적격합병 요건

1. 적격합병요건이 중요한 이유

합병을 할 때 법인세법에서 정한 적격합병요건을 갖추었는지는 매우 중요한 문제입니다. 특히 소멸법인이 부동산이 있을 경우 더욱 그러합니다. 국세 뿐만 아니라 지방세(취득세)와도 관련이 있습니다.

그리고 법인세법이 바뀔 수 있으므로 항상 합병 당시의 법인세법을 확인해 보시라고 권해 드립니다.

2. 합병등기일에 따른 요건 충족 시점

다음 해 1월 1일 이후를 합병등기일로 할 경우에는 그해 말까지 위와 같은 요건을 충족해야 합니다.

3. 완전자회사 합병의 특례

내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우, 즉 무증자 합병을 할 경우에는 적격합병이 됩니다. 다만 손자회사와 합병을 하는 경우에는 적격합병이 되지 아니하므로이 또한 주의할 점입니다.

4. 국세와 지방세에서 각각 무엇이 달라지는가

국세(법인세) — 적격합병이면 피합병법인은 양도손익이 없는 것으로 할 수 있고(법인세법 제44조 제2항), 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 봅니다(같은 법 제44조의3 제1항). 피합병법인의 결손금과 감면·세액공제도 승계합니다(같은 조 제2항).

다만 사후관리가 있습니다. 적격합병을 한 합병법인이 대통령령으로 정하는 기간(3년 이내) 안에 ①승계받은 사업을 폐지하거나 ②피합병법인의 주주등이 받은 주식등을 처분하거나 ③근로자 수가 합병 전 두 회사 근로자 수 합계의 100분의 80 미만으로 떨어지면, 그 차액과 공제받은 결손금 등을 익금에 산입하고 감면·세액공제액을 더하여 납부해야 합니다(같은 조 제3항).

지방세(취득세·등록면허세) — 지방세특례제한법 제57조의2 제1항은 감면의 전제를 「법인세법 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병」으로 정하고 있습니다. 즉 적격합병 요건을 갖추지 못하면 지방세 감면도 받지 못합니다. 원문이 「국세 뿐만 아니라 지방세(취득세)와도 관련이 있습니다」라고 한 것이 이 대목입니다.

같은 조는 중소기업 간 합병 등으로 양수하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우 취득세의 100분의 60을 경감하고(제1항), 농업협동조합·새마을금고·신용협동조합 간 합병 등 일정한 경우에는 취득세를 면제하며 3년 이내에 등기하는 재산의 등록면허세를 100분의 50 경감합니다(제2항). 다만 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법 제44조의3 제3항의 사유가 생기면 면제된 취득세를 추징합니다.

5. 법인세법의 관련 규정

적격합병과 관련한 법인세법 규정

44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세)

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3 에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)의 경우 에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령 으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령 으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1 년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병 일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령 으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령 으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령 으로 정한다.

6. 법인세법 시행령의 관련 규정

적격합병과 관련한 법인세법 시행령 규정

③ 법 제44조제2항제2호에 따른 피합병법인의 주주등이 받은 합병대가의 총합계액은 제80조제1항제2호가목에 따른 금액으로 하고, 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 법 제44조제2항제2호의 비율 이상인지를 판정할 때 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식등이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 본다. 이 경우 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우로서 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 그 다른 피합병법인의 주식등을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 다음 각 호를 적용하여 계산한 금액을 금전으로 교부한 것으로 한다. <개정 2010. 12. 30., 2012. 2. 2.>

④법 제44조제2항제2호에 따라 피합병법인의 주주등에 합병으로 인하여 받은 주식등을 배정할 때에는 해당 주주등에 다음 계산식에 따른 가액 이상의 주식등을 각각 배정하여야 한다. <개정 2010. 12. 30., 2012. 2. 2.> 피합병법인의 주주등이 지급받은 제80조제1항제2호가목에 따른 합병교부주식등의 가액의 총합계액 × 각 해당 주주등의 피합병법인에 대한 지분비율

⑤ 법 제44조제2항제2호에서 “대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등”이란 피합병법인의 제43조제3항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주등을 말한다. <개정 2010. 12. 30., 2014. 2. 21., 2022. 2. 15., 2023. 2. 28.>

⑥ 법 제44조제2항제4호에서 “대통령령으로 정하는 근로자”란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 근로자는 제외한다. <신설 2018. 2. 13., 2019. 2. 12.>

⑦ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 자산가액(유형자산, 무형자산 및 투자자산의 가액을 말한다. 이하 이 관 및 제156조제2항에서 같다)의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조제2항제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다. <개정 2010. 12. 30., 2018. 2. 13., 2019. 2. 12.>

⑧ 제1항제1호가목 후단을 적용받으려는 법인은 납세지 관할 세무서장이 해당 법인이 선택한 주식 처분 순서를 확인하기 위해 필요한 자료를 요청하는 경우에는 그 자료를 제출해야 한다. <신설 2019. 2. 12.>