025.12.30>③법 제31조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2008.2.29, 2025.12.30>④법 제31조제4항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 창업중소기업 또는 창업벤처중소기업이나 농공단지 및 「지역중소기업 육성 및 혁신촉진에 관한 법률」 제23조에 따른 중소기업특별지원지역(이하 "중소기업특별지원지역"이라 한다)의 입주기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 대하여 통합당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도까지 그 감면을 받을 수 있다. <개정 2000.1.10, 2015.2.3, 2016.9.29, 2022.1.25, 2024.2.29>⑤법 제31조제4항의 규정을 적용받고자 하는 통합법인은 제5조제26항 또는 제61조제7항을 준용하여 감면신청을 하여야 한다. <개정 2013.2.15, 2018.8.28, 2019.2.12, 2020.2.11>⑥법 제31조제5항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 관하여 통합당시 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도분까지 그 감면을 받을 수 있다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30>⑦법 제31조제5항의 규정을 적용받고자 하는 통합법인의 감면신청에 관하여는 제60조제5항 또는 제65조의 규정은 이를 준용한다. <개정 2001.12.31, 2010.2.18, 2013.2.15>⑧법 제31조제6항의 규정에 의하여 미공제세액을 승계한 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 자산에 대한 미공제세액상당액을 당해 중소기업자의 이월공제잔여기간내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있다. <개정 2002.12.30>⑨ 통합법인이 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자로부터 승계받은 제2항의 사업용고정자산을 2분의 1 이상 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제31조제7항제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. <신설 2013.2.15>1. 통합법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우2. 통합법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우3. 삭제<2018.2.13>4. 통합법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우⑩ 법 제31조제7항제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2013.2.15, 2014.2.21, 2015.2.3, 2018.2.13>1. 법 제31조제1항을 적용받은 내국인(이하 이 조에서 "해당 내국인"이라 한다)이 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우2. 해당 내국인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우3. 해당 내국법인이 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우4. 해당 내국인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우5. 해당 내국인이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우6. 해당 내국인이 가업의 승계를 목적으로 해당 가업의 주식 또는 출자지분을 증여하는 경우로서 수증자가 법 제30조의6에 따른 증여세 과세특례를 적용받은 경우⑪ 제10항제6호에 해당하는 경우에는 수증자를 해당 내국인으로 보아 법 제31조제7항을 적용하되, 5년의 기간을 계산할 때 증여자가 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분을 보유한 기간을 포함하여 통산한다. <신설 2015.2.3>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260701
조항 원문
1. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 통합법인의 주주 또는 출자자일 것 2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 그 통합으로 취득하는 주식 또는 지분의 가액이, 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산 합계액에서 충당금을 포함한 부채 합계액을 공제한 금액) 이상일 것

제2절 기준일과 효력발생일 사이 이익의 귀속 문제

중소기업 통합에서 특유한 함정은, 현물출자 기준일과 통합의 효력발생일(주금납입일) 사이에 발생한 이익이다. 현물출자에 의한 단순 법인전환의 경우에는 기준일에 개인기업을 폐업하고 그 다음 날 법인사업자를 내면 기준일부터 설립등기일까지의 손익이 법인에 귀속하므로, 기준일에 자본금이 순자산가액 이상이면 설립 후에도 그 요건이 유지된다.

그러나 중소기업 통합의 경우에는 통합의 효력이 주금납입일에 발생하므로, 그 사이(개인기업 결산·부동산 감정·회계법인 감정·법원 인가 등에 수개월이 걸린다)에 이익이 발생하면 효력발생일 기준의 순자산가액이 증가하여, ‘취득 주식가액이 소멸 사업장의 순자산가액 이상일 것’이라는 요건을 충족하지 못하게 될 수 있다. 이익이 나는 회사라면 더욱 그러하다. 요건을 충족하지 못하면 취득세가 감면되지 아니하고 양도소득세도 이월과세되지 아니하며, 세무조사에서 밝혀지면 가산세까지 부담하게 된다.

[해결방법] 효력발생일 이전에 이익 상당액을 인출

통합의 효력발생일(주금납입일)에 개인기업을 가결산하여 상당한 이익이 예상되는 경우에는, 그 이익에 상당하는 금액을 주금납입일 이전에 개인기업에서 인출하여야 한다. 그러면 효력발생일 기준의 순자산가액이 증가하지 아니하여 위 요건을 충족할 수 있다. 통합을 위하여 일부 현금을 추가출자하더라도, 이 기간에 발생한 이익이 이를 초과할 수 있으므로, 사전에 이익의 발생 가능성을 점검하여야 한다.

제26장 순자산가액 산정의 쟁점

이월과세와 취득세 감면의 공통 요건인 ‘자본금 ≥ 순자산가액’에서, 순자산가액을 어떻게 산정하느냐가 사건의 성패를 가른다. 자산을 과소·과대 계상하거나 부채를 잘못 인정하면 요건 충족 여부가 달라지기 때문이다. 아래에서는 실무상 자주 다투어지는 항목을 본다.

제1절 사업자 본인의 가수금·주임종 차입금

개인사업자가 자기 자금을 사업에 넣어 둔 가수금이나, 사업자 본인의 차입금(이른바 주임종 차입금)을 개인기업의 부채로 계상할 수 있는지가 문제된다. 부채로 인정되면 순자산가액이 줄어 자본금 요건을 맞추기 쉬워지나, 인정되지 아니하면 그만큼 순자산가액이 늘어 요건을 충족하지 못할 수 있다. 조세심판원은 채권자와 채무자가 동일한 차입금은 사업과 관련한 채무로 보기 어렵다는 입장이다. 같은 논리로 사업자에 대한 가지급금도 인출금에 해당하여 자산으로 계상할 수 없다고 본다.

인용
쟁점차입금은 채권자와 채무자가 동일하여 사업과 관련한 채무에 해당하지 않으므로, 법인전환으로 소멸하는 구 사업장의 부채로 보기 어렵다. 조세법규 중 특히 감면 요건 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다.

제2절 비사업용 자산

순자산을 계산할 때 자산에는 사업용 자산을 포함하고 비사업용 자산은 제외하여야 한다. 사업에 직접 공여된 바 없는 자산은 사업용 자산이 아니다. 예컨대 건설 중인 자산은 사업을 위한 것이라도 아직 사업에 직접 공여되지 아니하였으므로 사업용 자산이 아니고, 기계를 매입하여 설치 대기 중인 경우에도 그러하다. 비사업용 자산이 섞여 있으면 조세특례제한법상 요건 충족에 문제가 생기므로, 출자 전에 가려내야 한다.

[상담사례] 가동되지 않은 태양광 설비

제조업 개인기업의 공장 지붕에 상당한 규모의 태양광 설비가 설치되어 있었으나, 한전이 전력 판매에 필요한 설비를 해 주지 아니하여 발전을 시작하지 못한 상태였다. 이 태양광 설비는 사업에 직접 사용된 바가 없으므로 비사업용 자산으로 판단되었고, 그대로 출자하면 요건 충족에 문제가 생길 수 있었다. 이에 발전을 개시한 뒤(약 한 달 후) 현물출자를 진행하기로 하였다. 현물출자 전에는 반드시 현장을 방문하여 이러한 문제를 점검하여야 한다.

제3절 공동사업자 중 1인의 지분만 현물출자하는 경우

공동으로 개인사업을 영위하던 거주자 중 1인이 자기 지분만을 현물출자할 수 있다. 공동사업자의 지분도 평가하여 재무상태표 자산의 부에 기재할 수 있으므로 출자의 목적물이 되는 데 지장이 없다. 그러나 세제상으로는, 공동사업자 중 1인이 단독으로 자기 지분만을 현물출자하여 법인으로 전환하는 것은 ‘개인사업을 법인전환하는 것’에 해당하지 아니하므로, 양도소득세 이월과세가 적용되지 아니한다.

인용
공동사업을 영위하던 거주자 중 1인이 단독으로 자기 지분만을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우에는, 조세특례제한법 제32조 제1항의 법인전환 이월과세 규정이 적용되지 아니한다.

자주 묻는 질문

현물출자로 법인전환하면 어떤 세제 혜택이 있나요?
개인기업의 법인전환과 중소기업의 통합에서 일정 요건을 갖추시면 양도소득세가 이월과세되고 취득세가 경감됩니다.
요건을 잘못 판단하면 어떻게 되나요?
요건이 까다로워 한 항목의 판단만 잘못되어도 가산세와 추징으로 이어집니다. 사업의 계속성과 사후관리까지 함께 보셔야 합니다.
개정되는 세법 조문은 어디서 확인하나요?
세법은 자주 개정되므로 실제 사건에서는 반드시 국가법령정보센터에서 최신 조문과 적용기한을 확인하시기 바랍니다.
리스크 · 취득세 추징 주의취득일부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산 또는 주식을 처분하면 경감받은 취득세가 추징되오니, 감면 후 사후관리기간 동안 사업의 계속성과 지분의 연속성을 유지하셔야 합니다.
현물출자를 계획하신다면 국가법령정보센터에서 최신 조문과 적용기한부터 확인해 보시기 바랍니다.
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373[email protected]법무사 염춘필 권점희 박용일
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